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Phenylmethanesulfonyl fluoride

苯基甲磺酰氟

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: P7626
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Company-protocol()
Other protocol()

Terminal Deoxynucleotidyl Transferase Mediated Production of Labeled Probes for Single-molecule FISH or RNA Capture
Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract]  Arrays of short, singly-labeled ssDNA oligonucleotides enable in situ hybridization with single molecule sensitivity and efficient transcript specific RNA capture. Here, we describe a simple, enzymatic protocol that can be carried out using basic laboratory equipment to convert arrays of PCR oligos into smFISH and RAP probesets in a quantitative, cost-efficient and flexible way. [摘要]  短的,单标记的ssDNA寡核苷酸阵列使得能够与单分子灵敏度和有效的转录物特异性RNA捕获进行原位杂交。 在这里,我们描述了一个简单的酶促协议,可以使用基本的实验室设备将PCR寡核苷酸阵列以定量,成本高效和灵活的方式转换为smFISH和RAP探针组。

【背景】合成来源的多个单标记的短寡核苷酸的使用极大地改进了对特异性转录物的高特异性和单分子灵敏度的检测(Femino等人,1998; Raj等人。,2008)。这种探针分子与经典使用的长核酸探针相比具有改进的穿透性并且需要更温和的杂交条件,从而更好地保存标本的结构(例如,Little等人 >,2015,Gaspar 等,2017a)。由于在该设计中多个寡核苷酸 - 通常24-96-靶向相同转录物的不同部分,因此在非特异性背景上在特异性靶分子上发生信号累积,这与由长的多标记探针产生的相等信号相反(Raj ,2008)。此外,由于单个短探针的标记是定量的 - 与长探针的随机标记相反 - ...

An Improved Method for Measuring Chromatin-binding Dynamics Using Time-dependent Formaldehyde Crosslinking
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract]  Formaldehyde crosslinking is widely used in combination with chromatin immunoprecipitation (ChIP) to measure the locations along DNA and relative levels of transcription factor (TF)-DNA interactions in vivo. However, the measurements that are typically made do not provide unambiguous information about the dynamic properties of these interactions. We have developed a method to estimate binding kinetic parameters from time-dependent formaldehyde crosslinking data, called crosslinking kinetics (CLK) analysis. Cultures of yeast cells are crosslinked with formaldehyde for various periods of time, yielding the relative ChIP signal at particular loci. We fit the data using the mass-action CLK model to extract kinetic parameters of the TF-chromatin interaction, including the on- and ... [摘要]  甲醛交联广泛用于与染色质免疫沉淀(ChIP)相结合来测量沿着DNA的相对位置以及转录因子(TF)-DNA相互作用的体内相对水平。但是,通常所做的测量不能提供关于这些交互的动态属性的明确信息。我们已经开发了一种方法来评估来自时间依赖性甲醛交联数据的结合动力学参数,称为交联动力学(CLK)分析。酵母细胞的培养物与甲醛交联不同的时间段,在特定位点产生相对的ChIP信号。我们使用质量作用CLK模型来拟合数据,以提取TF-染色质相互作用的动力学参数,包括开关速率和交联速率。从停车费和停车费中我们可以获得停车和停车时间。以下方案是该方法的第二次迭代,CLKv2,更新了改进的交联和淬火条件,更多关于交联速率的信息以及对观察到的动力学模型建模的系统程序。已应用CLKv2分析来研究TATA结合蛋白(TBP)和其他TF的选定子集的结合行为。该协议使用酵母细胞开发,但也可适用于来自其他生物体的细胞。

【背景】转录起始是一个复杂的过程,涉及染色质化启动子上数十种蛋白的协作和协调相互作用(Kim等人,2005; Encode Consortium,2012; Rhee等人, ,2012; Dowen等人,2014年)。许多研究已经研究了体外核心转录机器的组装和调控(Zawel和Reinberg,1992; Conaway和Conaway,1993; Roeder,1996; ...

Infectious Subviral Particle to Membrane Penetration Active Particle (ISVP-to-ISVP*) Conversion Assay for Mammalian Orthoreovirus
Author:
Date:
2018-01-20
[Abstract]  The mammalian orthoreovirus (reovirus) outer capsid undergoes a series of conformational changes prior to or during viral entry. These transitions are necessary for delivering the genome-containing core across host cell membranes. This protocol describes an in vitro assay for monitoring the transition into a membrane penetration-active form (i.e., ISVP*). [摘要]  哺乳动物正面病毒(呼肠孤病毒)外壳在病毒进入之前或过程中经历一系列构象变化。 这些转换对于跨宿主细胞膜递送含基因组的核心是必要的。 该协议描述了用于监测向膜渗透活性形式(即,ISVP *)的转变的体外试验。

【背景】呼肠孤病毒是无包膜的双链RNA病毒,其由两个同心蛋白质壳组成:内衣壳(核心)和外衣壳(Dryden等人,1993; Zhang等人, / ,2005; Dermody et al ,2013)。在附着之后,病毒颗粒被内吞(Borsa et al。,1979; Ehrlich et al。,2004; Maginnis et al。,2006; Maginnis和宿主组织蛋白酶蛋白酶降解σ3外壳蛋白(Chang和Zweerink,1971; Silverstein等人,1972; Borsa等人,et al。 1981; Sturzenbecker等人,1987; Dermody等人,1993; Baer和Dermody,1997; Ebert等人, 2002年)。这个过程产生一个亚稳中间体,称为感染性亚病毒颗粒(ISVP),其中细胞穿透蛋白μ1被暴露(Dryden等人,1993)。 ISVPs是通过用糜蛋白酶处理纯化的病毒体而在体外产生的(Joklik,1972; ...

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