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Magnesium chloride hexahydrate

氯化镁六水合物

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: M2670
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Company-protocol()
Other protocol()

Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract]  Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments or those between random fragments and (iv) quantifying the number of ligations events between pairs of genomic loci (de Wit and de Laat, 2012). In the original 3C protocol, ligation frequency was ... [摘要]  染色体构象捕获测序(Hi-C)是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加(3C)(Dekker et al。,2002)。 3C的基本工作流程包括(i)通常用甲醛固定完整的染色质,(ii)用限制酶切割固定的染色质,(iii)在稀释条件下重新连接粘性末端,以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和(iv)量化基因组基因座对之间的连接事件的数量(de Wit和de Laat,2012)。在最初的3C方案中,通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点(“一对一”)的选定连接接头来测量连接频率(Dekker et al。,2002 )。然后,染色体构象捕获芯片(4C)和染色体构象捕获碳复制(5C)技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C(Lieberman-Aiden et al。,2009)最终将3C与下一代测序相结合(Metzker,2010)。此处,在再连接之前,用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序,并将得到的读数映射到参考基因组,允许以“多对多”方式确定接触概率,其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理(Lieberman-Aiden et ...

In vitro Enzymatic Assays of Histone Decrotonylation on Recombinant Histones
Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract]  Class I histone deacetylases (HDACs) are efficient histone decrotonylases, broadening the enzymatic spectrum of these important (epi-)genome regulators and drug targets. Here, we describe an in vitro approach to assaying class I HDACs with different acyl-histone substrates, including crotonylated histones and expand this to examine the effect of inhibitors and estimate kinetic constants. [摘要]  I类组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是有效的组蛋白去蛋白酶,拓宽了这些重要(epi-)基因组调节因子和药物靶标的酶谱。 在这里,我们描述了一种体外方法来测定具有不同酰基 - 组蛋白底物的I类HDAC,包括巴豆酰化组蛋白,并将其扩展以检查抑制剂的作用并估计动力学常数。

【背景】组蛋白的翻译后修饰是基因组调控的重要方面,包括基因表达(例如参见Pengelly et al。,2013;在Castillo 等人中综述,2017)。组蛋白修饰改变染色质结构和/或调节蛋白质的结合,例如核小体重塑因子(在Bannister和Kouzarides,2011中综述)。大多数组蛋白修饰是可逆的并且可以酶促去除。例如,通过组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)除去组蛋白乙酰化,其中存在几类。近年来,新的组蛋白赖氨酸酰化,包括琥珀酰化,丙酰化,丁酰化,羟基丁基化和巴豆酰化已成为规范组蛋白乙酰化的新替代物,并且已经证实了许多这些新发现的组蛋白修饰的功能相关性(Sabari 等人,2017)。特别是,组蛋白巴豆酰化与活性基因表达有关,并被认为受细胞代谢状态的影响(Sabari et al。,2015; Fellows et al。 ,2018年)。最近已显示I类组蛋白脱乙酰酶也有效地去除组蛋白质(Wei et al。,2017; Fellows et al。,2018)。
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BMV Propagation, Extraction and Purification Using Chromatographic Methods
Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract]  Brome mosaic virus (BMV) is a well-known plant virus representing single-stranded RNA (ssRNA) positive-sense viruses. It has been widely used as a model in multiple studies concerning plant virus biology, epidemiology and the application of viral capsids in nanotechnology. Herein, we describe a method for BMV purification based on ion-exchange and size-exclusion chromatography. The presented method is of similar efficiency to previously described protocols relying on differential centrifugation and can easily be scaled up. The resulting BMV capsids are stable and monodisperse and can be used for further applications. [摘要]  雀麦花叶病毒(BMV)是众所周知的植物病毒,代表单链RNA(ssRNA)正义病毒。 它已被广泛用作植物病毒生物学,流行病学和病毒衣壳在纳米技术中的应用的多项研究中的模型。 在本文中,我们描述了基于离子交换和尺寸排阻色谱的BMV纯化方法。 所提出的方法与先前描述的依赖于差速离心的方案具有相似的效率,并且可以容易地按比例放大。 得到的BMV衣壳是稳定的并且是单分散的,并且可以用于进一步的应用。

【背景】纳米技术要克服的关键挑战之一是制定有效的和组织特异性的药物递送方法。植物病毒和病毒样颗粒(VLP)具有生物相容性和可生物降解性,不含对人类或动物健康有害的病原体,是合成药物载体的安全替代品,通常会激活免疫系统的不良反应或积聚在免疫系统中。身体到毒性水平。最后,病毒衣壳的生产相对便宜且快速(Ren et al。,2007; Arcangeli et al。,2014)。

Bromoviridae 家族的雀麦花叶病毒(BMV)是用作纳米颗粒载体的良好候选物,因为它显示出所有上述特征并且是研究最多的植物病毒之一(Figlerowicz,2000; Alejska et al。,2005; Urbanowicz et al。,2005; Wierzchoslawski et al。,2006; Kao vet al。 ...

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