| Detection of Protein Interactions in the Cytoplasm and Periplasm of Escherichia coli by Förster Resonance Energy Transfer
|
|
Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract] This protocol was developed to qualitatively and quantitatively detect protein-protein interactions in Escherichia coli by Förster Resonance Energy Transfer (FRET). The described assay allows for the previously impossible in vivo screening of periplasmic protein-protein interactions. In FRET, excitation of a donor fluorescent molecule results in the transfer of energy to an acceptor fluorescent molecule, which will then emit light if the distance between them is within the 1-10 nm range. Fluorescent proteins can be genetically encoded as fusions to proteins of interest and expressed in the cell and therefore FRET protein-protein interaction experiments can be performed in vivo. Donor and acceptor fluorescent protein fusions are constructed for bacterial proteins ...
[摘要] 该协议的开发是通过Förster共振能量转移（FRET）定性和定量检测大肠杆菌中的蛋白质 - 蛋白质相互作用。所描述的测定允许以前不可能的周质蛋白质 - 蛋白质相互作用的体内筛选。在FRET中，供体荧光分子的激发导致能量转移到受体荧光分子，如果它们之间的距离在1-10nm范围内，则受体荧光分子将发光。荧光蛋白质可以被遗传编码为与感兴趣的蛋白质的融合物并且在细胞中表达，因此FRET蛋白质 - 蛋白质相互作用实验可以在体内进行。供体和受体荧光蛋白融合体被构建用于被怀疑相互作用的细菌蛋白质。这些融合蛋白在细菌细胞中共表达，随后激发供体和受体通道测量荧光发射光谱。供体的发射光谱与受体的激发光谱之间的部分重叠是FRET的先决条件。即使在没有FRET的情况下，供体激发也可以使受体以已知百分比交叉激发。通过测量背景，仅供体和仅受体样品的参考光谱，可以计算预期的发射光谱。在预期光谱之上的受体的致敏发射可以归因于FRET，并且可以通过光谱解混来量化。
【背景】确定如何和哪些蛋白质相互作用维持生命是分子生物学研究的核心。存在许多体外方法，但可能导致误报，因为相互作用是从其生物学背景中取出的。 ...
|
|
|
| Mating Based Split-ubiquitin Assay for Detection of Protein Interactions
|
|
Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] The mating based split-ubiquitin (mbSUS) assay is an alternative method to the classical yeast two-hybrid system with a number of advantages. The mbSUS assay relies on the ubiquitin-degradation pathway as a sensor for protein-protein interactions, and it is suitable for the determination of interactions between full-length proteins that are cytosolic or membrane-bound. Here we describe the mbSUS assay protocol which has been used for detecting the interaction between K+ channel and SNARE proteins (Grefen et al., 2010 and 2015; Zhang et al., 2015 and 2016)
[摘要] 基于交配的分ubiquitin（mbSUS）测定是具有许多优点的经典酵母双杂交系统的替代方法。 mbSUS测定依赖于泛素降解途径作为蛋白质 - 蛋白质相互作用的传感器，并且它适用于测定细胞溶质或膜结合的全长蛋白质之间的相互作用。在这里，我们描述了已经用于检测K + 通道和SNARE蛋白之间的相互作用的mbSUS测定方案（Grefen等人，2010和2015; Zhang 等等，2015和2016）
背景 图1是mbSUS测定的概况。泛素部分被分成两半，N末端半突变（NubG）以避免重组。泛素部分（Cub）的C末端一半与转录报告基因复合物PLV（Protein A-LexA-VP16）连接。两种蛋白质（X和Y）分别与NubG和CubPLV融合产生蛋白质 - 蛋白质相互作用分析系统。转化后，酵母菌株THY.AP5含有NubG-X融合蛋白，而酵母菌株THY.AP4含有Y-CubPLV融合蛋白。在交配后，在二倍体酵母中，如果蛋白质X和Y彼此相互作用，则将重新组装功能性泛素，这导致PLV的切割。释放的转录蛋白复合物PLV可以开启报告基因（ADE2，HIS3），并允许酵母生长在选择性培养基上。
...
|
|
|
| Halo Assay for Toxic Peptides and Other Compounds in Microorganisms
|
|
Author:
Date:
2016-11-20
[Abstract] We describe an assay for determination of toxicity in S. cerevisiae involving spotting of a toxic peptide on a lawn of yeast cells. This assay may be generalized to determine toxicity of a variety of compounds by substituting a putative toxic compound in place of the peptide. The general protocol may also be used to determine toxicity of any small compound toward another microorganism by replacing S. cerevisiae with the target microbe and modifying growth conditions accordingly.
[摘要] 我们描述了用于测定S中的毒性的测定法。酿酒酵母包括在酵母细胞的菌苔上发现毒性肽。该测定法可以概括为通过用推定的毒性化合物代替肽来测定多种化合物的毒性。一般方案还可以用于通过替换S来确定任何小的化合物对另一种微生物的毒性。酿酒酵母与目标微生物并相应地改变生长条件。
[背景] 二肽/三肽是所有生物体氮，碳和氨基酸的主要来源之一。含有毒性氨基酸残基的合成肽提供了测定酿酒酵母中肽转运和/或利用的实验方法。通过细胞内肽酶或蛋白酶水解内化肽释放毒性残留物，导致在培养皿中铺板的细胞培养板上生长停滞的容易检测的区域（晕轮）。例如，在细胞内水解时，毒性肽Ala-Eth释放乙硫氨酸（Eth），甲硫氨酸拮抗剂干扰氨基酸掺入蛋白质中以及DNA和其它甲基化途径的正常甲基化，从而导致细胞死亡。当点样到酵母细胞的草坪上时，转运的二肽Ala-Eth将抑制生长，并且在含有Eth的有毒肽被点样的区域周围的细胞的细胞壁中形成清晰的"晕"（图1A）。本文描述的用于测定肽中毒性的测定。 （1）可以通过简单地使用推定的有毒化合物代替含有毒性氨基酸的肽来修饰以确定任何底物的毒性，或者（2）其可以被修饰以通过替换S来确定底物对任何微生物的毒性。酿酒酵母在用靶生物的测定中。它是一种简单，廉价和相对快速的方法，用于确定针对特定生物体和所测定的毒性部分修改的底物毒性。
|
|
|