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Sodium dodecyl sulfate

十二烷基硫酸钠

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: L3771
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Company-protocol()
Other protocol()

CRISPR-mediated Tagging with BirA Allows Proximity Labeling in Toxoplasma gondii
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract]  Defining protein interaction networks can provide key insights into how protein complexes govern complex biological problems. Here we define a method for proximity based labeling using permissive biotin ligase to define protein networks in the intracellular parasite Toxoplasma gondii. When combined with CRISPR/Cas9 based tagging, this method provides a robust approach to defining protein networks. This approach detects interaction within intact cells, it is applicable to both soluble and insoluble components, including large proteins complexes that interact with the cytoskeleton and unique microtubule organizing center that comprises the apical complex in apicomplexan parasites. [摘要]  定义蛋白质相互作用网络可以为蛋白质复合物如何控制复杂的生物学问题提供关键信息 在这里我们定义了一种基于接近度的标记方法,使用宽容的生物素连接酶来定义细胞内寄生虫弓形虫的蛋白质网络。 当与基于CRISPR / Cas9的标记结合使用时,这种方法提供了一种可靠的方法来定义蛋白质网络。 这种方法检测完整细胞内的相互作用,它适用于可溶性和不可溶性成分,包括与细胞骨架相互作用的大型蛋白质复合物和独特的微管组织中心,其中包括顶尖复合体在顶尖复合寄生虫中。

【背景】分析蛋白质 - 蛋白质相互作用是解决蛋白质如何组装和作为大分子复合物的关键努力。传统上,通过免疫共沉淀(共-IP)和随后的质谱分析已经鉴定出蛋白质复合物。然而,一些蛋白质复合物取代基可能在co-IP的裂解,下拉和洗涤步骤期间人为失去或获得,这对于不溶性膜或需要侵蚀性溶解的结构蛋白质尤其成问题。作为co-IP的替代物,邻近依赖性生物素鉴定(BioID)提供了在正常细胞稳态期间紧邻目标靶蛋白的蛋白质“快照”(Roux等人,2012年)。 BioID利用融合到感兴趣的靶蛋白的混杂的大肠杆菌生物素蛋白连接酶(BirA)。生物素补充使得BirA融合物在30纳米内允许生物素化的近邻生物体(Roux et al。,2012; Van Itallie et al。,2013) ...

An Improved Method for Measuring Chromatin-binding Dynamics Using Time-dependent Formaldehyde Crosslinking
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract]  Formaldehyde crosslinking is widely used in combination with chromatin immunoprecipitation (ChIP) to measure the locations along DNA and relative levels of transcription factor (TF)-DNA interactions in vivo. However, the measurements that are typically made do not provide unambiguous information about the dynamic properties of these interactions. We have developed a method to estimate binding kinetic parameters from time-dependent formaldehyde crosslinking data, called crosslinking kinetics (CLK) analysis. Cultures of yeast cells are crosslinked with formaldehyde for various periods of time, yielding the relative ChIP signal at particular loci. We fit the data using the mass-action CLK model to extract kinetic parameters of the TF-chromatin interaction, including the on- and ... [摘要]  甲醛交联广泛用于与染色质免疫沉淀(ChIP)相结合来测量沿着DNA的相对位置以及转录因子(TF)-DNA相互作用的体内相对水平。但是,通常所做的测量不能提供关于这些交互的动态属性的明确信息。我们已经开发了一种方法来评估来自时间依赖性甲醛交联数据的结合动力学参数,称为交联动力学(CLK)分析。酵母细胞的培养物与甲醛交联不同的时间段,在特定位点产生相对的ChIP信号。我们使用质量作用CLK模型来拟合数据,以提取TF-染色质相互作用的动力学参数,包括开关速率和交联速率。从停车费和停车费中我们可以获得停车和停车时间。以下方案是该方法的第二次迭代,CLKv2,更新了改进的交联和淬火条件,更多关于交联速率的信息以及对观察到的动力学模型建模的系统程序。已应用CLKv2分析来研究TATA结合蛋白(TBP)和其他TF的选定子集的结合行为。该协议使用酵母细胞开发,但也可适用于来自其他生物体的细胞。

【背景】转录起始是一个复杂的过程,涉及染色质化启动子上数十种蛋白的协作和协调相互作用(Kim等人,2005; Encode Consortium,2012; Rhee等人, ,2012; Dowen等人,2014年)。许多研究已经研究了体外核心转录机器的组装和调控(Zawel和Reinberg,1992; Conaway和Conaway,1993; Roeder,1996; ...

Identification of Insertion Site by RESDA-PCR in Chlamydomonas Mutants Generated by AphVIII Random Insertional Mutagenesis
Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract]  Chlamydomonas reinhardtii is frequently used as a model organism to study fundamental processes in photosynthesis, metabolism, and flagellar biology. Versatile tool boxes have been developed for this alga (Fuhrmann et al., 1999; Schroda et al., 2000; Schroda, 2006). Among them, forward genetic approach has been intensively used, mostly because of the high efficiency in the generation of hundreds of thousands of mutants by random insertional mutagenesis and the haploid nature therefore phenotypic analysis can be done in the first generation (Cagnon et al., 2013; Tunçay et al., 2013). A major bottleneck in the application of high throughput methods in a forward genetic approach is the identification of the genetic lesion(s) responsible for the ... [摘要]  莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)是光合作用,代谢和鞭毛生物学的基础研究者。已经为这种藻类开发了多功能的工具箱(Fuhrmann等人,1999; Schroda等人,2000; Schroda,2006)。其中,正向遗传方法已经被广泛使用,主要是因为通过随机插入诱变产生了数十万个突变体的高效率,并且可以在第一代进行单倍体性质表型分析(Cagnon等人 2013,Tunçay et。 2013)。在正向遗传方法中应用高通量方法的主要瓶颈是鉴定与观察到的表型相关的遗传损伤。在该协议中,我们详细描述了最初在(González-Ballester等人,2005)中报道的限制性定点扩增PCR(RESDA-PCR)的改进版本。优化包括引物组合的优化,DNA聚合酶的选择,PCR循环参数的优化以及PCR产物直接测序的应用。这些修改使得获得特定的PCR产物变得更加容易,并且加速了亚克隆步骤以更快地获得测序数据。


【背景】除了限制酶位点定向扩增PCR(RESDA-PCR)(González-Ballester等人,2005)之外,还发现了其它几种分子技术。 包括Genome ...

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