| Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] The single-cell transcriptome is the set of messenger RNA molecules expressed in one cell. It is extremely variable and changes according to external, physical and biochemical conditions. Due to sensitivity shortages, most of genetic studies use bulk samples, providing only the average gene expression. Single-cell technologies have provided a powerful approach to a more detailed understanding of the heterogenic populations and minority cells. However, since it is still a quite novel technique, standardized protocol has to be established. Single-cell qPCR, although partly limited by the number of genes, is relatively simple to analyze. Therefore, its use is accessible without the necessity to recourse to complex bioinformatics analyses. The main steps for single-cell qPCR, as illustrated ...
[摘要] [摘要 ] 单细胞转录组是在一个细胞中表达的信使RNA分子的集合。它变化很大，并会根据外部，物理和生化条件而变化。由于敏感性不足，大多数基因研究使用大量样品，仅提供平均基因表达。单细胞技术提供了一种强大的方法，可以更详细地了解异质群体和少数细胞。然而，因为它仍然是一个相当新的技术，标准化协议具有至b e建立。尽管单细胞qPCR受基因数量的限制，但分析起来相对简单。因此，无需使用复杂的生物信息学分析就可以使用它。如本协议所述，单细胞qPCR的主要步骤包括单细胞分离，细胞裂解液，cDNA逆转录合成，cDNA库生成的扩增以及最终的定量聚合酶链反应。
[背景 ] 的单细胞转录是一套完整的在一个细胞中表达的信使RNA（mRNA）分子。它变化很大，并会根据外部，物理和生化条件而变化。因此，这是生物异质性的来源，其中来自相同环境的细胞与其他细胞相似但不相同。
由于灵敏度不足，大多数遗传研究使用大量样本，其中有数百至数千个细胞，仅提供平均基因表达。这极大地限制了少数细胞群体的研究，这可能会带来特定的特性，例如在癌症情况下的耐药性或转移能力。单细胞技术能够在单细胞水平上分析转录组，从而揭示了异源群体的复杂性。这些技术不仅应用于癌症，而且还应用于许多细胞生物学研究中，包括成年组织，干细胞，免疫细胞等。以及微生物学和病毒学等其他领域（Wen and ...
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| HCV Reporter System (Viral Infection-Activated Split-Intein-Mediated Reporter System) for Testing Virus Cell-to-cell Transmission ex-vivo
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Hepatitis C virus (HCV) spread involves two distinct entry pathways: cell-free transmission and cell-to-cell transmission. Cell-to-cell transmission is not only an efficient way for viruses to spread but also an effective method for escaping neutralizing antibodies. We adapted the viral infection-activated split-intein-mediated reporter system (VISI) and developed a straightforward model for Live-cell monitoring of HCV cell-to-cell transmission ex-vivo: co-culture of HCV infected donor cells (red signal) with uninfected recipient cells (green signal) and elimination of the cell-free transmission by adding potent neutralizing antibody AR3A in the supernatant. With this model, the efficiency of cell-to-cell transmission can be evaluated by counting the number of foci designated by ...
[摘要] 丙型肝炎病毒（HCV）传播涉及两种不同的进入途径：无细胞传播和细胞间传播。 细胞间传播不仅是病毒传播的有效方式，也是逃避中和抗体的有效方法。 我们采用了病毒感染激活的分裂 - 内含肽介导的报告系统（VISI），并开发了一种直接模型，用于活细胞监测HCV细胞间传递离体：共培养 HCV感染的供体细胞（红色信号）与未感染的受体细胞（绿色信号）和通过在上清液中加入有效的中和抗体AR3A消除无细胞的传递。 利用该模型，可以通过计数受体细胞的绿色信号指定的病灶数来评估细胞间传递的效率。
【背景】越来越多的证据证明病毒可以在受感染的组织中使用不同的传播途径（Sattentau，2008; Zhong et al。，2013）。对于HCV传播，无细胞传播和细胞间传播均可介导肝细胞之间的病毒转移。虽然无细胞传播引发HCV感染，但认为细胞 - 细胞传递直接将HCV转移至相邻的肝细胞。它提供了抵抗中和抗体并有助于病毒持久性的极好方法（Brimacombe et al。，2011; Xiao et al。，2014）。之前的文章也证明了一些促进细胞传递的宿主因子，如清道夫受体BI（SR-BI），CD81，紧密连接蛋白claudin-1（CLDN1），Occludin（OCLN），表皮生长因子受体（EGFR）。 （Witteveldt et al。，2009; ...
