| Rapid IFM Dissection for Visualizing Fluorescently Tagged Sarcomeric Proteins
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] Sarcomeres, the smallest contractile unit of muscles, are arguably the most impressive actomyosin structure. Yet a complete understanding of sarcomere formation and maintenance is missing. The Drosophila indirect flight muscle (IFM) has proven to be a very valuable model to study sarcomeres. Here, we present a protocol for the rapid dissection of IFM and analysis of sarcomeres using fluorescently tagged proteins.
[摘要] 肌肉最小的收缩单位肌肉，可以说是最令人印象深刻的肌动球蛋白结构。 然而，缺少对肌节形成和维护的完整理解。 果蝇间接飞行肌肉（IFM）已被证明是研究肌节的一个非常有价值的模型。 在这里，我们提出了快速解剖IFM和使用荧光标记的蛋白质分析肌节的协议。
【背景】能够使横纹肌纤维收缩的细胞骨架结构是数以百计的称为肌原纤维的电缆。肌原纤维又是一系列连续排列的肌节，全部同时收缩。肌节是完美对称的结构，包含收缩所需的所有元素。在肌节的中心位置是M-线，其中肌球蛋白粗丝被锚定。在肌小节的侧面是Z-盘，其中肌动蛋白细丝被锚定。
肌营养不良是导致进行性骨骼肌无力的遗传性疾病（Schröder和Schoser，2009）。对于肌营养不良症，目前尚无法治愈，可能是由于对肌营养不良症基础的分子机制的不完全理解（Olive et al。，2013）。黑腹果蝇是一种有效的遗传模式生物，由于其生命周期短，经济的维护和丰富的可利用资源而被用于研究肌肉生物学（Hales等人，2015; Wangler等，等人，2015年）。
在果蝇中的飞行由间接飞行肌肉（IFM）（苍蝇中最大的肌肉）的同步动作驱动，后者被进一步细分为背纵肌（DLM）和背腹肌（DVM）。 ...
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| NP-40 Fractionation and Nucleic Acid Extraction in Mammalian Cells
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Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] This technique allows for efficient, highly purified cytoplasmic and nuclear-associated compartment fractionation utilizing NP-40 detergent in mammalian cells. The nuclear membrane is not disturbed during the fractionation thus leaving all nuclear and perinuclear associated components in the nuclear fraction. This protocol has been modified from Sambrook and Russell (2001) in order to downscale the amount of cells needed. To determine the efficiency of fractionation, we recommend using qPCR to compare the subcellular compartments that have been purified with equivalent amount of control whole cell extracts.
[摘要] 该技术允许在哺乳动物细胞中利用NP-40洗涤剂进行高效，高度纯化的细胞质和核相关的分室分离。 在分离过程中核膜不受干扰，从而使核部分中的所有核和核周相关成分留下。 该协议已经从Sambrook和Russell（2001）修改，以便缩减所需的细胞数量。 为了确定分馏的效率，我们建议使用qPCR来比较已经用等量的对照全细胞提取物纯化的亚细胞室。
【背景】为了充分获得对细胞过程的理解，需要分离核和细胞质隔室。 有许多协议，甚至一些商业套件可用于帮助分离两个隔间。 然而，大多数需要高离心速度，产量差异甚至验证最终产品中的污染物量的方法也是很高的。 我们的协议在低速下使用小型台式离心机，以获得高纯度的细胞质提取物和核/核周组合相关隔室，以及数据分析，以验证污染物的百分比。 迄今为止，已经测试的细胞系是293T，HeLa和GHOST细胞系。 （Galvis，2014; Galvis等，，2014）。
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| A Flow-assay for Farnesol Removal from Adherent Candida albicans Cultures
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Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] Here, we describe a protocol for a continuous flow system for C. albicans cultures growing adherent to a plastic surface. The protocol was adapted from a previous method established to simulate blood flow on endothelial cells (Wilson and Hube, 2010). The adapted protocol was used by us for the removal of molecules in C. albicans supernatants, especially farnesol, which accumulate over the time course of incubation and cannot be specifically depleted. The system used, however, allows various applications including the simulation of physiological flow conditions. Several example applications are given on the manufacturer’s website (https://ibidi.com/perfusion-system/112-ibidi-pump-system.html ...
[摘要] 在这里，我们描述了用于连续流系统的协议。 白色念珠菌生长粘附在塑料表面上的培养物。 该方案根据建立以模拟内皮细胞上的血液流动的先前方法改编（Wilson和Hube，2010）。 我们使用适应方案去除C中的分子。 白色念珠菌上清液，特别是法呢醇，其在孵育的时间过程中积累并且不能被特异性地耗尽。 然而，所使用的系统允许各种应用，包括模拟生理流动条件。 制造商网站上给出了几个示例应用程序(https://ibidi.com/perfusion-system/112-ibidi-pump-system.html).
【背景】法尼醇是人类致病真菌白色念珠菌中的酵母 - 菌丝转移（Hornby等人，2001）的有效抑制剂，并且还促进了酵母生长的逆转预制长丝（Lindsay等人，2012）。群体感知分子（QSM）快速积聚在白念珠菌EED1缺失株的上清液中，并促进突变体（Polke等人）的反向形态发生和菌丝维持缺陷>，2017）。由于我们无法阻止法呢醇的合成（Polke等人，2017），我们使用了ibidi ®泵系统，通过单向去除上清液中累积的QSMs流。流动应用以及在孵育期间的恒定的培养基更换在C中显着延长了丝状化。白色念珠菌eed1Δ突变体。这表明QSM积累的成功去除，并且提供了在C中的菌丝维持和法呢醇信号之间的直接联系。白色假丝酵母。用于此协议（ibidi ...
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