| Isolation of LYVE-1+ Endothelial Cells from Mouse Embryos
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Lymphatic vessel endothelial hyaluronan receptor 1, or LYVE-1, is a type 1 integral membrane glycoprotein expressed by lymphatic endothelial cells (LECs). LYVE-1 is commonly used as a biological marker to visually distinguish developing lymphatic vessels from blood endothelial cells (arteries or veins). As our understanding of lymphatic biology is still lacking today, the need to isolate LECs apart from other endothelial cells has taken on greater importance. The following procedure describes a magnetic bead separation procedure for isolating LEC-rich populations of cells from developing mouse embryos.
[摘要] 淋巴管内皮透明质酸受体1或LYVE-1是由淋巴管内皮细胞（LEC）表达的1型整合膜糖蛋白。 LYVE-1通常用作生物标记物，以在视觉上区分发育中的淋巴管与血液内皮细胞（动脉或静脉）。 由于我们今天仍然缺乏对淋巴生物学的理解，因此将LEC与其他内皮细胞分离的必要性变得更加重要。 以下程序描述了用于从发育中的小鼠胚胎中分离富含LEC的细胞群的磁珠分离程序。
【背景】淋巴脉管系统形成二次循环系统，其起到从组织排出细胞外液的作用，允许脂质的转运，并提供免疫细胞运输和运输功能。虽然我们对淋巴系统的理解在过去的几十年中迅速扩大，但与我们对动脉和静脉生物学的了解相比，它仍然缺乏。 LECs鉴定LYVE-1受体表达提供了区分淋巴组织的有用工具，但已知LYVE-1在其他组织中表达，包括肝和脾窦状细胞和胰腺外分泌和朗格汉斯细胞胰岛（Banerji et al。，1999）。由LYVE1基因编码，LYVE-1受体的生物学功能尚未确定，但除了跨内皮细胞的HA转运外，还有人建议参与肿瘤转移（Jackson，2003）。尽管LYVE-1在多种组织中表达，但它仍然是目前用于区分LEC与其他内皮细胞的常用标记物。该方法的目的是使用与LYVE-1抗体偶联的dynabeads以正选择方法从发育中的小鼠胚胎中分离LEC。
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| Detection and Analysis of Circular RNAs by RT-PCR
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Gene expression in eukaryotic cells is tightly regulated at the transcriptional and posttranscriptional levels. Posttranscriptional processes, including pre-mRNA splicing, mRNA export, mRNA turnover, and mRNA translation, are controlled by RNA-binding proteins (RBPs) and noncoding (nc)RNAs. The vast family of ncRNAs comprises diverse regulatory RNAs, such as microRNAs and long noncoding (lnc)RNAs, but also the poorly explored class of circular (circ)RNAs. Although first discovered more than three decades ago by electron microscopy, only the advent of high-throughput RNA-sequencing (RNA-seq) and the development of innovative bioinformatic pipelines have begun to allow the systematic identification of circRNAs (Szabo and Salzman, 2016; Panda et al., 2017b; Panda et al., ...
[摘要] 真核细胞中的基因表达在转录和转录后水平受到严格调控。 mRNA转录，mRNA转录和mRNA翻译等后转录过程由RNA结合蛋白（RBPs）和非编码（nc）RNAs控制。大量的ncRNA家族包含多种调控RNA，如microRNAs和长的非编码（lnc）RNAs，但也是探索不足的一类环状RNAs。虽然三十多年前电子显微镜首次发现，但只有高通量RNA测序（RNA-seq）的出现和创新生物信息学管道的开发已经开始允许系统鉴定circRNA（Szabo和Salzman，2016;熊猫，2017b;熊猫等，2017c）。然而，通过RNA测序鉴定的真正的circRNA的验证需要其他分子生物学技术，包括常规或定量（q）聚合酶链反应（PCR）和Northern印迹分析（Jeck和Sharpless，2014）的逆转录（RT）。使用不同引物的环状RNA的RT-qPCR分析已被广泛用于检测，验证和有时定量circRNA（Abdelmohsen等人，2015和2017; Panda等人， ，2017b）。如在此详述的，设计为跨越循环RNA后接连接序列的分歧引物可以特异性扩增circRNA而不是对应的线性RNA。总之，使用不同引物的RT-PCR分析允许直接检测和定量circRNA。
【背景】CircRNAs是共价闭合的，缺少5'或3'末端的单链RNA。虽然它们的起源知之甚少，但它们可以通过称为反向剪接的过程从前体mRNA产生（Panda等人，2017d; ...
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| Rice Black-streaked Dwarf Virus Preparation and Infection on Rice
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] Rice black-streaked dwarf virus (RBSDV), a member of genus Fijivirus in the family Reoviridae, infects rice, maize, barley and wheat, and can seriously affect crop yields. RBSDV is transmitted by the small brown planthopper (Laodelphax striatellus, SBPH) in a persistent manner. RBSDV has 10 linear dsRNA genomic segments, making it difficult to construct infectious clones for functional studies in plants. Here we describe a method for inoculating and maintaining RBSDV on rice in a greenhouse for use in laboratory research. The protocol uses SBPHs mass reared in the laboratory. We also describe in detail the propagation of a healthy planthopper population, the preparation of plant material, RBSDV inoculation and the evaluation of the rice after inoculation.
[摘要] 水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）属于呼肠孤病毒科的Fijivirus属的成员，感染水稻，玉米，大麦和小麦，可严重影响作物产量。 RBSDV以持久的方式由小型褐飞虱（ Ladellphax striatellus ，SBPH）传播。 RBSDV具有10个线性dsRNA基因组区段，使得构建用于植物功能研究的感染性克隆变得困难。 在这里我们介绍一种在温室中用于在实验室研究中使用的RBSDV接种和维持方法。 该协议使用在实验室饲养的大量的SBPHs。 我们还详细描述了一个健康的稻飞虱种群的繁殖，植物材料的制备，RBSDV接种和接种后水稻的评价。
【背景】水稻黑条矮缩病毒（RBSDV）是Fijivirus属家族中的第二个家族中的公认成员，严重影响东亚水稻和玉米的生产。 （Shikata和Kitagawa，1977; Zhang等人，2001a）。 RBSDV以持续的方式（Shikata和Kitagawa，1977）被小型褐飞虱（灰飞虱，SBPH）传播传播到水稻，玉米，大麦和小麦。 SBPH可从新鲜或冷冻感染的水稻叶片获得RBSDV并将其传递至健康植物（Shikata和Kitagawa，1977; Li等人，2010）。一旦SBPH已经获得病毒，病毒可以在昆虫载体中繁殖，并且可以在昆虫的整个生命周期中传播给宿主植物。然而，SBPH不能透传病毒（Boccardo and ...
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