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| In vitro Osteoclastogenesis Assays Using Primary Mouse Bone Marrow Cells
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Osteoclasts are a group of bone-absorbing cells to degenerate bone matrix and play pivotal roles in bone growth and homeostasis. The unbalanced induction of osteoclast differentiation (osteoclastogenesis) in pathological conditions, such as osteoporosis, arthritis and skeleton metastasis of cancer, causes great pain, bone fracture, hypercalcemia or even death to patients. In vitro osteoclastogenesis analysis is useful to better understand osteoclast formation in physiological and pathological conditions. Here we summarized an easy-to-follow osteoclastogenesis protocol, which is suitable to evaluate the effect of different factors (cytokines, small molecular chemicals and conditioned medium from cell culture) on osteoclast differentiation using primary murine bone marrow cells.
[摘要] 破骨细胞是一组骨吸收细胞，用于退化骨基质并在骨生长和体内平衡中发挥关键作用。 在诸如骨质疏松症，关节炎和癌症骨骼转移等病理状态下破骨细胞分化（破骨细胞生成）的不平衡诱导会导致严重疼痛，骨折，高钙血症或甚至导致患者死亡。 体外破骨细胞生成分析对于更好地理解生理和病理条件下的破骨细胞形成是有用的。 在这里，我们总结了一种易于遵循的破骨细胞生成方案，其适用于评估不同因素（细胞因子，小分子化学物质和来自细胞培养物的条件培养基）对使用原代鼠骨髓细胞的破骨细胞分化的影响。
【背景】骨骼在生命周期内通过连续且良好控制的吸光度和骨量形成来维持。在骨腔中，这两种活性中的每一种都是通过特定的细胞类型进行的：骨形成性成骨细胞和骨降解性破骨细胞。成骨细胞和破骨细胞分别来自骨驻留间充质细胞和造血谱系祖细胞。造血系统骨髓祖细胞分化为成熟破骨细胞主要受核因子-κB配体受体激活因子（RANKL，由TNFSF11编码）和巨噬细胞集落刺激因子（M-CSF，由< ）来自成骨细胞及其祖细胞（suda et al。 ，1999）。与其他细胞不同，破骨细胞通过融合一定数量的祖细胞而分化（boyle等人，2003）。因此，成熟破骨细胞的关键组织学特征是它们的多个核。成熟后，破骨细胞能够通过产生酸化的微环境来溶解主要由磷酸钙组成的骨质以及蛋白酶以降解细胞外基质（boyle等人，2003），从而能够骨吸收。溶解的骨基质释放成骨细胞使用的隔离生长因子以扩大其人群（kassem和bianco，2015）。成骨细胞和破骨细胞之间的这种相互作用确保了协调的骨形成和 - 退化活性，其在包括骨质疏松症，关节炎和癌症骨转移的过多疾病中失调（rodan和martin，2000; raisz，2005; gupta和massague ，2006）。根据之前的文献（lu等人，2009; wang等人，2014; zhuang等人，2017），在此我们描述使用原代鼠骨髓细胞进行体外破骨细胞发生试验的逐步方案，其允许研究广泛范围的因子/条件（例如细胞因子和条件培养基）对破骨细胞的影响分化。 ）来自成骨细胞及其祖细胞（suda="" et="" al。="" ，1999）。与其他细胞不同，破骨细胞通过融合一定数量的祖细胞而分化（boyle等人，2003）。因此，成熟破骨细胞的关键组织学特征是它们的多个核。成熟后，破骨细胞能够通过产生酸化的微环境来溶解主要由磷酸钙组成的骨质以及蛋白酶以降解细胞外基质（boyle等人，2003），从而能够骨吸收。溶解的骨基质释放成骨细胞使用的隔离生长因子以扩大其人群（kassem和bianco，2015）。成骨细胞和破骨细胞之间的这种相互作用确保了协调的骨形成和="" -="" 退化活性，其在包括骨质疏松症，关节炎和癌症骨转移的过多疾病中失调（rodan和martin，2000;="" raisz，2005;="" gupta和massague="" ，2006）。根据之前的文献（lu等人，2009;="" wang等人，2014;=""> ...
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