| In vitro Enzymatic Assays of Histone Decrotonylation on Recombinant Histones
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Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract] Class I histone deacetylases (HDACs) are efficient histone decrotonylases, broadening the enzymatic spectrum of these important (epi-)genome regulators and drug targets. Here, we describe an in vitro approach to assaying class I HDACs with different acyl-histone substrates, including crotonylated histones and expand this to examine the effect of inhibitors and estimate kinetic constants.
[摘要] I类组蛋白去乙酰化酶（HDACs）是有效的组蛋白去蛋白酶，拓宽了这些重要（epi-）基因组调节因子和药物靶标的酶谱。 在这里，我们描述了一种体外方法来测定具有不同酰基 - 组蛋白底物的I类HDAC，包括巴豆酰化组蛋白，并将其扩展以检查抑制剂的作用并估计动力学常数。
【背景】组蛋白的翻译后修饰是基因组调控的重要方面，包括基因表达（例如参见Pengelly et al。，2013;在Castillo 等人中综述，2017）。组蛋白修饰改变染色质结构和/或调节蛋白质的结合，例如核小体重塑因子（在Bannister和Kouzarides，2011中综述）。大多数组蛋白修饰是可逆的并且可以酶促去除。例如，通过组蛋白脱乙酰基酶（HDAC）除去组蛋白乙酰化，其中存在几类。近年来，新的组蛋白赖氨酸酰化，包括琥珀酰化，丙酰化，丁酰化，羟基丁基化和巴豆酰化已成为规范组蛋白乙酰化的新替代物，并且已经证实了许多这些新发现的组蛋白修饰的功能相关性（Sabari 等人，2017）。特别是，组蛋白巴豆酰化与活性基因表达有关，并被认为受细胞代谢状态的影响（Sabari et al。，2015; Fellows et al。 ，2018年）。最近已显示I类组蛋白脱乙酰酶也有效地去除组蛋白质（Wei et al。，2017; Fellows et al。，2018）。
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| Characterizing the Transcriptional Effects of Endolysin Treatment on Established Biofilms of Staphylococcus aureus
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Biofilms are the most common lifestyle of bacteria in both natural and human environments. The organized structure of these multicellular communities generally protects bacterial cells from external challenges, thereby enhancing their ability to survive treatment with antibiotics or disinfectants. For this reason, the search for new antibiofilm strategies is an active field of study. In this context, bacteriophages (viruses that infect bacteria) and their derived proteins have been proposed as promising alternatives for eliminating biofilms. For instance, endolysins can degrade peptidoglycan and, ultimately, lyse the target bacterial cells. However, it is important to characterize the responses of bacterial cells exposed to these compounds in order to improve the design of phage-based ...
[摘要] 生物膜是自然和人类环境中最常见的细菌生活方式。这些多细胞社区的有组织结构通常保护细菌细胞免受外部挑战，从而增强其抗生素或消毒剂治疗的生存能力。为此，寻找新的抗菌膜策略是一个积极的研究领域。在这种情况下，已提出噬菌体（感染细菌的病毒）及其衍生蛋白作为消除生物膜的有希望的替代物。例如，内溶素可降解肽聚糖，并最终裂解靶细菌细胞。然而，表征暴露于这些化合物的细菌细胞的反应以改进基于噬菌体的抗微生物策略的设计是重要的。
如以前在Fernández等人（2017）中所描述的，开发该协议以检查暴露于内溶素处理的金黄色葡萄球菌生物膜细胞的转录反应。然而，它可能随后适用于分析其他微生物对不同抗菌剂的反应。
【背景】越来越清楚的是，亚抑制剂量的抗菌剂可能对目标微生物的不同表型具有调节作用，包括生物膜形成，代谢或毒力。因此，研究新化合物对低浓度靶细胞的潜在影响应该是发展过程的一部分。事实上，引发毒力因子或抗生素耐药决定簇产生的非常有效的抗菌剂可能不是治疗应用的良好候选者。另一方面，考虑到生物膜和浮游细胞之间的生理差异，应该对生物膜形成细胞分析新抗生物膜剂的作用似乎是合乎逻辑的。在这里，我们描述了一种协议，用于分析生物膜细胞在亚抑制浓度的内抑素浓度下的转录反应，噬菌体来源的蛋白质作为生物膜去除剂展现出巨大的前景。因此，通过RNA-seq将内溶素处理的细胞的转录组与对照细胞进行比较，并且后来通过RT-qPCR证实了所选基因的差异表达。 ...
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| Campylobacter jejuni γ-glutamyltranspeptidase Activity Assay
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Author:
Date:
2016-03-05
[Abstract] The enzyme γ-glutamyltranspeptidase (GGT, EC 2.3.2.2) is highly conserved among eukaryotic and prokaryotic organisms (Heisterkamp et al., 2008) and has a key function in glutathione metabolism. Although the enzyme is highly conserved and found throughout organisms ranging from bacteria to plants and animals several major difference between eukaryotic and prokaryotic GGT can be noticed. They mainly concern the enzyme localization and posttranslational modification. Eukaryotic GGT is cell membrane anchored and highly glycosylated whereas prokaryotic GGT does not undergo this posttranslational modification and is a soluble periplasmic protein. GGT amino acids sequences of diverse origin exhibit high amino acid similarity (Ong et al., 2008). The prokaryotic GGT enzymes are ...
[摘要] 酶γ-谷氨酰转肽酶（GGT，EC 2.3.2.2）在真核和原核生物体中是高度保守的（Heisterkamp等人，2008），并且在谷胱甘肽代谢中具有关键功能。虽然酶是高度保守的，并且在从细菌到植物和动物的整个生物体中发现，可以注意到真核和原核GGT之间的几个主要区别。它们主要涉及酶定位和翻译后修饰。真核GGT是细胞膜锚定和高度糖基化，而原核GGT不经历这种翻译后修饰，并且是可溶性周质蛋白。不同来源的GGT氨基酸序列显示高氨基酸相似性（Ong等人，2008）。原核GGT酶作为酶原产生，装备有典型的原核信号序列，并通过内膜转运到周质中，其中酶经历自催化切割。这种蛋白水解产生成熟的二聚体，其将γ-谷氨酰部分从胞外谷胱甘肽和相关化合物转移到氨基酸或肽（Hanigan等人，1998）。可以容易地测量GGT酶活性，因为其催化γ-谷氨酰基从无色底物L-γ-谷氨酰基-3-羧基-4-硝基苯胺转移至受体甘氨酰甘氨酸，导致产生黄色有色产物，对硝基苯胺（图1），其可以通过分光光度计（图2）测量。在这里我们描述了一种测定革兰氏阴性细菌空肠弯曲杆菌中的GGT活性的方案，其中一些微小的修饰，该方案也适用于其他革兰氏阴性菌/em>细菌种。
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