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Tryptone

胰蛋白胨

Company: BD
Catalog#: 211705
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In vitro Analysis of Ubiquitin-like Protein Modification in Archaea
Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract]  The ubiquitin-like (Ubl) protein is widely distributed in Archaea and involved in many cellular pathways. A well-established method to reconstitute archaeal Ubl protein conjugation in vitro is important to better understand the process of archaeal Ubl protein modification. This protocol describes the in vitro reconstitution of Ubl protein modification and following analysis of this modification in Haloferax volcanii, a halophilic archaeon serving as the model organism. [摘要]  泛素样(Ubl)蛋白广泛分布于古细菌中并参与许多细胞途径。 为了更好地理解古细菌Ub1蛋白质修饰的过程,重建体外古细菌Ubl蛋白质缀合物的完善方法是很重要的。 该协议描述了Ubl蛋白质修饰的体外重建以及在作为模型生物的嗜盐古细菌Haloferax volcanii 中对这种修饰进行分析。

【背景】泛素(Ub)与靶蛋白共价连接的过程被称为泛素化,其控制真核细胞中大量的细胞过程(Glickman和Ciechanover,2002; Komander和Rape,2012)。遍在蛋白化由一系列酶(包括Ub激活酶(E1),Ub结合酶(E2s)和Ub连接酶(E3s))催化。泛素化的体外重建是确定酶之间或E3与蛋白质底物之间特异性的有用测定法(Zhao等人,2012)。在古细菌中,Ubl蛋白SAMP采用Ub折叠,并且与E1样酶UbaA催化的蛋白靶标异肽连接[Maupin-Furlow,(2014)综述]。尽管E1同系物在古细菌中广泛存在,但基于一级序列比较,在大多数古细菌中未预测经典E2或E3酶。我们最近对Haloferax volcanii的研究表明甲硫氨酸亚砜还原酶A(MsrA)是Ubl蛋白质修饰(sampylation)与UbaA一起在体内温和的氧化条件下和< (体外)(fu="">

Quantification of Bacterial Twitching Motility in Dense Colonies Using Transmitted Light Microscopy and Computational Image Analysis
Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract]  A method was developed to allow the quantification and mapping of relative bacterial twitching motility in dense samples, where tracking of individual bacteria was not feasible. In this approach, movies of bacterial films were acquired using differential interference contrast microscopy (DIC), and bacterial motility was then indirectly quantified by the degree to which the bacteria modulated the intensity of light in the field-of-view over time. This allowed the mapping of areas of relatively high and low motility within a single field-of-view, and comparison of the total distribution of motility between samples. [摘要]  开发了一种方法,可以对密集样本中的相对细菌抽动动力进行定量和绘图,在这些样本中追踪单个细菌是不可行的。 在这种方法中,使用微分干涉对比显微镜(DIC)获得细菌膜的电影,然后通过细菌随时间调节视场中的光强度的程度间接量化细菌运动。 这允许在单个视场内绘制相对较高和较低运动性的区域,并比较样本之间运动的总分布。

【背景】Pilus介导的颤动运动表示与鞭毛无关的与表面相关的细菌运动形式。抽动动力被很多细菌病原体利用,包括淋病奈瑟氏球菌和铜绿假单胞菌与潮湿的表面相互作用并移位上皮屏障。在 P。颤动动力受大量基因调控,这些基因允许IV型菌毛的延伸和回缩,以有效地将细菌细胞拖过任何给定的表面以响应环境提示(Mattick,2002; Whitchurch et al。,2004; Burrows,2005)。在我们对 P的研究中。绿脓杆菌发病机制,抽动运动性有助于细菌在内化和多层角膜上皮细菌穿过后从上皮细胞排出(Alarcon等人,2009)。在角膜感染的小鼠模型中,抽动运动对于P是重要的。绿脓杆菌毒力(Zolfaghar et al。,2003)。最近,我们发现在粘膜液体如人眼泪和唾液中发现的糖蛋白DMBT1能够抑制P细胞。绿脓杆菌抽动动力(Li等人,2017)。在那项研究中,我们利用了一种新方法来快速和可靠地量化P.绿脓杆菌抽动动力。该协议在此处介绍。
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Method for CRISPR/Cas9 Mutagenesis in Candida albicans
Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract]  Candida albicans is the most prevalent and important human fungal pathogen. The advent of CRISPR as a means of gene editing has greatly facilitated genetic analysis in C. albicans. Here, we describe a detailed step-by-step procedure to construct and analyze C. albicans deletion mutants. This protocol uses plasmids that allow simple ligation of synthetic duplex 23mer guide oligodeoxynucleotides for high copy gRNA expression in C. albicans strains that express codon-optimized Cas9. This protocol allows isolation and characterization of deletion strains within nine days. [摘要]  白色念珠菌是最普遍和最重要的人类真菌病原体。 CRISPR作为基因编辑手段的出现极大地促进了 C中的遗传分析。白色假丝酵母。 在这里,我们描述一个详细的分步过程来构建和分析 C。 白色念珠菌缺失突变体。 该协议使用质粒,允许合成的双链体23mer引导寡聚脱氧核苷酸在高拷贝gRNA表达的简单连接。 表达密码子优化的Cas9的白色念珠菌菌株。 该协议允许在9天内分离和鉴定缺失菌株。

【背景】℃。白色念珠菌是一种难以处理遗传的有机体。由于它通常作为不容易进行有性生殖的二倍体存在,所以纯合隐性突变需要对每个基因座进行连续修饰。克隆间规则间隔短回文重复(CRISPR)突变的发展和应用。白色念珠菌促进遗传操作,因为它允许两个等位基因同时突变(Vyas et al。,2015; Min et al。,2016; Ng and Dean,2017 )。 CRISPR基因编辑涉及将RNA引导的核酸酶募集至邻近NGG原型间隔子邻接基序(PAM)的互补靶位点(Jinek等人,2012; Cong等人, 2013年;马里等人,2013年)。 CRISPR相关(Cas)核酸酶通过与结合Cas9的激活CRISPR RNA(tracrRNA)相关的指导RNA之间的互补碱基配对以高特异性进行靶向(Gasiunas等人, ...

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