| Isolation of Commensal Escherichia coli Strains from Feces of Healthy Laboratory Mice or Rats
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The colonization abundance of commensal E. coli in the gastrointestinal tract of healthy laboratory mice and rats ranges from 104 to 106 CFU/g feces. Although very well characterized, the family that E. coli belongs to has a very homogeneous 16S rRNA gene sequence, making the identification from 16S rRNA sequencing difficult. This protocol provides a procedure of isolating and identifying commensal E. coli strains from a healthy laboratory mouse or rat feces. The method can be applied to isolate commensal E. coli from other laboratory rodent strains.
[摘要] 共生E的殖民丰度。 大肠杆菌在健康实验小鼠和大鼠的胃肠道中的范围为10 4至10 6 CFU / g粪便。 虽然描述得非常好，但那个家族就是这样的。 大肠杆菌属于具有非常均一的16S rRNA基因序列，使得从16S rRNA测序鉴定困难。 该协议提供了分离和识别共生E的程序。 来自健康实验室小鼠或大鼠粪便的大肠杆菌菌株。 该方法可以应用于隔离共生电子。 来自其他实验室啮齿类动物的大肠杆菌。
【背景】大肠杆菌是革兰氏阴性兼性厌氧菌，其仅构成脊椎动物肠道微生物群的一小部分，但在微生物相互作用，免疫调节和代谢功能中起关键作用（Tenaillon等人。，2010）。作为最好的模式微生物之一，共生E。已经越来越多地研究大肠杆菌菌株以揭示肠道共生微生物适应独特生态位并影响宿主生理机制。然而，不同菌株之间的高度同源性在共生E的鉴定和表征上提出了困难。基于16S rRNA测序方法的大肠杆菌。由于新一代测序技术的发展和全基因组的大规模分析，我们能够识别共生E。根据基因组中毒力基因的存在，分离自不同宿主的胃肠道的大肠杆菌菌株。在这个协议中，我们展示了一种分离和识别共生E的方法。使用选择性培养基和全基因组测序从实验室小鼠或大鼠获得大肠杆菌菌株。但是，应该指出的是，共生E的存在。大肠杆菌在实验室动物中取决于设施的供应商和环境条件。
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| Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Barley Seedling Leaves
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Author:
Date:
2015-06-20
[Abstract] Virus induced gene silencing (VIGS) is one of the most potent reverse genetics technologies for gene functional characterisation. This method exploits a dsRNA-mediated antiviral defence mechanism in plants. Using this method allows researchers to generate rapid phenotypic data in a relatively rapid time frame as compared to the generation of stable transformants. Here we describe a simple method for silencing a target gene in barley seedling leaves using vectors based on the Barley Stripe Mosaic Virus (BSMV).
[摘要] 病毒诱导的基因沉默（VIGS）是基因功能表征的最有效的反向遗传学技术之一。 这种方法利用dsRNA介导的抗病毒防御机制在植物中。 与稳定转化体的产生相比，使用该方法允许研究人员在相对快的时间框架中产生快速表型数据。 在这里我们介绍了一种简单的方法，使用基于大麦条纹花叶病毒（BSMV）的载体，在大麦幼苗叶片中沉默目标基因。
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| PCR-RFLP Genotyping of Point Mutations in Caenorhabditis elegans
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Author:
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2012-03-20
[Abstract] This protocol describes the basic principle of PCR/restriction digest genotyping of point mutations in worms, based on the principle of Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) analysis. This type of genotyping is, particularly, useful when phenotypic analysis of animals carrying point mutations is difficult (e.g., in a complex genetic background).
I will illustrate the general procedures, using an example of daf-2 gene, encoding the sole insulin/IGF-1 receptor of C. elegans. Gems et al.(1998) did a very elegant job and characterized a series of mutations of daf-2, including the following two temperature-sensitive hypomorphic alleles:
daf-2(e1370): Substitution C/T (wild type/mutant), amino acid change: Missense P to S
Flanking ...
[摘要] 该协议描述了基于限制性片段长度多态性（RFLP）分析的原理的蠕虫中点突变的PCR /限制性消化基因分型的基本原理。当具有点突变的动物的表型分析困难时（例如在复杂遗传背景中），这种类型的基因分型特别有用。
我将用一个编码C的唯一胰岛素/IGF-1受体的daf-2基因的实例来说明一般程序。 elegans 。 Gems等人（1998）做了非常优雅的工作，并且表征了daf-2的一系列突变，包括以下两个温度敏感的hypomorphic等位基因：
daf-2（e1370）：取代C/T（野生型/突变体），氨基酸改变：错配P至S
侧翼序列：
5'-CTCTATGAAATGGTTACACTCGGTGCTCAGCATATATTGGTTTGAGTAATGAGGTGT < br="">细胞内激酶结构域，I类，强表型。
daf-2（e1368）：替换C/T（野生型/突变体），氨基酸改变：错误S到L 侧翼序列： 5' -TCCGGAATTTACGTATTGAGGCAAAGTACTGTTCAGAAATVTATATGCTATCACAGT 细胞外配体结合域II类，弱表型。 在这里，我将向您展示如何设计用于PCR-RFLP分析的引物。 daf-2（e1370）：由Ken-on实验室Seung-Jae ...
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