| Rapid Isolation and Purification of Secreted Bacteriocins from Streptococcus mutans and Other Lactic Acid Bacteria
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] Bacteriocins are small ribosomally synthesized antimicrobial peptides produced by some microorganisms including lactic acid bacteria (LAB), a group of Gram-positive bacteria (cocci, rods) expressing high tolerance for low pH. Bacteriocins kill bacteria rapidly and are biologically active at very low concentrations. Bacteriocins produced by LAB are primarily active against closely related bacterial species. Many bacteriocins have been investigated with respect to their potential use in promoting human, plant, and animal health, and as food biopreservatives. Bacteriocins produced by LAB are particularly interesting since several LAB have been granted GRAS (Generally Recognized as Safe) status. Because it is not always possible to extract active bacteriocins secreted from cells grown in ...
[摘要] [摘要]细菌素是由一些核糖体合成的抗菌肽微生物，包括乳酸菌（LAB），一组革兰氏阳性菌（球菌，棒）表现出对低pH的高耐受性。细菌素可迅速杀死细菌，并在极高的温度下具有生物活性。低浓度。LAB生产的细菌素主要对紧密相关的细菌具有活性种类。已经研究了许多细菌素在促进细菌生长方面的潜在用途。对人类，植物和动物健康，以及作为食品生物防腐剂。LAB生产的细菌素是特别有趣的是，由于一些实验室已获得GRAS（通常被认为是安全的）状态。因为并非总是可能提取液体中生长的细胞分泌的活性细菌素介质，我们开发了一种使用半固体的简单而廉价的肽提取程序营养丰富的琼脂培养基。我们在此提出一种详细的程序，以快速提取出从口腔物种分泌的生物活性细菌素肽变异链球菌，多产的菌种的生产及其在其他实验室提取细菌素的潜在应用（例如，链球菌，乳球菌，肠球菌）。我们还提出了一种简单的检测方法纯化的细胞外肽提取物的细菌素活性测定
[背景]自然界中的大多数细菌并不是独立存在，而是存在于复杂的多物种中生物膜群落（López等，2010）。两者之间存在大量的身体和营养相互作用细菌有助于生物膜的生长和存活。细菌素的产生和分泌细胞外空间为生产者与其他竞争者赋予了独特的生态优势存在于同一生态位中的细菌（Donia and ...
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| ARP2/3 Phosphorylation Assay in the Presence of Recombinant Bacterial Effectors
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] The Actin-Related Protein 2/3 (ARP2/3) complex is an actin nucleator that generates a branched actin network in mammalian cells. In addition to binding nucleation promoting factors, LeClaire et al. demonstrated that its phosphorylation state is essential key for its activity (LeClaire et al., 2008). In cells, the ARP2/3 complex is phosphorylated on threonine and tyrosine residues of the ARP2, ARP3, and ARPC1 subunits (Vadlamudi et al., 2004; LeClaire et al., 2008; Narayanan et al., 2011; LeClaire et al., 2015). In particular, phosphorylation of threonine 237 and 238 of the ARP2 subunit is necessary to allow a change in the ARP2/3 complex structure to its active conformation (Narayanan et al., 2011; LeClaire et al., ...
[摘要] 肌动蛋白相关蛋白2/3（ARP2 / 3）复合物是在哺乳动物细胞中产生支链肌动蛋白网络的肌动蛋白成核剂。除了结合成核促进因子之外，LeClaire等人。证明其磷酸化状态是其活性的关键（LeClaire等人，2008）。在细胞中，ARP2 / 3复合物在ARP2，ARP3和ARPC1亚基的苏氨酸和酪氨酸残基上磷酸化（Vadlamudi等人，2004; LeClaire等人）。 ，2008; Narayanan等人，2011; LeClaire等人，2015）。特别地，ARP2亚基的苏氨酸237和238的磷酸化对于允许将ARP2 / 3复合物结构改变为其活性构象是必要的（Narayanan等人，2011; LeClaire等人al ，2015）。虽然对于真核细胞中的许多功能很重要，但ARP2 / 3复合物活性也有利于多种细胞病原体（Haglund和Welch，2011; Welch和Way，2013）。最近，我们证明细菌病原体，嗜肺军团菌，使用注射在宿主细胞质细胞中的细菌蛋白激酶来操纵ARP2 / 3复合磷酸化状态（Michard等人，2015） ）。在这里，我们描述如何测试细菌蛋白激酶或另一种蛋白激酶在体外上下文中磷酸化ARP2 / 3复合物的能力。首先，产生和纯化ARP2 / 3复合物和细菌蛋白激酶。然后，将纯化的蛋白质在ATP存在下培养，并通过Western印迹分析ARP2 / ...
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| Efficient Generation of Multi-gene Knockout Cell Lines and Patient-derived Xenografts Using Multi-colored Lenti-CRISPR-Cas9
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] CRISPR-Cas9 based knockout strategies are increasingly used to analyze gene function. However, redundancies and overlapping functions in biological signaling pathways can call for generating multi-gene knockout cells, which remains a relatively laborious process. Here we detail the application of multi-color LentiCRISPR vectors to simultaneously generate single and multiple knockouts in human cells. We provide a complete protocol, including guide RNA design, LentiCRISPR cloning, viral production and transduction, as well as strategies for sorting and screening knockout cells. The validity of the process is demonstrated by the simultaneous deletion of up to four programmed cell death mediators in leukemic cell lines and patient-derived acute lymphoblastic leukemia xenografts, in which ...
[摘要] 基于CRISPR-Cas9的敲除策略越来越多地用于分析基因功能。然而，生物信号通路中的冗余和重叠功能可能需要产生多基因敲除细胞，这仍然是一个相对费力的过程。在这里，我们详细介绍了多色LentiCRISPR载体在人体细胞中同时产生单次和多次敲除的应用。我们提供了一个完整的方案，包括指导RNA设计，LentiCRISPR克隆，病毒生产和转导，以及排序和筛选敲除细胞的策略。该过程的有效性通过同时删除白血病细胞系中多达四个程序性细胞死亡介质和来自患者来源的急性淋巴细胞白血病异种移植物，其中单细胞克隆是不可行的。该协议允许任何具有基本细胞生物学设备的实验室，生物安全2级设备和荧光激活细胞分选功能，可在一个月内有效产生单基因和多基因敲除细胞系或原代细胞。
从对细菌基因组中被称为聚簇定期交织的短回文重复（CRISPR）的遗传元件的好奇的初步观察开始（Ishino等人，1987; Mojica等人，2000 ）和随后在哺乳动物细胞中的基因编辑（Cong等人，2013; Mali等人，2013），CRISPR-Cas9已经成为廉价和有效的基因编辑。随着从烟草植物细胞到斑马鱼和原代人类细胞（Hsu等人，2014）的细胞系统的成功应用，CRISPR-Cas9可以通过短的20个核苷酸RNA序列的设计来引导在大基因组内的靶向DNA双链断裂（DSB）（Park等人，2016）。 ...
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