| Sleeping Beauty Transposon-based System for Rapid Generation of HBV-replicating Stable Cell Lines
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] The stable HBV-transfected cell lines, which based on stable integration of replication-competent HBV genome into hepatic cells, are widely used in basic research and antiviral drug evaluation against HBV. However, previous reported strategies to generate HBV-replicating cell lines, which primarily rely on random integration of exogenous DNA by plasmid transfection, are inefficient and time-consuming. We newly developed an all-in-one Sleeping Beauty transposon system (denoted pTSMP-HBV vector) for robust generation of stable HBV-replicating cell lines of different genotype. The pTSMP-HBV vector contains HBV 1.3-copy genome and dual selection markers (mCherry and puromycin resistance gene), allowing rapid enrichment of stably-transfected cells via red fluorescence-activated cell sorting ...
[摘要] 稳定的HBV转染细胞系基于将复制能力的HBV基因组稳定整合到肝细胞中，广泛用于基础研究和针对HBV的抗病毒药物评估。然而，先前报道的产生HBV复制细胞系的策略（其主要依赖于通过质粒转染的外源DNA的随机整合）是低效且耗时的。我们新开发了一体化睡眠美容转座子系统（表示为pTSMP-HBV载体），用于稳定产生不同基因型的稳定HBV复制细胞系。 pTSMP-HBV载体含有HBV1.3拷贝基因组和双重选择标记（mCherry和嘌呤霉素抗性基因），允许通过红色荧光激活细胞分选和嘌呤霉素抗生素选择快速富集稳定转染的细胞。在该方案中，我们描述了构建HBV复制稳定细胞和系统评估这些细胞的HBV复制和病毒蛋白表达谱的详细程序。
【背景】慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染目前是一个主要的公共卫生负担，影响全球超过2.4亿人（Witt-Kehati et al。，2016）。慢性HBV患者患慢性活动性肝炎，肝硬化或原发性肝细胞癌（HCC）的风险升高（Schweitzer et al。，2015）。目前用干扰素-α或核苷类似物治疗并不能根除病毒，它们对清除乙型肝炎表面抗原（HBsAg）的作用有限（Lucifora和Protzer，2016; Soriano et al。，2017） 。因此，迫切需要开发新的抗病毒抑制剂（Nassal，2015）。
用于评估新药抗HBV活性的细胞培养模型是新药开发的重要工具。稳定的HBV复制细胞系，携带复制能力的HBV基因组稳定整合到人肝癌细胞系（Huh7和/或HepG2）的基因组中，被广泛用于评估抗病毒药物的作用（Witt-Kehati ...
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| Centromere Chromosome Orientation Fluorescent in situ Hybridization (Cen-CO-FISH) Detects Sister Chromatid Exchange at the Centromere in Human Cells
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Human centromeres are composed of large tandem arrays of repetitive alpha satellite DNA, which are often sites of aberrant rearrangement in cancers (Mitelman et al., 1997; Padilla-Nash et al., 2001). To date, annotation of the human centromere repetitive sequences remains incomplete, greatly hindering in-depth functional studies of these regions essential for chromosome segregation. In order to monitor sister chromatid exchange happening at the centromere (C-SCE) due to recombination and mutagenic events, I have applied the Chromosome-Orientation Fluorescence in situ Hybridization (CO-FISH) technique to centromeres (Cen-CO-FISH) in human cells. This hybridization-based method involves (1) the incorporation of nucleotide analogs through a single round of ...
[摘要] 人类着丝粒由重复的α卫星DNA的大串联阵列组成，这些细胞通常是癌症中异常重排的位点（Mitelman等人，1997; Padilla-Nash等人 >，2001）。迄今为止，对人类着丝粒重复序列的注释仍然不完整，极大地妨碍了这些区域对染色体分离至关重要的深入功能研究。为了监测由于重组和诱变事件而在着丝粒（C-SCE）上发生姊妹染色单体交换，我将染色体定位荧光原位杂交（CO-FISH）技术应用于着丝粒（ Cen-CO-FISH）在人类细胞中的表达。这种基于杂交的方法包括（1）通过单轮复制掺入核苷酸类似物，（2）新合成的DNA链的酶消化和（3）单链探针的后续杂交，在不存在变性步骤的情况下。所产生的信号允许基于DNA的5'-3'方向性差异地标记每个姊妹染色单体，并评估指示C-SCE的异常染色模式。应用于人类着丝粒的Cen-CO-FISH方法揭示，人类着丝粒确实在循环细胞中发生重组，导致C-SCE，并且在经历衰老的癌细胞系和原代细胞中着丝粒不稳定性增强（Giunta和Funabiki，2017）。在这里，我介绍了人类细胞中Cen-CO-FISH方法的制备，实验程序和数据采集的详细方案。它还包括该技术的概念性概述，以及代表性图像和评分准则的示例。 Cen-CO-FISH是促进着丝粒重复探索的有用工具。
【背景】人类基因组计划于2003年标记为完成，但它遗漏了超过10％的人类重复DNA（de ...
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| RNA-dependent RNA Polymerase Assay for Hepatitis E Virus
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2017-04-05
[Abstract] RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) is essential for the replication of viral RNA for RNA viruses. It synthesizes the complementary strand of viral genomic RNA, which is used subsequently as a template to generate more copies of viral genome. This assay measures activity of the hepatitis E virus (HEV) RdRp. In contrast to protocols available to assay the RdRp activity of many other viruses, this assay utilizes DIG-11-UTP as a nonradioactive alternative to 32P-UTP, thereby increasing the convenience of performing the assay.
[摘要] RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）对RNA病毒的病毒RNA的复制至关重要。 它合成病毒基因组RNA的互补链，其随后用作模板以产生更多的病毒基因组拷贝。 该测定法测定戊型肝炎病毒（HEV）RdRp的活性。 与可用于测定许多其他病毒的RdRp活性的方案相比，该测定法使用DIG-11-UTP作为32P-UTP的非放射性替代物，从而增加了进行测定的便利性。
没有测定可测量HEV RdRp的活性。 已经使用放射性标记的核苷酸（Behrens等人，1996）在少数其他病毒如丙型肝炎病毒中测量了RdRp活性。 我们已经调整了Behrens等人所描述的协议。 （1996），并将其修饰为建立非放射性测定方案，其依赖于将DIG-11-UTP掺入反义RNA链中作为HEV RdRp的活性的量度。 该测定使用体外合成的病毒RNA片段作为模板，以使用基于化学发光的策略来测量从人肝癌细胞纯化的HEV RdRp蛋白的活性。
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