| In vitro Nitrate Reductase Activity Assay from Arabidopsis Crude Extracts
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Nitrate reductase (NR) reduces the major plant nitrogen source, NO3-, into NO2-. NR activity can be measured by its final product, nitrite through its absorbance under optimized condition. Here, we present a detailed protocol for measuring relative enzyme activity of NR from Arabidopsis crude extracts. This protocol offers simple procedure and data analysis to compare NR activity of multiple samples.
[摘要] 硝酸还原酶（NR）将主要的植物氮源NO 3 N-2还原为NO 2 - 2。 NR活性可以通过其最终产物，亚硝酸盐在最佳条件下通过其吸光度来测量。 在这里，我们提供了一个详细的协议，用于测量来自拟南芥粗提物的NR的相对酶活性。 该协议提供简单的程序和数据分析来比较多个样品的NR活性。
【背景】氮是植物所需的主要营养素，主要以硝酸盐的形式吸收。硝酸还原酶是高等植物中首次同化氮的酶。植物硝酸还原酶的同型二聚体如下催化硝酸根的NAD（P）H依赖性还原为亚硝酸根：
NO <3> + NADH + H +→NO - + NAD + H 测量NR活性的方法可能是研究影响NR活性的生物因素的有力工具（Park等人，2011）。氮同化影响植物中氨基酸的含量，因此调节NR活性可用于提高某些作物的质量（Croy和Hageman，1970; Dalling和Loyn，1977; Ruan等人，1998） ）。在该协议中，在优化的缓冲液条件下限制时间内亚硝酸盐浓度增加作为可比值获得。亚硫酸盐浓度通过Griess测定法通过其在540nm处的吸光度来测量。简言之，亚硝酸盐与磺胺酸形成重氮盐，然后N-（1-萘基）乙二胺二盐酸盐形成有色偶氮化合物。可以比较这些值以确定样品如何具有不同的NR活性。此外，通过简单的过程可以将这些数值转换为精确增加的亚硝酸盐浓度。 ...
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| Alphavirus Purification Using Low-speed Spin Centrifugation
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Chemical and sedimentation procedures are used to purify virus particles. While these approaches are successful for wild-type viruses, they are often not feasible for purifying mutant viruses with assembly defects. We combined two published methods (Atasheva et al., 2013; Moller-Tank et al., 2013), to generate a protocol that uses low-speed centrifugation to purify both wildtype and mutant enveloped virus particles at high yield with minimal handling steps. This protocol has successfully been used to purify alphavirus particles for imaging and structural studies (Wang et al., 2015; Ramsey et al., 2017).
[摘要] 化学和沉淀过程用于纯化病毒颗粒。 虽然这些方法对于野生型病毒是成功的，但它们通常不能用于纯化具有装配缺陷的突变病毒。 我们结合了两种公开的方法（Atasheva等人，2013; Moller-Tank等人，2013），以生成使用低速离心纯化两种方法的方案 野生型和突变体包膜病毒颗粒，产量高，处理步骤最少。 该方案已成功用于纯化甲病毒颗粒用于成像和结构研究（Wang等人，2015; Ramsey等人，2017）。
【背景】传统上，病毒纯化基于化学沉淀（例如PEG）或密度梯度离心。离心方案包括以高速（>100,000μgx g）或通过沉淀基质如铯，Nycodenz，碘克沙醇，蔗糖，甘油或酒石酸丸粒化颗粒。在梯度沉降之后，纯化的病毒样品通常需要额外的步骤来除去梯度基质，浓缩纯化的颗粒，并且缓冲液交换成用于下游应用的稳定缓冲液。这些方法包括透析，通过离心过滤器离心或PEG沉淀。虽然这些方法会产生纯化的颗粒，但有几个缺点：（1）总产量可能很低，（2）纯化所需的时间可能延长到一周，（3）形态上不均匀的颗粒不能以相同的效率纯化，（ 4）过程中可能会损坏颗粒，以及（5）组装突变体常常不能在净化过程中存活，使得某些下游分析具有挑战性。
这里描述的协议使用温和的方法来净化包膜病毒颗粒。我们使用最小的离心力来减少对粒子的损伤，这是由于负染透射电子显微镜（TEM）中增加的形态异质性或通过TEM或传染性测定法测定的易碎粒子的全部损失而观察到的。另外，我们希望减少纯化后纯化病毒体的操作。通过合并文献中的两个方案（Atasheva等人，2013; ...
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| Preparation, Stimulation and Other Uses of Adult Rat Brain Synaptosomes
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] In this paper, our protocol for preparation of brain synaptosomes is described. Synaptosomes are a valuable model system for analysis of structural components of the synapse as well as for investigation of synaptic function. Synaptosomal preparations are necessary for understanding molecular changes at synapses where critical post-translational modifications of synaptic proteins may occur. Not only are synaptosomes rich in synaptic proteins, but they can be used for analyzing uptake of neurotransmitters into synaptic vesicles and for analysis of the involvement of neurotransmitter synthesis and release. Synaptosomes can be stimulated with increased calcium influx to release neurotransmitters. Synaptosomal preparations have been used in characterizing calcium dependent phosphorylation and ...
[摘要] 在这篇论文中，我们描述了制备脑突触体的方案。突触体是用于分析突触的结构组分以及用于调查突触功能的有价值的模型系统。突触体制备对于理解可能发生突触蛋白的关键翻译后修饰的突触处的分子变化是必需的。突触小体不仅含有丰富的突触蛋白，还可用于分析神经递质向突触小泡的摄取和神经递质合成和释放的参与分析。可以用增加的钙内流刺激突触体释放神经递质。突触体制剂已被用于表征钙依赖性磷酸化和GABA合成酶GAD65（分子量为65kDa的L-谷氨酸脱羧酶）的活化。通过检查从突触体制剂获得的突触小泡膜上的蛋白质复合物，可以表征GAD65在GABA囊泡释放的偶联合成和囊泡摄取中的作用，这最终导致GABA囊泡释放GABA能神经传递的微调方法。
【背景】突触体制备方法在40多年前在神经科学研究实验室中建立，并且在涉及神经递质释放相关的细胞外钾升高以及对细胞内钙增加的应答方面具有极大的价值。除了阐明神经递质释放的过程之外，突触体制剂已经成为突触囊泡的有价值的来源。关于突触小泡的研究已经被用于表征参与偶联的神经递质合成和囊泡释放的蛋白质组分。突触体制剂作为突触囊泡分离的中间体也是非常有价值的，然后根据位于包含神经递质合成酶的囊泡膜上的蛋白质复合物进行分析。在这方面关键的意义在于包括CSP（胱氨酸 - ...
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