|
Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] RNA-binding proteins (RBPs) have recently emerged as crucial players in the regulation of gene expression. The interactions of RBPs with target mRNAs control the levels of gene products by altering different regulatory steps, including pre-mRNA splicing and maturation, nuclear mRNA export, and mRNA stability and translation (Glisovic et al., 2008). There are several methodologies available today to identify RNAs bound to specific RBPs; some detect only recombinant molecules in vitro, others detect recombinant and endogenous molecules, while others detect only endogenous molecules. Examples include systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX), biotinylated RNA pulldown assay, RNA immunoprecipitation (RIP) assay, electrophoretic mobility shift assay ...
[摘要] RNA结合蛋白（RBP）近来已经成为调控基因表达的关键因素。 RBP与靶mRNA的相互作用通过改变不同的调节步骤来控制基因产物的水平，包括mRNA前体剪接和成熟，核mRNA输出和mRNA稳定性和翻译（Glisovic et al。，2008） ）。目前有几种方法可用于鉴定与特定RBP结合的RNA;一些仅在体外检测重组分子，其他检测重组和内源性分子，而其他检测仅内源性分子。实例包括通过指数富集（SELEX），生物素化RNA下拉测定，RNA免疫沉淀（RIP）测定，电泳迁移率变动测定（EMSA），RNA足迹分析和各种UV交联和免疫沉淀（CLIP）方法如CLIP ，PAR-CLIP和iCLIP（Popova等人，2015）。在这里，我们描述了一种简单而有信息的方法来研究和鉴定RBP与其目标转录物之间相互作用的RNA区域（Panda等人，2014和2016）。其重现性和易用性使得该方案成为识别RBP与特异性RNA之间相互作用的快速有效的方法。
背景 RNA蛋白相互作用严重影响基因表达模式。这些核糖核蛋白（RNP）复合物的鉴定对于理解由RNA结合蛋白（RBP）控制的调控机制是必不可少的。最近，广泛的努力导致了开发用于系统分析RNA-蛋白质相互作用的方法。识别RNP复合物的高度信息化方法包括许多不同类型的RNP免疫沉淀（IP）分析。 ...
|