| Bacterial Microcolonies in Gel Beads for High-throughput Screening
|
|
Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] High-throughput screening of a DNA library expressed in a bacterial population for identifying potentially rare members displaying a property of interest is a crucial step for success in many experiments such as directed evolution of proteins and synthetic circuits and deep mutational scanning to identify gain- or loss-of-function mutants.
Here, I describe a protocol for high-throughput screening of bacterial (E. coli) microcolonies in gel beads. Single cells are encapsulated into monodisperse water-in-oil emulsion droplets produced with a microfluidic device. The aqueous solution also contains agarose that gelates upon cooling on ice, so that solid gel beads form inside the droplets. During incubation of the emulsion, the cells grow into monoclonal microcolonies ...
[摘要] 在细菌群体中表达的DNA文库的高通量筛选用于鉴定显示感兴趣性质的潜在稀有成员是在许多实验中成功的关键步骤，例如蛋白质和合成回路的定向进化以及用于鉴定增益的深度突变扫描 - 或功能丧失的突变体。
在这里，我描述了一种用于高通量筛选凝胶珠中细菌（大肠杆菌）微菌落的方案。将单细胞包封成用微流体装置产生的单分散油包水乳液液滴。水溶液还含有琼脂糖，其在冰上冷却时凝胶化，从而在液滴内部形成固体凝胶珠。在乳液温育期间，细胞在珠内生长成单克隆微菌落。在从乳液中分离凝胶珠并通过荧光激活细胞分选（FACS）分选后，从凝胶珠中回收细菌，然后准备进行进一步的分选，诱变或分析。为了通过FACS分类，该方案需要荧光读数，例如荧光报告蛋白的表达。测量微小菌落的平均荧光信号降低了高表型细胞间变异性的影响，并且与单细胞分选相比提高了灵敏度。我们应用这种方法在ON和OFF状态下对pBAD启动子文库进行分类（Duarte et al。，2017）。
【背景】荧光激活细胞分选（FACS）具有> 10 7 事件/ h的无与伦比的筛选通量（Davies，2012）。然而，通过FACS根据其荧光分选单个细胞以筛选合成回路的文库（Schaerli和Isalan，2013）经常受到高表型细胞间变异性的阻碍。或者，可以对水凝胶珠中所含的小细胞集落（微集落）进行分类（Weaver ...
|
|
|
| Capturing Z-stacked Confocal Images of Living Bacteria Entering Hydathode Pores of Cauliflower
|
|
Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] The present protocol to visualize living bacteria at the pore level of cauliflower hydathodes is simple and trained users in confocal microscopy can execute it successfully. It can be easily adapted to capture images with other plant-microorganism interactions at the leaf surface and should be useful to obtain important information on pore and stomatal biology. A critical limitation to methods used to observe plant-microorganism interactions in the pore is the application of too much pressure to the sample during observations and z-stack acquisitions. To solve this issue, we recommend the use of a long working-distance water immersion objective lens that allows observations even with thick samples.
[摘要] 目前在花椰菜水合物的孔隙水平上可视化活细菌的方案简单，共聚焦显微镜下的训练有素的用户可以成功地执行。 它可以容易地适应于在叶表面捕获其他植物 - 微生物相互作用的图像，并且应该有助于获得关于孔隙和气孔生物学的重要信息。 用于观察孔隙中植物 - 微生物相互作用的方法的关键限制是在观察和z堆叠采集期间对样品施加过大的压力。 为了解决这个问题，我们建议使用长工作距离的水浸物镜，即使使用厚样品也能进行观察。
【背景】水合物和气孔的孔隙是病原微生物入侵植物组织的可能入口点。 在花椰菜中，叶片上存在的水合物表现出大孔，类似气孔。 这些毛孔是血管病原菌黄单胞菌（Xanthomonas campestris）pv的叶感染的途径。 （（Cerutti等人，2017）。 水溶性植物存在于各种维管植物的叶上。 我们描述了一个简单的协议，通过共聚焦显微镜在孔隙水平上可视化细菌。
|
|
|
| Electro-fusion of Gametes and Subsequent Culture of Zygotes in Rice
|
|
Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] Electro-fusion system with isolated gametes has been utilized to dissect fertilization-induced events in angiosperms, such as egg activation, zygote development and early embryogenesis, since the female gametophytes of plants are deeply embedded within ovaries. In this protocol, procedures for isolation of rice gametes, electro-fusion of gametes, and culture of the produced zygotes are described.
[摘要] 已经利用具有孤立配子的电融合系统来解剖被子植物中受精诱导的事件，例如卵活化，合子发育和早期胚胎发生，因为植物的雌配子体深深嵌入卵巢内。在该方案中，描述了分离水稻配子，配子电融合和产生的受精卵培养的程序。
背景 被子植物的受精和后续事件，如胚胎发生和胚乳发育，发生在深入嵌入卵母细胞的胚囊中（Nawaschin，1898; Guignard，1899; Russell，1992; Raghavan，2003）。因此，分离的配子已被用于体外受精（IVF）系统，以观察和分析受精和后处理过程（Wang等人，2006年）。用于被子植物的IVF系统包括三种基本微技术的组合：（i）男性和女性配子的分离和选择; （ii）配对对和（iii）单细胞培养物的融合（Kranz，1999）。已经在广泛的植物物种中建立了分离活的配子的程序，包括单子叶植物和双子叶植物（综述于Kranz，1999和Okamoto，2011）。分离的配子可以电融合（Kranz等人，1991; Uchiumi等人，2006和2007）或化学地使用钙（Faure等人，1994; Kranz和Lörz，1994; Khalequzzaman和Haq，2005），聚乙二醇（Sun等，1995; ...
|
|
|