| Isolation of Phages Infecting Marinomonas mediterranea by an Enrichment Protocol
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] This protocol describes the isolation of lytic phages infecting the marine bacterium Marinomonas mediterranea from samples of seawater, sand, and seagrass from Posidonia oceanica meadows. It includes the collection of samples, the enrichment method and the isolation and purification of the phages using double layer agar plates. Although the method has been optimized for M. mediterranea, it might be used in the isolation of phages infecting other Marinomonas species and marine bacteria.
[摘要] 该协议描述了从 Posidonia oceanica 草甸的海水，沙子和海草样品中分离感染海洋细菌 Marinomonas mediterranea 的裂解噬菌体。 它包括样品的收集，富集方法以及使用双层琼脂平板分离和纯化噬菌体。 虽然该方法已针对 M进行了优化。 地中海，它可能用于分离感染其他 Marinomonas 物种和海洋细菌的噬菌体。
【背景】CRISPR-Cas系统通过获取侵入性元件的核酸的短片段（间隔物），在原核生物中提供针对遗传感染的适应性免疫。这些“感染的分子记忆”用于产生指导RNA，其在新的感染发生时将Cas核酸酶靶向病原体。间隔区直接存储在宿主的基因组中，散布在CRISPR阵列的定向重复序列之间。对原核基因组以及宏基因组数据集中间隔序列库的分析突出了大量未发现的遗传病原体，这些病原体是CRISPR-Cas系统的靶标（Shmakov et al。，2017） 。感染感兴趣的微生物的噬菌体的分离可以提供对自然环境中CRISPR-Cas系统的作用机制的重要见解。
在这项工作中，我们提供了一种简单而廉价的方法，用于从该微生物的自然环境中分离感染模型细菌 Marinomonas mediterranea ...
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| Ex vivo Analysis of Lipolysis in Human Subcutaneous Adipose Tissue Explants
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Most studies of human adipose tissue (AT) metabolism and functionality have been performed in vitro on isolated mature adipocyte or in situ using the microdialysis technique (Lafontan, 2012). However, these approaches have several limitations. The use of mature isolated adipocytes is limiting as adipocytes are not in their physiological environment and the collagenase digestion process could affect both adipocyte survival and functionality. While metabolic studies using microdialysis have brought the advantage of studying the lipolytic response of the adipose tissue in situ, it provides only qualitative measures but does not give any information on the contribution of different adipose tissue cell components. Moreover, the number of microdialysis probes that can ...
[摘要] 人脂肪组织（AT）代谢的上havebeen执行的大多数研究和功能的体外上分离的脂肪细胞成熟或原位使用微透析技术（Lafontan，2012）。但是，这些方法有几个限制。成熟的分离的脂肪细胞的使用是有限的，因为脂肪细胞不在其生理环境中，胶原酶消化过程可能影响脂肪细胞的存活和功能。虽然微透析代谢研究带来了学习原位脂肪组织中的的脂肪分解反应的优点的它仅提供定性的措施，但并没有给出不同的脂肪组织细胞成分的贡献的任何信息。此外，可以在受试者中同时使用的微透析探针的数量是有限的，并且可以受到局部血流量变化和微透析样品的分子大小截断的影响。在这里，我们提出了一个协议，以评估对脂肪组织的功能的体外在AT植允许脂肪组织的研究中其整个范围内，几个小时。此外，可以评估脂肪分解的细胞特异性影响。直接在脂肪组织基质血管室。在脂肪组织中（Gao等人，2016）。
【背景】人类白色脂肪组织（WAT）在体内能量平衡中起主要作用。脂肪细胞是表达特异性脂质处理代谢活动的特化细胞，构成超过90％的WAT体积（Lafontan，2012）。除了脂肪细胞，其他细胞类型是人类WAT中存在的例如，血管细胞，免疫细胞（淋巴细胞和巨噬细胞）和祖细胞在WAT重构和更新参与。脂肪细胞的代谢活动受到局部和全身途径整合的严格控制。在合成代谢或分解代谢条件影响调制的净脂肪细胞的代谢活性神经体液信号， I.E. ...
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| Extraction and Quantification of Polyphosphate in the Budding Yeast Saccharomyces cerevisiae
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Author:
Date:
2016-07-20
[Abstract] Inorganic polyphosphate (polyP) is a linear polymer present in both prokaryotic and eukaryotic organisms and made from three to hundreds of orthophosphate residues linked by phosphoanhydride bonds. The biological role of this molecule goes beyond serving as Pi store or energy source to replace ATP. For instance, in yeast polyP levels have been related to stress adaptation and this molecule has been shown to be the substrate for polyphosphorylation of proteins. Here we describe two different methods to purify polyP from the yeast Saccharomyces cerevisiae and the subsequent protocol to quantify polyP levels by spectrophotometrically measuring the Pi generated upon enzymatic hydrolysis of purified polyP. It must be noted that the purification protocol used greatly influences the ...
[摘要] 无机多磷酸盐（polyP）是存在于原核和真核生物中的线性聚合物，由通过磷酸酐键连接的三至数百个正磷酸盐残基制成。 这种分子的生物学作用超越了作为P 1储存或能量源以代替ATP。 例如，在酵母中，polyP水平与应激适应相关，并且该分子已经显示为蛋白质多磷酸化的底物。 在这里，我们描述了从酵母酿酒酵母中纯化polyP的两种不同方法和随后的通过分光光度法测量在酶水解纯化的polyP时产生的Pi来定量polyP水平的方案。 必须注意的是，所使用的纯化方案极大地影响所获得的polyP值。
图1. polyP的酶水解
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