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Trizma® base

Trizma ® base

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: T1503
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Implementation of Blue Light Switchable Bacterial Adhesion for Design of Biofilms
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Control of bacterial adhesions to a substrate with high precision in space and time is important to form a well-defined biofilm. Here, we present a method to engineer bacteria such that they adhere specifically to substrates under blue light through the photoswitchable proteins nMag and pMag. This provides exquisite spatiotemporal remote control over these interactions. The engineered bacteria express pMag protein on the surface so that they can adhere to substrates with nMag protein immobilization under blue light, and reversibly detach in the dark. This process can be repeatedly turned on and off. In addition, the bacterial adhesion property can be adjusted by expressing different pMag proteins on the bacterial surface and altering light intensity. This protocol provides light ... [摘要]  在空间和时间上高精度地控制细菌粘附到基底对于形成明确的生物膜是重要的。 在这里,我们提出了一种方法来设计细菌,使其在蓝光下通过光可切换蛋白质nMag和pMag特异性地粘附在基底上。 这为这些交互提供了精妙的时空遥控。 工程菌在表面上表达pMag蛋白,以便它们可以在蓝光下与nMag蛋白固定化的基质粘附,并在黑暗中可逆地分离。 该过程可以重复开启和关闭。 此外,通过在细菌表面表达不同的pMag蛋白质并改变光强度可以调节细菌粘附性质。 该协议提供了可高度空间和时间分辨率的细菌粘附的光可切换,可逆和可调控制,这使我们能够以极大的灵活性在基底上图案化细菌。

【背景】控制生物膜形成对于了解细菌在自然发生的生物膜中的社会相互作用至关重要(Flemming et。,2016)。这对生物膜在生物催化,生物传感和废物处理中的生物技术应用也特别重要(Zhou等人,2013; Jensen等人,2016)。生物膜的形成始终始于细菌与底物的粘附,这决定了生物膜中的空间组织(Liu等人,2016; Nadell等人,2016)。已经提出了许多策略来控制细菌粘附,例如通过脂质体融合利用生物正交反应基团修饰细菌表面(Elahipanah等,2016),将粘附分子固定在基质上(Sankaran等,等),2015; Zhang等人,2016; ...

Detection of Catalase Activity by Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) in Cell Extracts from Pseudomonas aeruginosa
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract]  Bacteria in nature and as pathogens commonly face oxidative stress which causes damage to proteins, lipids and DNA. This damage is produced by the action of reactive oxygen species (ROS) such as hydrogen peroxide (H2O2), singlet oxygen, superoxide anion and hydroxyl radical. ROS are generated by antimicrobials, environmental factors (e.g., ultraviolet radiation, osmotic stress), aerobic respiration, and host phagocytes during infective processes. Pseudomonas aeruginosa, a versatile bacterium, is a prevalent opportunistic human pathogen which possesses several defense strategies against ROS. Among them, two catalases (KatA and KatB) have been well characterized by their role on the defense against multiple types of stress. In this protocol, KatA and ... [摘要]  自然界中的细菌和病原体通常会面临氧化应激,导致蛋白质,脂质和DNA的损伤。 这种损害是由活性氧(ROS)如过氧化氢(H 2 O 2 2),单线态氧,超氧阴离子和羟基自由基的作用产生的。 ROS在感染过程中由抗菌剂,环境因素(例如,紫外线辐射,渗透压力),有氧呼吸和宿主吞噬细胞产生。 铜绿假单胞菌是一种多功能细菌,是一种普遍的机会性人类病原体,其具有针对ROS的几种防御策略。 其中,两种过氧化氢酶(KatA和KatB)在防御多种类型的压力方面的作用得到了很好的表征。 在该协议中,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测KatA和KatB活性。 还有人认为KatB的检测是难以捉摸的。

【背景】 P上。铜绿假单胞菌是一种无处不在的细菌,它可以以游离形式在陆地和水生栖息地中发现,或作为机会性人类病原体在免疫功能低下的个体,皮肤损伤或囊性纤维化患者中引起致命性感染。为了抵御其有氧代谢产生的ROS,寄主吞噬泡和环境因素,这种微生物具有多种抗氧化策略。其中,两个单功能的过氧化氢酶(KatA和KatB)负责将H 2 O分解成水和O 2。 KatA是主要的过氧化氢酶并具有独特的特征:它对H 2 O 2抗性,渗透保护和毒力非常稳定并且是必不可少的(Hassett等人 2000; Lee等人,2005)。有人认为,KatA的稳定性是正常生长条件下高水平活性的主要因素之一,因此, ...

Generation of microRNA Sponge Library
Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract]  This protocol describes the generation and functional validation of microRNA (miRNA) sponge or decoy constructs. When expressed from a strong promoter, these transcripts can sequester specific miRNA:RISC complexes, thereby resulting in a derepression of endogenous target mRNA. Hence, cells expressing such sponges display a partial or full miRNA loss-of-function phenotype.

Depending on the sponge sequence, the activity of any miRNA of choice can be inhibited by sponge sequestration, but it should be noted that these constructs do not seem to be specific for one particular miRNA. Rather, all miRNAs of the same family as defined by the seed sequence will be affected, albeit to a different degree.
[摘要]  该协议描述了microRNA(miRNA)海绵或诱饵构建体的产生和功能验证。 当从强启动子表达时,这些转录物可以隔离特定的miRNA:RISC复合物,从而导致内源性靶mRNA的去阻遏。 因此,表达这种海绵的细胞表现出部分或完全的miRNA功能丧失表型。

根据海绵序列的不同,所选择的miRNA的活性可以通过海绵螯合来抑制,但是应该指出,这些构建体对于一种特定的miRNA似乎并不是特异性的。 相反,由种子序列定义的同一家族的所有miRNA将受到影响,尽管程度不同。

【背景】微小RNA(miRNA)是短的非编码RNA,其大小约为21-24个核苷酸,其在转录后沉默哺乳动物中所有蛋白质编码基因的大部分。自从他们发现以来,越来越多的研究已经清楚地将这个监管层确定为几乎所有生理过程的关键要素。在这种情况下并不奇怪,miRNA的异常表达也与几种人类恶性肿瘤包括癌症有因果关系。

使用经典的功能增益方法,早期研究通常利用过表达来评估特定miRNA的功能。然而,与生理环境相比,这可以达到高达100倍或更高的miRNA水平,并且可能产生不一定与miRNA的正常功能相关的表型。

为了避免可能的过度表达伪影的这个显而易见的问题,在过去几年中已经开发了用于体内和体内使用的miRNA抑制的几种技术,从而允许分析一种特定的miRNA或一组miRNA以功能丧失的方式。这些包括例如miRNA诱饵或海绵的表达,通过以序列特异性方式隔离miRNA:RISC复合物来干扰miRNA功能的长转录物(Ebert等人。 ...

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