| Candida albicans Culture, Cell Harvesting, and Total RNA Extraction
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Transcriptional analysis has become a cornerstone of biological research, and with the advent of cheaper and more efficient sequencing technology over the last decade, there exists a need for high-yield and efficient RNA extraction techniques. Fungi such as the human pathogen Candida albicans present a unique obstacle to RNA purification in the form of the tough cell wall made up of many different components such as chitin that are resistant to many common mammalian or bacterial cell lysis methods. Typical in vitro C. albicans cell harvesting methods can be time consuming and expensive if many samples are being processed with multiple opportunities for product loss or sample variation. Harvesting cells via vacuum filtration rather than centrifugation cuts down on time before the cells are ...
[摘要] [摘要]转录分析已成为生物学研究的基石，并且在最近十年中，随着廉价，高效测序技术的出现，对高产量，高效率的RNA提取技术存在着需求。真菌如人病原体白色念珠菌呈现出独特的障碍RNA纯化在坚韧细胞壁的形式作出许多不同的部件，例如几丁质的最多的是对许多常见的哺乳动物细胞或细菌细胞裂解的方法具有抗性。典型的体外白色念珠菌 如果要处理的样品很多，并且产品损失或样品变化的机会很多，则细胞采集方法可能既耗时又昂贵。通过真空过滤而不是离心收集细胞可以减少冷冻前的时间，因此可以改变RNA表达谱的可用时间。对于白色念珠菌而言，真空过滤是优选的，这主要有两个原因：由于暴露的表面积增加，非丸状细胞的细胞裂解速度更快，并且与酵母或细菌细胞不同，丝状细胞首先难以沉淀。与酶法处理相比，使用机械细胞裂解法（通过氧化锆/二氧化硅珠子）可减少加工时间以及总成本。总的来说，该方法是从白念珠菌的体外培养物中提取总RNA的快速，高效且高产率的方法。
[背景]需要快速，可重复的，高效的RNA提取技术已经显著在过去几年里，由于使用RNA测序等表达分析技术的稳步增长成长是变得更加经济实惠，并与测序技术的改进速度更快。各种公司和实验室提供了许多不同的工具包和协议，试图满足这一需求。但是，专门为一种真菌建立的方法可能不适用于另一种真菌，而试剂盒平台由于其应用范围太广，常常会不足。在这里，我们描述了一种细胞培养物，收获，和RNA提取方法为致病性真菌，白色念珠菌，其利用的技术的组合，得到以一致和有效的方式既高产率和高质量的RNA。 ...
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| Observing Nutrient Gradients, Gene Expression and Growth Variation Using the "Yeast Machine" Microfluidic Device
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Author:
Date:
2020-07-05
[Abstract] The natural environment of microbial cells like bacteria and yeast is often a complex community in which growth and internal organization reflect morphogenetic processes and interactions that are dependent on spatial position and time. While most of research is performed in simple homogeneous environments (e.g., bulk liquid cultures), which cannot capture full spatiotemporal community dynamics, studying biofilms or colonies is complex and usually does not give access to the spatiotemporal dynamics at single cell level. Here, we detail a protocol for generation of a microfluidic device, the “yeast machine”, with arrays of long monolayers of yeast colonies to advance the global understanding of how intercellular metabolic interactions affect the internal structure of colonies ...
[摘要] [摘要 ] 微生物细胞（如细菌和酵母菌）的自然环境通常是一个复杂的社区，在该社区中，生长和内部组织反映了形态发生过程和相互作用，这些过程和相互作用取决于空间位置和时间。虽然大多数研究是在无法捕获完整时空群落动态的简单同质环境（例如，大量液体培养）中进行的，但研究生物膜或菌落却很复杂，通常无法在单个细胞水平上获得时空动态。在这里，我们详细介绍了一种用于生成微流控设备（“酵母机器”）的协议，该协议带有酵母菌落的长单层阵列，以推进对细胞间代谢相互作用如何影响已定义和可定制的空间尺寸内菌落内部结构的全球了解。以酿酒酵母作为模型酵母系统，我们使用“酵母机器”通过追踪荧光标记的己糖转运蛋白来证明葡萄糖梯度的出现。我们进一步量化了菌落内生长速率的表达空间模式和葡萄糖可利用性调控的其他基因的表达。除此之外，我们显示出氨基酸的梯度也在菌落内形成，潜在地打开了类似的方法来研究许多其他营养物和代谢废物的梯度的时空形成。该方法将来可用于在与生态学和进化有关的单细胞分辨率和时标下，破译其他相同物种或更复杂的多物种系统中的远程代谢相互作用，细胞发育和形态发生之间的相互作用。
[背景 ] ...
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| Measurement of Inositol Triphosphate Levels from Rat Hippocampal Slices
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Author:
Date:
2016-04-05
[Abstract] Inositol triphosphate (IP3) is an important second messenger that participates in signal transduction pathways in diverse cell types including hippocampal neurons. Stimulation of phospholipase C in response to various stimuli (hormones, growth factors, neurotransmitters, neurotrophins, neuromodulators, odorants, light, etc.) results in hydrolysis of phosphatidylinositol 4, 5-bisphosphate (PIP2), a phospholipid that is located in the plasma membrane, and leads to the production of IP3 and diacylglycerol. Binding of IP3 to the IP3 receptor (IP3R) induces Ca2+ release from intracellular stores and enables the initiation of intracellular Ca2+-dependent signaling. Here we describe a procedure for ...
[摘要] 肌醇三磷酸（IP3）是参与信号转导途径的重要的第二信使，包括海马神经元在内的不同细胞类型。 刺激磷脂酶C对各种刺激（激素，生长因子，神经递质，神经营养因子，神经调节剂，气味剂，光等）的反应导致磷脂酰肌醇4,5-二磷酸（PIP2）的水解，磷脂位于质膜 ，并导致IP3和二酰基甘油的生产。 IP3与IP3受体（IP3R）的结合诱导Ca2 +从细胞内储存释放，并使细胞内Ca2 +依赖信号的启动。 在这里，我们描述了从大鼠海马切片制备的组织匀浆中测量细胞IP3水平的程序。
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