| Nuclear/Cytoplasmic Fractionation of Proteins from Caenorhabditis elegans
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] C. elegans is widely used to investigate biological processes related to health and disease. To study protein localization, fluorescently-tagged proteins can be used in vivo or immunohistochemistry can be performed in whole worms. Here, we describe a technique to localize a protein of interest at a subcellular level in C. elegans lysates, which can give insight into the location, function and/or toxicity of proteins.
[摘要] ℃。 线虫>广泛用于研究与健康和疾病相关的生物过程。 为了研究蛋白质定位，荧光标记的蛋白质可用于体内>或免疫组织化学可在整个蠕虫中进行。 在这里，我们描述了一种在 C中亚细胞水平定位感兴趣的蛋白质的技术。 线虫>裂解物，可以洞察蛋白质的位置，功能和/或毒性。
【背景】亚细胞分级已用于不同的模式生物中以鉴定和研究细胞核，细胞膜和细胞质中的蛋白质功能。 例如，当聚集倾向蛋白定位于细胞核或细胞质中时，它们的毒性可能更大（Kontopoulos et al。>，2006; Barmada et al。>，2010）。 在这里，我们提供了一个协议（改编自Chen et al。>，2000和La Rocca et al。>，2007）来定位的细胞核和细胞质组分中的特定蛋白质。>℃。线虫>。
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| Filter Retardation Assay for Detecting and Quantifying Polyglutamine Aggregates Using Caenorhabditis elegans Lysates
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Protein aggregation is a hallmark of several neurodegenerative diseases and is associated with impaired protein homeostasis. This imbalance is caused by the loss of the protein’s native conformation, which ultimately results in its aggregation or abnormal localization within the cell. Using a C. elegans model of polyglutamine diseases, we describe in detail the filter retardation assay, a method that captures protein aggregates in a cellulose acetate membrane and allows its detection and quantification by immunoblotting.
[摘要] 蛋白质聚集是几种神经退行性疾病的标志，并且与蛋白质体内平衡受损有关。 这种不平衡是由蛋白质天然构象的丧失引起的，最终导致其在细胞内聚集或异常定位。 使用 C。 线虫聚谷氨酰胺疾病模型，我们详细描述了过滤阻滞测定，一种捕获醋酸纤维素膜中蛋白质聚集体的方法，并允许通过免疫印迹进行检测和定量。
【背景】帕金森氏症，阿尔茨海默氏症和多聚谷氨酰胺疾病等神经退行性疾病的一个病理特征是在大脑不同区域存在蛋白质聚集物（Soto，2003; Stroo et al。，2017）。在多谷氨酰胺疾病的情况下，编码序列中谷氨酰胺（CAG）重复的异常扩增扰乱了蛋白质的天然折叠。结果，错误折叠的蛋白质暴露其氨基酸序列的区域，这使得它易于与其他蛋白质聚集，形成大的，不溶的聚集体，这可能妨碍正常的细胞功能（综述于Kuiper 等人 ，2017）。
已经开发了几种用于检测不溶性蛋白质聚集体的方法，包括例如染料结合测定（例如，硫磺素T，刚果红，NIAD-4）和电子显微镜检查。过滤阻滞测定是一种快速而灵敏的方法，可检测和定量体内和体外形成的蛋白质聚集体，包括聚谷氨酰胺（Scherzinger et al。 ，1997; Wanker et al。，1999），α-突触核蛋白（Recasens et al。，2018），和amyloid-beta聚集体（Bieschke et ...
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| Characterizing the Transcriptional Effects of Endolysin Treatment on Established Biofilms of Staphylococcus aureus
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Biofilms are the most common lifestyle of bacteria in both natural and human environments. The organized structure of these multicellular communities generally protects bacterial cells from external challenges, thereby enhancing their ability to survive treatment with antibiotics or disinfectants. For this reason, the search for new antibiofilm strategies is an active field of study. In this context, bacteriophages (viruses that infect bacteria) and their derived proteins have been proposed as promising alternatives for eliminating biofilms. For instance, endolysins can degrade peptidoglycan and, ultimately, lyse the target bacterial cells. However, it is important to characterize the responses of bacterial cells exposed to these compounds in order to improve the design of phage-based ...
[摘要] 生物膜是自然和人类环境中最常见的细菌生活方式。这些多细胞社区的有组织结构通常保护细菌细胞免受外部挑战，从而增强其抗生素或消毒剂治疗的生存能力。为此，寻找新的抗菌膜策略是一个积极的研究领域。在这种情况下，已提出噬菌体（感染细菌的病毒）及其衍生蛋白作为消除生物膜的有希望的替代物。例如，内溶素可降解肽聚糖，并最终裂解靶细菌细胞。然而，表征暴露于这些化合物的细菌细胞的反应以改进基于噬菌体的抗微生物策略的设计是重要的。
如以前在Fernández等人（2017）中所描述的，开发该协议以检查暴露于内溶素处理的金黄色葡萄球菌生物膜细胞的转录反应。然而，它可能随后适用于分析其他微生物对不同抗菌剂的反应。
【背景】越来越清楚的是，亚抑制剂量的抗菌剂可能对目标微生物的不同表型具有调节作用，包括生物膜形成，代谢或毒力。因此，研究新化合物对低浓度靶细胞的潜在影响应该是发展过程的一部分。事实上，引发毒力因子或抗生素耐药决定簇产生的非常有效的抗菌剂可能不是治疗应用的良好候选者。另一方面，考虑到生物膜和浮游细胞之间的生理差异，应该对生物膜形成细胞分析新抗生物膜剂的作用似乎是合乎逻辑的。在这里，我们描述了一种协议，用于分析生物膜细胞在亚抑制浓度的内抑素浓度下的转录反应，噬菌体来源的蛋白质作为生物膜去除剂展现出巨大的前景。因此，通过RNA-seq将内溶素处理的细胞的转录组与对照细胞进行比较，并且后来通过RT-qPCR证实了所选基因的差异表达。 ...
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