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Sodium dodecyl sulfate

十二烷基硫酸钠

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: L3771
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Other protocol()

ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (hereafter Synechocystis). This protocol can be extended to analyze any DNA-binding protein in cyanobacteria for which suitable antibodies ... [摘要]  氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中,一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解,但其控制下的基因集(即它的调节子)仍然没有很好的定义。 在该协议中,我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程,随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析(ChIP-seq)。 PCC 6803(以下简称<集气囊)。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。

【背景】为了维持体内平衡,细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子(TF)控制的,这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而,反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围,我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近,染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是,ChIP-seq使用下一代测序(NGS)的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比,ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制,并且可以研究整个基因组的TF结合位点。

在蓝细菌中,氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA,属于CRP(cAMP受体蛋白)家族的TF(Herrero等人,2001)。在集胞蓝细菌中,NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...

Total RNA Extraction from Dinoflagellate Symbiodinium Cells
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract]  Dinoflagellates are unicellular algae that can have photosynthetic or nonphotosynthetic lifestyles. Dinoflagellates in the genus Symbiodinium can enter endosymbiotic associations with corals, providing the metabolic basis for the highly productive and biologically diverse coral-reef ecosystems (Hoegh-Guldberg, 1999), as well as with other cnidarians, including sea anemones and jellyfish, and non-cnidarian hosts (Trench, 1993; Lobban et al., 2002; Mordret et al., 2016).

Here, I describe a protocol for isolating total RNA from Symbiodinium cells.
[摘要]  鞭毛藻是单细胞藻类,可以有光合或非光合生活方式。 Symbiodinium属中的甲藻类可以与珊瑚进入内共生关系,为高生产力和生物多样性珊瑚礁生态系统提供代谢基础(Hoegh-Guldberg,1999),以及其他的cnidarians,包括 海葵和海蜇,以及非刺猬寄主(Trench,1993; Lobban等人,2002; Mordret等人,2016)。

在这里,我描述了从Symbiodinium细胞中分离总RNA的方案。

Heterologous Expression and Purification of the CRISPR-Cas12a/Cpf1 Protein
Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract]  This protocol provides step by step instructions (Figure 1) for heterologous expression of Francisella novicida Cas12a (previously known as Cpf1) in Escherichia coli. It additionally includes a protocol for high-purity purification and briefly describes how activity assays can be performed. These protocols can also be used for purification of other Cas12a homologs and the purified proteins can be used for subsequent genome editing experiments.


Figure 1. Timeline of activities for the heterologous expression and purification of Francisella novicida Cas12a (FnCas12a) from Escherichia coli
[摘要]  该协议提供了分步说明(图1),用于在大肠杆菌中异源表达新西兰弗朗西斯菌弗朗西丝菌Cas12a(以前称为Cpf1)。 它还包括一个高纯度纯化方案,并简要介绍如何进行活性测定。 这些方案也可以用于其他Cas12a同系物的纯化,并且纯化的蛋白质可以用于随后的基因组编辑实验。

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图1.从大肠杆菌 异源表达和纯化<弗朗西斯弗朗西丝菌 Cas12a(FnCas12a)的活动时间表

【背景】原核CRISPR-Cas免疫系统通过使用CRISPR RNA(crRNA)作为外源DNA或RNA的序列特异性靶向的指导来提供针对病毒和质粒的保护(van der Oost等人,2014; Marraffini ,2015)。 1类CRISPR-Cas系统(包含I型,III型和IV型)通常形成多亚基蛋白-cRNA效应复合物,而2类系统(包含II型,V型和VI型)依赖于单个crRNA-引导的效应物核酸酶用于目标干扰(Mohanraju et al。 2016年)。

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