| Cleavable Affinity Purification (Cl-AP): A One-step Procedure to Affinity Purify Protein Complexes
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Author:
Date:
2020-11-20
[Abstract] Cleavable Affinity Purification (Cl-AP) uses a tripartite system of Protein-A-Streptavidin beads and nanobodies, coupled with a biotinylated, thiol-cleavable linker, providing one-step affinity purification from lysates of tissues expressing tagged proteins. This technique allows fluorescent versions of mitotic protein complexes to be isolated intact from cells, for use in biophysical and microscopy-based assays, overcoming the traditional limitations of reductionist approaches. We have used this technique successfully to purify both GFP-tagged and mCherry-tagged proteins, and their interacting partners, expressed in Drosophila melanogaster embryos. Although we demonstrate the efficacy of the GFP-binding protein and RFP-binding protein nanobodies from Chromotek, in theory any antibody ...
[摘要] [摘要]裂解亲和纯化（Cl-AP）使用蛋白质A-链霉亲和素珠和纳米抗体的三方体系，再加上生物素化的，硫醇可裂解的接头，可从表达标记蛋白的组织裂解物中一步纯化。这项技术可以从细胞中完整分离出荧光形式的有丝分裂蛋白复合物，用于生物物理和基于显微镜的分析中，克服了还原论方法的传统局限性。我们已经成功地使用了该技术来纯化在果蝇中表达的GFP标记和mCherry标记的蛋白及其相互作用的伴侣。 胚胎。尽管我们证明了Chromotek的GFP结合蛋白和RFP结合蛋白纳米抗体的功效，但从理论上讲，任何抗体都可以偶联至磁珠并用作Cl-AP试剂。
[背景技术]许多蛋白质引起它们的细胞功能的多蛋白复合物的一部分。为了全面了解蛋白质复合物的作用，需要将体内方法（例如干扰蛋白质水平/活性或监测动态定位）与体外生化测定和功能重建结合起来。目前，这种整体方法受到严重限制。体外研究通常使用已在非自体系统（例如细菌和昆虫细胞）中单独表达和纯化的蛋白质，其中对于功能至关重要的折叠和翻译后修饰可能与原始细胞中发现的不同。相反，从细胞/组织中纯化特定蛋白质或复合物通常依赖于共免疫沉淀或纯化已引入细胞的目标蛋白质的标记版本，例如使用血凝素（HA），FLAG 3或串联亲和纯化（TAP）标记。这些体内方法存在两个主要问题：（i ...
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| An in vitro DNA Sensor-based Assay to Measure Receptor-specific Adhesion Forces of Eukaryotic Cells and Pathogens
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Author:
Date:
2020-09-05
[Abstract] Motility of eukaryotic cells or pathogens within tissues is mediated by the turnover of specific interactions with other cells or with the extracellular matrix. Biophysical characterization of these ligand-receptor adhesions helps to unravel the molecular mechanisms driving migration. Traction force microscopy or optical tweezers are typically used to measure the cellular forces exerted by cells on a substrate. However, the spatial resolution of traction force microscopy is limited to ~2 µm and performing experiments with optical traps is very time-consuming.
Here we present the production of biomimetic surfaces that enable specific cell adhesion via synthetic ligands and at the same time monitor the transmitted forces by using molecular tension sensors. The ligands were ...
[摘要] [摘要 ] 组织内真核细胞或病原体的运动性是通过与其他细胞或细胞外基质特异性相互作用的转换来介导的。这些配体-受体粘附的生物物理特征有助于揭示驱动迁移的分子机制。牵引力显微镜或光学镊子通常用于测量细胞在基质上施加的细胞力。但是，牵引力显微镜的空间分辨率仅限于〜2 µm，使用光阱进行实验非常耗时。
在这里，我们介绍了仿生表面的生产，该表面能够通过合成配体实现特定的细胞粘附，同时通过使用分子张力传感器监控传递的力。将配体与双链DNA探针偶联，该探针具有确定的DNA解链力阈值。从而将pN范围内的受体介导力半定量转换为荧光信号，可以通过标准荧光显微镜在分辨率极限（〜0.2 µm）上检测到。
该测定的模块化设计允许改变所呈现的配体和DNA探针的机械强度，这为探测不同的真核细胞类型和病原体的粘附提供了多种可能性，此处以骨肉瘤细胞和伯氏疟原虫子孢子体为例。
[背景 ] 运动细胞和病原体以多种不同方式与环境相互作用（Parsons 等，2010； Nan ，2017； Muthinja 等，2018 ）。例如，跨膜受体将单个细胞锚定在其环境中，并使其与其他细胞相互作用（Hynes ，1992）。整联蛋白是将细胞连接到细胞外基质的主要受体，它以双向方式传递力（Schoen et ...
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| Transcytosis Assay for Transport of Glycosphingolipids across MDCK-II Cells
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Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract] Absorption and secretion of peptide and protein cargoes across single-cell thick mucosal and endothelial barriers occurs by active endocytic and vesicular trafficking that connects one side of the epithelial or endothelial cell (the lumen) with the other (the serosa or blood). Assays that assess this pathway must robustly control for non-specific and passive solute flux through weak or damaged intercellular junctions that seal the epithelial or endothelial cells together. Here we describe an in vitro cell culture Transwell assay for transcytosis of therapeutic peptides linked covalently to various species of the glycosphingolipid GM1. We recently used this assay to develop technology that harnesses endogenous mechanism of lipid sorting across epithelial cell barriers to enable ...
[摘要] 单细胞厚粘膜和内皮屏障上的肽和蛋白质货物的吸收和分泌通过活性内吞和囊泡运输发生，其连接上皮细胞或内皮细胞（管腔）的一侧与另一侧（浆膜或血液）。 评估该途径的测定必须通过弱的或受损的细胞间连接强有力地控制非特异性和被动的溶质通量，所述细胞间连接将上皮细胞或内皮细胞密封在一起。 在这里，我们描述了一种体外>细胞培养Transwell测定法，用于与各种鞘糖脂GM1共价连接的治疗性肽的转胞吞作用。 我们最近使用该测定开发了技术，该技术利用跨上皮细胞屏障的脂质分选的内源机制，以实现肽和蛋白质治疗剂的口服递送。
【背景】
大分子穿过覆盖粘膜表面的单细胞厚的上皮屏障和衬在供给心肌和脑的血管的紧密内皮屏障上的运输通过内吞过程发生，该内吞过程将这些极化细胞的一侧与另一侧连接。该过程称为转胞吞作用（Garcia-Castillo et al。>，2017）。通过受体介导的内吞作用和穿过消化道和呼吸道粘膜的囊泡运输的免疫球蛋白的吸收和分泌最着名的是这一过程。对转胞吞作用的兴趣也受到利用该途径在紧密上皮和内皮屏障上递送治疗性肽和蛋白质的潜力的刺激（Thuenauer 等人，>，2017）。
转胞吞作用是一种活跃的（ATP驱动的）过程。在一些情况下，通过细胞间紧密连接在细胞周围被动扩散可以发生大分子跨越紧密上皮和内皮屏障的转运（Fung ...
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