| RETRACTED: Paper Lateral Flow Biosensor for Nodavirus Reverse Transcribed RNA Detection
|
|
Author:
Date:
2020-08-05
[Abstract] Paper nanobiosensors have been established as an excellent platform for analysis of veterinary and human pathogens causing various diseases. Especially, lateral flow assays or biosensors ideal for sensitive, rapid, robust and accurate analysis in laboratory setups and on-site analysis. Viral RNA detection is of great importance for public health as well as animal health protection. In that aspect, the present protocol focuses on the development of functionalized gold nanoparticle-based lateral flow biosensor for fish nervous necrosis virus (Nodavirus) nucleic acids detection. Total viral RNA, isolated from fish samples was subjected to reverse transcription PCR amplification and the amplification products were mixed with specific oligonucleotide probe. A red test line was formed when ...
[摘要] [摘要] 纸纳米生物传感器已经成为分析导致各种疾病的兽医和人类病原体的一个极好的平台。尤其是侧向流分析或生物传感器是实验室设备和现场分析中灵敏、快速、可靠和准确分析的理想选择。病毒RNA检测对公共卫生和动物健康保护具有重要意义。在这一方面，本协议的重点是开发功能化金纳米粒子侧流生物传感器，用于鱼类神经坏死病毒（Nodavirus）核酸检测。从鱼类标本中分离出的总病毒RNA进行逆转录PCR扩增，扩增产物与特异性寡核苷酸探针混合。当有nodavirus产物存在时，形成红色检测线。这种方法对基础研究有很大的意义，因为它消除了耗时、繁琐的电泳程序的需要，并且可以在养鱼场对养鱼户进行调整。利用这种生物分析平台进行病害监测，无需耗费大量时间和成本，对水产养殖和环境安全有很大影响。
[背景] 关注点和/或现场生物分析一直是关注人类和动物福祉的研究工作的最终目标。基于纸基的传感平台具有功能化简单、重现性好、制造成本低等优点，是一种极具吸引力的分析平台。纸基分析设备已应用于小分子、蛋白质和各种核酸的分析（Parolo和Merkoçi，2013；Bahadir和Sezgintürk，2016；Jiang等人，2019）。侧流生物传感器（LFB）是一种带有干试剂的预制材料条带，通过流体样品激活。它们专为一次性一次性使用而设计，只要有足够的开/关信号（Posthuma ...
|
|
|
| Mouse Adipose Tissue Protein Extraction
|
|
Author:
Date:
2020-06-05
[Abstract] As obesity becomes a global epidemic, the metabolism research field is increasingly focusing on studying the physiological and pathological roles of adipose tissues (AT). However, extracting proteins from AT is challenging due to abundant fat content of intracellular lipid droplets. Several commercial kits for extraction of AT proteins are available, as are protocols (such as the RELi protocol as well as other protein precipitation protocols). The protocols have been introduced to improve the quality and yield of extractions, but these methods either increase the cost or involve multiple steps. Herein, we describe a detailed protocol for mouse AT protein extractions based on our daily laboratory practice. This protocol requires only very common reagents and instruments, and can be ...
[摘要] [摘要 ] 随着肥胖成为全球性流行病，新陈代谢研究领域越来越集中于研究脂肪组织（AT）的生理和病理作用。然而，由于细胞内脂质滴中脂肪含量丰富，从AT中提取蛋白质具有挑战性。可提供用于提取AT蛋白的商业试剂盒，以及方案（例如RELi 该协议已被引入以提高提取的质量和产量，但是这些方法要么增加了成本，要么涉及多个步骤。在此，我们描述了一种基于小鼠AT蛋白提取的详细协议我们的日常实验室操作。该方案仅需非常通用的试剂和仪器即可完成，可在90-120分钟内完成并提供良好的总蛋白质含量回收率。因此，该方案是一种经济诱人，省时且高效的提取方法。来自AT的蛋白质。
[背景 ] 研究脂肪组织（AT）以解决与肥胖症病理生理学相关的问题通常涉及分析AT蛋白质。然而，AT蛋白质样品中的脂质污染严重影响蛋白质定量的准确性，蛋白质印迹图像的质量以及样品处理下游应用对。为了最大限度地减少脂质污染，商业试剂盒已被开发，如分TM 总蛋白提取试剂盒对脂肪组织/脂肪细胞培养S（发明生物技术公司，2017年）。中号矿全面协议的目标是减少脂肪含量，如过量的脂质（的去除RELI ）协议（迪亚兹马林等人，2019）和三氯乙酸（TCA）为基础的蛋白质沉淀法（Benbdelkamel 等人，2018）。尽管提高提取质量已经证实利用在上述过程中，这些方法的缺点也很明显：利用可商购的试剂盒 ...
|
|
|
| Extraction and Analysis of Pan-metabolome Polar Metabolites by Ultra Performance Liquid Chromatography–Tandem Mass Spectrometry (UPLC-MS/MS)
|
|
Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Modern triple quadrupole mass spectrometers provide the ability to detect and quantify a large number of metabolites using tandem mass spectrometry (MS/MS). Liquid chromatography (LC) is advantageous, as it does not require derivatization procedures and a large diversity in physiochemical characteristics of analytes can be accommodated through a variety of column chemistries. Recently, the comprehensive optimization of LC-MS metabolomics using design of experiments (COLMeD) approach has been described and used by our group to develop robust LC-MS workflows (Rhoades and Weljie, 2016). The optimized LC-MS/MS method described here has been utilized extensively for metabolomics analysis of polar metabolites. Typically, tissue or biofluid samples are extracted using a modified Bligh-Dyer ...
[摘要] 现代三重四极杆质谱仪提供检测和定量大量使用串联质谱（MS / MS）的代谢物的能力。液相色谱（LC）是有利的，因为它不需要大量的生理化学特性。近日，采用的实验（Colmed）的方式设计LC-MS代谢组的全面优化已经被描述和使用我们集团发展稳健的LC-MS工作流程（罗兹和Weljie，2016）。优化的LC-MS / MS方法已被广泛应用于极性代谢物的代谢组学分析。典型地，组织或生物流体样品使用经修饰的Bligh-Dyer的协议萃取（Bligh和Dyer的，1959; Tambellini 等人，2013年）。在此描述的方案使用靶向极性代谢物从通过超高效液相色谱 - 串联质谱法（UPLC-MS / MS）的组织和生物流体多反应监测（MRM）描述的工作流程。此工作流已被广泛用于chronometabolic分析（Krishnaiah 等人，第二千〇十七）中，用推广到其他类型的分析，以及应用程序（森古普塔等人 2017。 Sivanand等人，2017）。
【背景】质谱（MS）和核磁共振（NMR）（Liu和Locasale，2017）。虽然核磁共振和质谱是代谢组学的重要工具，但质谱可以更灵敏地分析样品（Liu and Locasale，2017）。在质谱法中，有多种方法可用，但是需要快速方法来描述全球代谢组学（Lv et ...
|
|
|