| Colorimetric RT-LAMP Methods to Detect Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Standard diagnostic methods of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) rely on RT-qPCR technique which have limited point-of-care test (POCT) potential due to necessity of dedicated equipment and specialized personnel. LAMP, an isothermal nucleic acid amplification test (NAAT), is a promising technique that may substitute RT-qPCR for POCT of genomic materials. Here, we provide a protocol to perform reverse transcription LAMP targeting SARS-CoV-2. We adopted both real-time fluorescence detection and end-point colorimetric detection approaches. Our protocol would be useful for screening diagnosis of COVID-19 and be a baseline for development of improved POCT NAAT.
[摘要] [摘要] 2019年冠状病毒病的标准诊断方法（COVID-19）依靠RT-qPCR技术，由于需要专用设备和专门人员，因此具有有限的即时检验（POCT）潜力。LAMP是一种等温核酸扩增测试（NAAT），是一种有前途的技术，可以用RT-qPCR代替基因组材料的POCT。在这里，我们提供了一种执行针对SARS-CoV-2的逆转录LAMP的协议。我们同时采用了实时荧光检测和终点比色检测方法。我们的协议对于筛查COVID-19的诊断将是有用的，并且是开发改进的POCT NAAT的基线。
[背景]快速和SARS-CoV的-2，COVID-19的病原的灵敏检测，重要的是要控制电流大流行的情况，因为它使得早期检测，隔离和治疗以及监测筛选。按照世界卫生组织的建议，当前用于检测SARS-CoV-2的标准方法采用RT-qPCR （世界卫生组织，2020年）。然而，RT-qPCR诊断的正确执行需要高水平的设施和专家，通常在医院/采样场所无法获得，因此缺乏POCT适用性。
由于等温扩增方法可以用相对简单的仪器进行检测，因此开发了等温扩增方法以通过在各种现场即时检测核酸来完成诊断（Niemz et ...
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| Mouse Model of Dengue Virus Infection with Serotypes 1 and 2 Clinical Isolates
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Dengue is a global public health threat caused by infection with any of the 4 related dengue virus serotypes (DENV1-4). Clinical manifestations range from self-limiting febrile illness, known as dengue fever (DF), to life-threatening severe diseases, such as dengue hemorrhagic fever (DHF) or dengue shock syndrome (DSS). Most cases of DHF/DSS are associated with secondary heterotypic infections through a phenomenon that is described as antibody-dependent enhancement of infection (ADE). There are an estimated 400 million human infections and several hundred thousand cases of severe dengue occurring yearly. At present, however, there are no approved antiviral drugs against DENV infection. The lack of a suitable animal model has hampered the evaluation of novel antiviral candidates for DENV ...
[摘要] 登革热是由4种相关登革热病毒血清型（DENV1-4）的任一种感染引起的全球公共卫生威胁。临床表现的范围从自限性发热疾病，称为登革热（DF），到危及生命的严重疾病，如登革热出血热（DHF）或登革热休克综合征（DSS）。大多数DHF/DSS病例通过描述为抗体依赖性增强感染（ADE）的现象与继发性异型感染相关。估计每年有4亿人感染和数十万例严重登革热病例。然而，目前，还没有批准的抗DENV感染的抗病毒药物。缺乏合适的动物模型阻碍了DENV感染的新抗病毒候选物的评价。由于DENV在免疫活性小鼠中不良地建立感染，已将AG129小鼠（缺乏I型和II型IFN [干扰素]受体）和小鼠适应的DENV2株应用于能够繁殖人类感染的几种主要病理的登革动物模型。最近，我们开发了具有临床分离株DENV1和DENV2的新的小鼠模型，其将用于药物测试和登革热发病机理研究（Watanabe等人，2016）。在这里我们描述建立临床分离株的登革热小鼠模型的细节;从体外材料制备到体内病毒感染。值得注意的是，由于DENV在小鼠中的感染性在病毒株之间不同，不是所有临床分离株都可以诱导严重的登革热。
关键字：登革热病毒，致命的小鼠模型，临床病毒，病毒感染的抗体依赖性增强，药物测试
[背景] 为了克服DENV在啮齿动物细胞中不能很好复制的缺点，多年来已经进行了许多努力来开发模拟人类登革热感染的小动物模型。近交小鼠模型系统允许实验可变性最小化，并且遗传工程小鼠模型能够再现动物中登革热临床症状的一些方面。过去的研究显示，用DENV2临床分离物感染的AG129小鼠（缺乏I型和II型IFN受体）感染瘫痪的迹象，这是中枢神经系统受累的病症，在人类病例中是罕见的（Shresta等人。，2004）。或者，产生可在AG129小鼠中诱导人类DHF/DSS样疾病的小鼠适应的DENV2毒株，并已用于登革热研究（Shresta等人，2006; ...
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| Determining the Relative Fitness Score of Mutant Viruses in a Population Using Illumina Paired-end Sequencing and Regression Analysis
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Author:
Date:
2015-05-20
[Abstract] Recent advances in DNA sequencing capacity to accurately quantify the copy number of individual variants in a large and diverse population allows in parallel determination of the phenotypic effects caused by each genetic modification. This systematic profiling approach is a combination of forward and reverse genetics, which we refer to as quantitative high-resolution genetics (qHRG). This protocol describes how to determine the relative fitness score of each variant compared to wild type (WT) virus based on its frequency determined by Illumina sequencing. Random mutagenesis techniques will be used to introduce randomization at each codon position of the targeted region, thereby generating a comprehensive input mutant library with substitutions at each position of interest (Qi et al. ...
[摘要] DNA测序能力的最近进展，准确量化大和多样群体中单个变体的拷贝数允许平行测定由每个遗传修饰引起的表型效应。这种系统分析方法是正向和反向遗传学的组合，我们称之为定量高分辨率遗传学（qHRG）。该方案描述了如何基于其通过Illumina测序确定的频率来确定每个变体与野生型（WT）病毒相比的相对适合度评分。随机诱变技术将用于在目标区域的每个密码子位置引入随机化，从而产生在每个感兴趣位置具有取代的综合输入突变文库（Qi等人，2014; Wu 等人，2014a; Wu ，2014b）。选择后，每个选定的文库将通过Illumina配对末端测序进行测序，并且确定每个突变的频率。基于频率的变化，可以用回归分析计算每个突变体的相对适合度分数。
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