| Total RNA Extraction from Dinoflagellate Symbiodinium Cells
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Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract] Dinoflagellates are unicellular algae that can have photosynthetic or nonphotosynthetic lifestyles. Dinoflagellates in the genus Symbiodinium can enter endosymbiotic associations with corals, providing the metabolic basis for the highly productive and biologically diverse coral-reef ecosystems (Hoegh-Guldberg, 1999), as well as with other cnidarians, including sea anemones and jellyfish, and non-cnidarian hosts (Trench, 1993; Lobban et al., 2002; Mordret et al., 2016).
Here, I describe a protocol for isolating total RNA from Symbiodinium cells.
[摘要] 鞭毛藻是单细胞藻类，可以有光合或非光合生活方式。 Symbiodinium属中的甲藻类可以与珊瑚进入内共生关系，为高生产力和生物多样性珊瑚礁生态系统提供代谢基础（Hoegh-Guldberg，1999），以及其他的cnidarians，包括 海葵和海蜇，以及非刺猬寄主（Trench，1993; Lobban等人，2002; Mordret等人，2016）。
在这里，我描述了从Symbiodinium细胞中分离总RNA的方案。
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| Purification of Total RNA from DSS-treated Murine Tissue via Lithium Chloride Precipitation
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] We have developed a protocol to purify RNA from DSS (Dextran Sulfate Sodium)-treated mouse tissues. This method, which prevents downstream inhibition of q-RT-PCR observed in DSS-treated tissues, relies on successive precipitations with lithium chloride.
[摘要] 我们开发了一种从DSS（葡聚糖硫酸钠）处理的小鼠组织中纯化RNA的方案。 这种防止DSS处理组织中观察到的q-RT-PCR下游抑制的方法依赖于氯化锂的连续沉淀。
【背景】葡聚糖硫酸钠（DSS）在实验室中非常普遍地用于诱导啮齿动物的结肠炎。具体而言，它模拟人类炎性肠病（IBD）与溃疡性结肠炎（UC）特征的临床和组织学特征。 DSS在饮用水中稀释并穿透组织。我们已经观察到用DSS污染RNA提取物阻止了从结肠和小肠成功的后续扩增过程，但也阻止了从DSS处理的动物获得的血液和其他组织。之前我们已经证明，样品中DSS的存在抑制了逆转录和聚合酶链式反应扩增（Viennois等人，2013）。 Kerr等人以剂量依赖的方式观察到这种抑制作用，他们提出了基于多聚-A纯化的技术以从总RNA提取物中去除DSS（Kerr等人，，2012）。我们在此提出了另一种有效和经济的方法，用于基于氯化锂（LiCl）沉淀纯化来自DSS迹线的总RNA提取物。这种方法已经在我们的实验室以及其他方面得到了广泛的应用（Chassaing et al。，2012，Li et al。，2016）。但是，没有尝试详细记录该程序。因此，我们详细描述了用另一种方法（Trizol，Spin柱为基础的核酸纯化）从主要从DSS处理的鼠组织中分离的总RNA的LiCl纯化步骤。
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| Micro-chromatin Immunoprecipitation (μChIP) Protocol for Real-time PCR Analysis of a Limited Amount of Cells
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Author:
Date:
2016-06-20
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation followed by deep sequencing (ChIP-Seq) is an important strategy to study gene regulation. When availability of cells is limited, however, it can be useful to focus on specific genes to investigate in depth the role of transcription factors or histone marks. Unfortunately, performing ChIP experiments to study transcription factors’ binding to DNA can be difficult when biological material is restricted. This protocol describes a robust method to perform μChIP for over-expressed or endogenous transcription factors using ~100,000 cells per ChIP experiment (Masserdotti et al., 2015). We also describe optimization steps, which we think are critical for this protocol to work and which can be used to further reduce the number of cells.
[摘要] 染色质免疫沉淀后深层测序（ChIP-Seq）是研究基因调控的重要策略。 然而，当细胞的可用性有限时，可能有用的是专注于特定的基因深入研究转录因子或组蛋白标记的作用。 不幸的是，当生物材料受到限制时，进行ChIP实验以研究转录因子与DNA的结合可能是困难的。 该方案描述了使用约100,000个细胞/ChIP实验对过表达或内源性转录因子进行μChIP的稳健方法（Masserdotti等人，2015）。 我们还描述了优化步骤，我们认为这是协议工作的关键，可以用于进一步减少单元格的数量。
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