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Magnesium chloride hexahydrate

氯化镁六水合物

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: M9272
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Company-protocol()
Other protocol()

Histone Deubiquitination Assay in Nicotiana benthamiana
Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract]  Histone modifications are a group of post-translational modifications on histones which can alter chromatin structure and affect gene expression. Histone ubiquitination is a histone modification found in particular on histone H2A and H2B. Histone ubiquitination can be reversed by ubiquitin-specific proteases (UBP). Here, we describe an in vivo assay for histone deubiquitination activity. After infiltrating UBP12 into Nicotiana benthamiana leaves, H2Aub was visualized by immunocytochemistry. Nicotiana benthamiana leaves, which show high agro infiltration efficiency, were used for transient UBP12 expression for a labor- and time-saving protocol. Reduced H2Aub levels indicated histone deubiquitination activity of UBP12. The clear visualization of nuclei of N. ... [摘要]  组蛋白修饰是一组组蛋白翻译后修饰,可以改变染色质结构并影响基因表达。组蛋白泛素化是组蛋白H2A和H2B特异性发现的组蛋白修饰。泛素特异性蛋白酶(UBP)可以逆转组蛋白泛素化。在这里,我们描述了组蛋白去泛素化活性的体内试验。在将UBP12渗入烟草叶片中后,通过免疫细胞化学观察H2Aub。表现出高的农业渗透效率的本氏烟草叶用于瞬时UBP12表达,用于节省劳力和时间的方案。 H2Aub水平降低表明UBP12的组蛋白去泛素化活性。 N的核的清晰可视化。本生叶使得该方法能够通过使用特异性抗体容易地测量体内组蛋白修饰的水平,从而提供强大的蛋白质功能线索。因此,该协议是组蛋白去泛素化活性的体外试验的有力补充。

【背景】组蛋白修饰在调节染色质结构和基因表达中发挥重要作用。 研究最深入的组蛋白修饰包括甲基化,乙酰化,磷酸化,泛素化和sumoylation。 然而,引入或去除特定组蛋白修饰的酶并不总是已知的。 强大的体外试验可以确定组蛋白修饰酶的催化潜能,但是体内试验方法对于确认体外试验的特异性反映抗体的特异性是必要的。 体内活动。 在这里,我们描述了一个灵活的协议来测试植物组织中组蛋白修饰酶的活性。本塞姆氏。 尽管我们使用该方案来测试遍在蛋白特异性蛋白酶(UBP)对泛素化H2A的活性,但它也可以容易地用于其他特异性抗体可用的组蛋白修饰。

Dual-sided Voltage-sensitive Dye Imaging of Leech Ganglia
Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract]  In this protocol, we introduce an effective method for voltage-sensitive dye (VSD) loading and imaging of leech ganglia as used in Tomina and Wagenaar (2017). Dissection and dye loading procedures are the most critical steps toward successful whole-ganglion VSD imaging. The former entails the removal of the sheath that covers neurons in the segmental ganglion of the leech, which is required for successful dye loading. The latter entails gently flowing a new generation VSD, VF2.1(OMe).H, onto both sides of the ganglion simultaneously using a pair of peristaltic pumps. We expect the described techniques to translate broadly to wide-field VSD imaging in other thin and relatively transparent nervous systems. [摘要]  在这个协议中,我们介绍了一种有效的方法,用于Tomina和Wagenaar(2017)中使用的电压敏感染料(VSD)加载和水蛭神经节成像。 解剖和染料加载程序是成功完成全神经节VSD成像的关键步骤。 前者需要去除覆盖水蛭节段神经节神经元的鞘,这是成功染料加载所需的。 后者需要使用一对蠕动泵同时轻柔地将新一代VSD VF2.1(OMe).H流入神经节的两侧。 我们期望所描述的技术广泛地转化为其他薄且相对透明的神经系统中的宽视场VSD成像。

【背景】双面显微镜是一种宽视野荧光成像系统,由一对精确对准的显微镜组成,用于观察来自对面的神经元制剂并且一次显示不同的焦平面(Tomina and Wagenaar,2017)。通过将该光学系统与新一代电压敏感染料(VSD),VoltageFluor(Miller等人,2012; Woodford等人,2015),荧光可以同时从不同深度的神经元捕获编码具有高保真度膜电压的信号。我们将这种泛神经元记录系统应用于药用水蛭的神经系统,我们利用电生理学方法诱发虚构行为并定量控制可识别神经元的膜电位(Tomina and ...

An Improved Method for Measuring Chromatin-binding Dynamics Using Time-dependent Formaldehyde Crosslinking
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract]  Formaldehyde crosslinking is widely used in combination with chromatin immunoprecipitation (ChIP) to measure the locations along DNA and relative levels of transcription factor (TF)-DNA interactions in vivo. However, the measurements that are typically made do not provide unambiguous information about the dynamic properties of these interactions. We have developed a method to estimate binding kinetic parameters from time-dependent formaldehyde crosslinking data, called crosslinking kinetics (CLK) analysis. Cultures of yeast cells are crosslinked with formaldehyde for various periods of time, yielding the relative ChIP signal at particular loci. We fit the data using the mass-action CLK model to extract kinetic parameters of the TF-chromatin interaction, including the on- and ... [摘要]  甲醛交联广泛用于与染色质免疫沉淀(ChIP)相结合来测量沿着DNA的相对位置以及转录因子(TF)-DNA相互作用的体内相对水平。但是,通常所做的测量不能提供关于这些交互的动态属性的明确信息。我们已经开发了一种方法来评估来自时间依赖性甲醛交联数据的结合动力学参数,称为交联动力学(CLK)分析。酵母细胞的培养物与甲醛交联不同的时间段,在特定位点产生相对的ChIP信号。我们使用质量作用CLK模型来拟合数据,以提取TF-染色质相互作用的动力学参数,包括开关速率和交联速率。从停车费和停车费中我们可以获得停车和停车时间。以下方案是该方法的第二次迭代,CLKv2,更新了改进的交联和淬火条件,更多关于交联速率的信息以及对观察到的动力学模型建模的系统程序。已应用CLKv2分析来研究TATA结合蛋白(TBP)和其他TF的选定子集的结合行为。该协议使用酵母细胞开发,但也可适用于来自其他生物体的细胞。

【背景】转录起始是一个复杂的过程,涉及染色质化启动子上数十种蛋白的协作和协调相互作用(Kim等人,2005; Encode Consortium,2012; Rhee等人, ,2012; Dowen等人,2014年)。许多研究已经研究了体外核心转录机器的组装和调控(Zawel和Reinberg,1992; Conaway和Conaway,1993; Roeder,1996; ...

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