| Transcytosis Assay for Transport of Glycosphingolipids across MDCK-II Cells
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Absorption and secretion of peptide and protein cargoes across single-cell thick mucosal and endothelial barriers occurs by active endocytic and vesicular trafficking that connects one side of the epithelial or endothelial cell (the lumen) with the other (the serosa or blood). Assays that assess this pathway must robustly control for non-specific and passive solute flux through weak or damaged intercellular junctions that seal the epithelial or endothelial cells together. Here we describe an in vitro cell culture Transwell assay for transcytosis of therapeutic peptides linked covalently to various species of the glycosphingolipid GM1. We recently used this assay to develop technology that harnesses endogenous mechanism of lipid sorting across epithelial cell barriers to enable ...
[摘要] 单细胞厚粘膜和内皮屏障上的肽和蛋白质货物的吸收和分泌通过活性内吞和囊泡运输发生，其连接上皮细胞或内皮细胞（管腔）的一侧与另一侧（浆膜或血液）。 评估该途径的测定必须通过弱的或受损的细胞间连接强有力地控制非特异性和被动的溶质通量，所述细胞间连接将上皮细胞或内皮细胞密封在一起。 在这里，我们描述了一种体外>细胞培养Transwell测定法，用于与各种鞘糖脂GM1共价连接的治疗性肽的转胞吞作用。 我们最近使用该测定开发了技术，该技术利用跨上皮细胞屏障的脂质分选的内源机制，以实现肽和蛋白质治疗剂的口服递送。
【背景】
大分子穿过覆盖粘膜表面的单细胞厚的上皮屏障和衬在供给心肌和脑的血管的紧密内皮屏障上的运输通过内吞过程发生，该内吞过程将这些极化细胞的一侧与另一侧连接。该过程称为转胞吞作用（Garcia-Castillo et al。>，2017）。通过受体介导的内吞作用和穿过消化道和呼吸道粘膜的囊泡运输的免疫球蛋白的吸收和分泌最着名的是这一过程。对转胞吞作用的兴趣也受到利用该途径在紧密上皮和内皮屏障上递送治疗性肽和蛋白质的潜力的刺激（Thuenauer 等人，>，2017）。
转胞吞作用是一种活跃的（ATP驱动的）过程。在一些情况下，通过细胞间紧密连接在细胞周围被动扩散可以发生大分子跨越紧密上皮和内皮屏障的转运（Fung ...
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| A Modified Low-quantity RNA-Seq Method for Microbial Community and Diversity Analysis Using Small Subunit Ribosomal RNA
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] We propose a modified RNA-Seq method for small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA)-based microbial community analysis that depends on the direct ligation of a 5’ adaptor to RNA before reverse-transcription. The method requires only a low-input quantity of RNA (10-100 ng) and does not require a DNA removal step. Using this method, we could obtain more 16S rRNA sequences of the same regions (variable regions V1-V2) without the interference of DNA in order to analyze OTU (operational taxonomic unit)-based microbial communities and diversity. The generated SSU rRNA sequences are also suitable for the coverage evaluation for bacterial universal primer 8F (Escherichia coli position 8 to 27), which is commonly used for bacterial 16S rRNA gene amplification. The modified RNA-Seq method will ...
[摘要] 我们提出了一种用于小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）的微生物群落分析的经修改的RNA-Seq方法，其依赖于在逆转录之前将5'衔接子直接连接至RNA。 该方法仅需要低输入量的RNA（10-100ng），并且不需要DNA去除步骤。 使用这种方法，我们可以在不受DNA干扰的情况下获得相同区域（可变区V1-V2）的更多16S rRNA序列，以便分析OTU（经营分类单元）的微生物群落和多样性。 所产生的SSU rRNA序列也适用于通常用于细菌16S rRNA基因扩增的细菌通用引物8F（大肠杆菌8至27位）的覆盖度评估。 修改的RNA-Seq方法将有助于确定各种环境样品的潜在活性微生物群落结构和多样性，并且还可用于鉴定新型微生物类群。
【背景】核糖体RNA（rRNA）占总微生物RNA的90％以上，适合微生物群落分析作为合成蛋白质的微生物生理活性指标（Blazewicz et。，2013年）。微生物群落转录物（包括rRNA和mRNA）在特定环境（双RNA转录组学）中的研究在提供微生物功能和分类信息方面具有优势（Urich等人，2008年）未能进行基于OTU的社区比较。尽管当分析凝胶提取的SSU rRNA时，可以使用16S rRNA序列的V3区来计算和比较多样性指数，但是发现仅有三分之一的所得16S ...
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| Biotinylated Micro-RNA Pull Down Assay for Identifying miRNA Targets
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] microRNA (miRNA) directly associates with its target transcripts (mRNA). This protocol describes a method for detection of direct interaction between miRNA and mRNA. The result of interaction helps screening the specific target mRNAs for a miRNA.
[摘要] microRNA（miRNA）与其目标转录物（mRNA）直接相关。 该方案描述了检测miRNA和mRNA之间直接相互作用的方法。 相互作用的结果有助于筛选miRNA的特异性靶mRNA。
背景 MiRNA是小的非编码调控RNA。 MiRNA通常通过与靶mRNA中的互补序列结合来控制基因表达。 许多生物信息学和计算程序可用于预测miRNA靶标。 但是鉴定miRNA与靶mRNA的直接相关性的实验方法非常有限。 目前的方案可以非常有助于识别miRNA靶标（Phatak等人，2016）。
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