|
Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] Cellular barcoding enables the dissection of clonal dynamics in heterogeneous cell populations through single cell lineage tracing. The labeling of hematopoietic stem and progenitor cells (HSPCs) with unique and heritable DNA barcodes, makes it possible to resolve donor cell heterogeneity in terms of differentiation potential and lineage bias at the single cell level, through subsequent transplantation and high-throughput sequencing. Furthermore, cellular barcoding allows for bona fide hematopoietic stem cells (HSCs) to be defined based on functional rather than immunophenotypic parameters.
This protocol describes the work flow of lentiviral cellular barcoding, tracking 14.5 days post coitum (d.p.c.) fetal liver (FL) Lineage-Sca+cKit+ (LSK) HSPCs following ...
[摘要] 细胞条形码可以通过单细胞谱系追踪来分离异种细胞群体中的克隆动力学。通过独特和可遗传的DNA条形码对造血干细胞和祖细胞（HSPC）进行标记，可以通过随后的移植和高通量测序，在单细胞水平上分化供体细胞异质性，分化潜力和谱系偏倚。此外，细胞条形码可以根据功能而不是免疫表型参数定义真正的造血干细胞（HSC）。
＆nbsp;该协议描述了慢病毒细胞条形码的工作流程，追踪1450天后（dpc）胎肝（FL）Lineage-Sca+ cKit + （LSK）HSPC经过长期重建（图1）（Kristiansen等人，2016），但可以适应于选择的细胞类型或时间框架。
![]()
图1.实验工作流程摘要（Naik 等人，2013）
最初建立了细胞条形码技术来解决在体内移植造血细胞后的单细胞动力学，并且近年来在移植中对血细胞群体中功能异质性的认识有显着贡献（Schepers ，2008; Gerrits等人，2010; Lu等人，2011; Naik等人 ，2013; Verovskaya等人，2013; ...
|
|
Author:
Date:
2016-07-05
[Abstract] Relative chromosome dosage, i.e., increases or decreases in the number of copies of specific chromosome regions in one sample versus another, can be determined using aligned read-counts from Illumina sequencing (Henry et al., 2010). The following protocol was used to identify the different classes of aneuploids that result from uniparental genome elimination in Arabidopsis thaliana, including chromosomes that have undergone chromothripsis (Tan et al., 2015). Uniparental genome elimination results in the production of haploid progeny from crosses to specific strains called “haploid inducers” (Ravi et al., 2014). On the other hand, chromothripsis, which was first discovered in cancer genomes, is a phenomenon that results in clustered, ...
[摘要] 可以使用来自Illumina测序的对准读数确定相对染色体剂量，即，一个样品中特定染色体区域的拷贝数相对于另一个样品的拷贝数的增加或减少（Henry等人，2010）。以下方案用于鉴定拟南芥中单亲基因组消除的不同类型的非整倍体，包括染色体发生染色体（Tan等，2015）。单亲基因组消除导致从杂交到称为“单倍体诱导物”的特异性菌株的单倍体后代的产生（Ravi等，2014）。另一方面，在癌症基因组中首次发现的chromothripsis是导致聚类，高度重排的染色体的现象。在植物中，作为基因组消除的结果已经观察到chromothripsis（Tan等人，2015）。检测染色体剂量的变化在与基因组消除相关的那些旁边有多种应用。例如，通过花粉粒的γ-照射产生杨树杂种的剂量变异种群。使用该技术鉴定了数百个剂量损伤，插入和缺失，并提供了一种将基因座与在该群体中观察到的表型后果相关联的方法（Henry等，2015）。
该方法已成功应用于许多不同物种的染色体用量变化，包括拟南芥（Tan et al。，2015），拟南芥（Ravi et al。，2014），水稻（Henry et ...
|