| Assessment of Wheat Resistance to Fusarium graminearum by Automated Image Analysis of Detached Leaves Assay
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] Fusarium head blight (FHB) caused by Fusarium pathogens is a globally important cereal disease. To study Fusarium pathogenicity and host disease resistance, robust methods for disease assessment and quantification are needed. Here we describe the procedure of a detached leaves assay emphasizing the image analysis. The protocol provides the different steps of a rapid, automatic and quantitative image analysis to evaluate leaf area infected by Fusarium graminearum.
[摘要] 镰孢霉病引起的枯萎病（FHB）病原体是全球重要的谷物疾病。为了研究镰刀菌致病性和宿主抗病性，需要用于疾病评估和定量的强大方法。这里我们描述强调图像分析的分离叶分析的过程。该方案提供了快速，自动和定量的图像分析的不同步骤，以评估禾谷镰孢感染的叶面积。
背景 通过在开花期的视觉评分估计整个植物水平的小麦FHB抗性，这是费力，耗时且需要空间的。因此，已经开发了加速早期植物阶段对FHB抗性的疾病评估的方法，例如种子发芽测定（Browne，2009），胚芽鞘试验（Shin et al。 ，2014），脱叶测定（Browne和Cooke，2004）和幼苗测定（Li等人，2010）。分离叶分析通常用于评估宿主对镰刀菌的反应，并且成功鉴定了FHB抗性的组分（Browne和Cooke，2004）。在这样的测定中，目视评估病原体的建立是耗时且限制精确测量的。最近由Perochon等人描述的方法。 （2015），并在此详细解析了这两个限制，通过使用自动方法，量化基于粒径的图像分析感染的叶面积。
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| Pyocyanin Extraction and Quantitative Analysis in Swarming Pseudomonas aeruginosa
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] This protocol describes the quantification of pyocyanin extracted from swarming colonies of Pseudomonas aeruginosa. Pyocyanin is a secondary metabolite and a major virulence factor, whose production is inducible and varies highly under different growth conditions. The protocol is based on the earlier developed chloroform/HCl extraction of pyocyanin from liquid cultures (Frank and Demoss, 1959). Swarming colonies together with the agar they occupy are split into two halves. Pyocyanin is extracted from one of them. Cells are collected from the other half and used to quantify total protein yield and normalize the estimated corresponding pyocyanin quantities.
[摘要] 该方案描述了从绿脓假单胞菌的群体群体提取的绿脓素的定量。绿脓素是次级代谢产物和主要毒力因子，其生产是可诱导的并且在不同生长条件下高度变化。该方案基于早先开发的氯仿/HCl从液体培养物中提取绿脓素（Frank和Demoss，1959）。聚集的菌落与它们所占据的琼脂一起分成两半。从它们之一提取绿脓菌素。从另一半收集细胞并用于定量总蛋白质产量并使估计的相应的绿脓素量标准化。
关键字：绿靛，Swarming，铜绿色，氯仿提取，毒力因子，运动性
[背景] 绿脓菌素是一种由人类病原体产生的蓝色氧化还原活性吩嗪色素。铜绿。绿脓菌素大量存在于感染有P的囊性纤维化患者的痰液中。 （Wilson等人，1988），并在病原体的毒力中起重要作用（Lau等人，2004）。绿脓菌素产生通过群体感应来调节，其涉及调节毒力基因的表达的信号分子的细胞密度依赖性合成（Fuqua等人，2001）。群集是响应于多种环境信号并使得细胞在半固体表面上的运动和宿主组织的建群而形成的复杂的共同行为。我们早先的观察表明，在液体培养物中的绿脓素生产。铜绿色与群体中的群体显着不同，可能是由于群体感应调节。因此，我们开发了一个协议，允许提取和定量的绿脓菌分泌的细胞成周围的琼脂分泌。所获得的量通过从群集细胞提取的总细胞蛋白质归一化。该方案不同于从固体琼脂表面（De ...
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| MNase Digestion for Nucleosome Mapping in Neurospora
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Author:
Date:
2016-06-05
[Abstract] Digestion of chromatin by micrococcal nuclease MNase followed by high throughput sequencing allows us to determine the location and occupancy of nucleosomes on the genome. Here in this protocol we have described optimized conditions of MNase digestion of filamentous fungus Neurospora crassa chromatin without a requirement of a nuclear fractionation step.
[摘要] 通过微球菌核酸酶MNase消化染色质，然后高通量测序允许我们确定核小体在基因组上的位置和占据。 在这个协议中，我们描述了MNase消化丝状真菌粗糙链孢霉染色体的优化条件，而不需要核分馏步骤。
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