| Quantification of Bacteria Residing in Caenorhabditis elegans Intestine
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Author:
Date:
2020-05-05
[Abstract] Quantification of intestinal colonization by pathogenic or commensal bacteria constitute a critical part of the analysis to understand host-microbe interactions during different time points of their interplay. Here we detail a method to isolate non-pathogenic and pathogenic bacteria from C. elegans intestines, and classify gut phenotypes induced by bacterial pathogens using fluorescently-tagged bacteria. Furthermore, these methods can be used to isolate and identify new culturable bacterial species from natural microbiomes of wild nematodes.
[摘要] [ 摘要] 量化中肠道定植通过致病或者共生细菌构成一个关键部分中的分析要了解主机微生物相互作用在不同的时间点中他们的相互作用。在这里我们详细介绍一个方法要隔离非致病性和致病性细菌从C. 线虫 肠，而且分类肠表型诱导由细菌病原体使用荧光标记的细菌。此外，这些方法可以被用于为了隔离和识别新的可培养的细菌种类从天然微生物组中野生线虫。
[ 背景] 在该野生，线虫是否暴露为一宽品种中细菌和真菌群落（Frezal 而菲利克斯，2015年）。在实验室条件下，该线虫C. 线虫已被历史维护在一个单一食物源（布伦纳，1974年）。^ h H但是，该蠕虫被冲击下随着各种致病菌和一个增加数中的非- 病原细菌中多样化的营养质量（Garsin 的Et 铝，。2003 ; Gracida 而Eckmann，2013 ; 德克森的Et 铝，。2016 ; 麦克尼尔的Et 铝。，2013 ; 谭的Et 铝，1999年）。C. 线虫胚胎能要提取从妊娠雌雄同体通过使用次氯酸钠处理。这个过程省去细菌允许的新世代要被暴露游记要一个微生物吨。他的优势提供了一个独特的框架为了研究宿主与微生物相互作用。遗传易处理中的线虫和细菌允许为了研究真核生物（Garsin 的Et 铝，2003）和原核（加拉格尔和Manoil，2001）基因功能在不同的时间点在这个动态 相互作用。
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| Hypoxia Reporter Element Assay
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Hypoxia is a condition in which there is a decrease in oxygen supply to the cellular environment. Changes to cellular oxygen levels can lead to transcriptional changes of oxygen-regulated genes. Reporter assays are used to study gene expression alteration and modifications in response to environmental changes. Dual-reporter assays allow the simultaneous measurement of two different genes within a single cell, thus improving experimental accuracy. Within this protocol, we describe the utilization of the LightSwitch Dual Assay System to measure BMX expression in response to hypoxic conditions.
[摘要] 缺氧是细胞环境中氧供应减少的一种情况。 细胞氧水平的变化可导致氧调节基因的转录变化。 报告分析用于研究响应环境变化的基因表达改变和修饰。 双报告分析允许同时测量单个细胞内的两个不同基因，从而提高实验准确性。 在该协议中，我们描述了LightSwitch双重测定系统的使用，以测量响应缺氧条件的BMX表达。
【背景】在我们最近的出版物（van Oosterwijk et al。，2018）中，我们试图检测BMX（一种非受体酪氨酸激酶）对索拉非尼治疗的反应。 BMX是一种Tec激酶家族成员，已知与酪氨酸磷酸化蛋白结合并通过与磷脂酰肌醇3,4,5-三磷酸结合而介导膜靶向（PIP3; Chen 等人，2013）。我们发现索拉非尼在有或没有基质细胞支持的急性髓性白血病（AML）细胞系中的直接治疗对BMX的上调没有贡献。以前的研究表明缺血可诱导BMX表达，索拉非尼具有抗血管生成活性（He et al。，2006; Davis et al。，2011）。因此，我们假设索拉非尼的抗血管生成活性导致骨髓内的缺氧环境，从而导致AML中缺氧依赖性BMX上调。在缺氧条件下，我们能够显示许多不同细胞系中BMX表达的显着增加。 BMX启动子的进一步分析在-5005处鉴定出推定的缺氧反应元件（HRE; ...
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| Preparation of Cerebellum Granule Neurons from Mouse or Rat Pups and Evaluation of Clostridial Neurotoxin Activity and Their Inhibitors by Western Blot and Immunohistochemistry
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] Cerebellar Granule Neurons (CGN) from post-natal rodents have been widely used as a model to study neuronal development, physiology and pathology. CGN cultured in vitro maintain the same features displayed in vivo by mature cerebellar granule cells, including the development of a dense neuritic network, neuronal activity, neurotransmitter release and the expression of neuronal protein markers. Moreover, CGN represent a convenient model for the study of Clostridial Neurotoxins (CNT), most notably known as Tetanus and Botulinum neurotoxins, as they abundantly express both CNT receptors and intraneuronal substrates, i.e., Soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor activating protein receptors (SNARE proteins). Here, we describe a protocol for obtaining a highly pure ...
[摘要] 来自产后啮齿动物的小脑颗粒神经元（CGN）已被广泛用作研究神经元发育，生理学和病理学的模型。 CGN体外培养维持成熟小脑颗粒细胞在体内显示的相同特征，包括发育致密的神经炎网络，神经元活动，神经递质释放和神经元的表达 蛋白质标记。 此外，CGN代表了梭菌神经毒素（CNT）研究的便利模型，最着名的是破伤风和肉毒杆菌神经毒素，因为它们大量表达CNT受体和神经元内基质， ie ，可溶性N-乙基马来酰亚胺 - 敏感因子激活蛋白受体（SNARE蛋白）。 在这里，我们描述了从出生后大鼠/小鼠获得高纯度CGN培养物的方案和用CNT中毒的简便方法。 我们还说明了评估CNT活性及其抑制的方便方法。
【背景】梭菌神经毒素（CNT）的大家族由破伤风神经毒素（TeNT）和肉毒杆菌神经毒素（BoNT）的多种变体形成，它们分别是破伤风和肉毒中毒的神经麻痹毒素（Schiavo et al。，2000; Johnson和Montecucco，2008; Rossetto et al。，2014）。 TeNT，七种BoNT血清型（BoNT / A至/ G）及其许多亚型是金属蛋白酶，通过切割SNARE蛋白（可溶性N-乙基马来酰亚胺敏感因子激活蛋白受体），三种必需蛋白质来阻断神经递质的释放而引起神经麻痹。控制突触小泡与突触前质膜的融合（Rossetto et al。，2014; ...
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