| Quantification of Salivary Charged Metabolites Using Capillary Electrophoresis Time-of-flight-mass Spectrometry
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Author:
Date:
2020-10-20
[Abstract] Salivary metabolomics have provided the potentials to detect both oral and systemic diseases. Capillary electrophoresis time-of-flight-mass spectrometry (CE-TOFMS) enables the identification and quantification of various charged metabolites. This method has been employed to biomarker discoveries using human saliva samples, especially for various types of cancers. The untargeted analysis contributes to finding new biomarkers. i.e., the analysis of all detectable signals including both known and unknown metabolites extends the coverage of metabolite to be observed. However, the observed data includes thousands of peaks. Besides, non-linear migration time fluctuation and skewed peaks are caused by the sample condition. The presented pretreatment protocols of saliva samples enhance ...
[摘要] [摘要] 唾液代谢组学为口腔和全身疾病的检测提供了可能。毛细管电泳-飞行时间质谱（CE-TOFMS）能够识别和定量各种带电荷的代谢物。这种方法已被用于利用人类唾液样本发现生物标志物，特别是对各种癌症。非靶向分析有助于寻找新的生物标志物。i、 对所有可检测信号的分析，包括已知和未知的代谢物，扩大了待观察代谢物的覆盖范围。然而，观测数据包括数千个峰值。此外，样品条件也会导致偏移时间的非线性波动和峰值的倾斜。本文提出的唾液样品预处理方案提高了迁移时间漂移的再现性，有助于样品间的匹配峰，并使检测到的代谢物的绝对浓度可重复。所述方案不仅适用于唾液，而且适用于任何稍加修改的液体样品。
[背景] 唾液是一种适合监测全身状况的生物流体。唾液样本的无创性可获得性，可进行频繁、及时、经济的诊断，这将有助于实现个性化医疗。因此，各种疾病的生物标志物发现已被报道（Wang等人，2017年）。唾液中含有微生物和多种成分，如基因组、编码和非编码RNA、蛋白质和代谢物（Bonne和Wong，2012；Yoshizawa等人，2013）。传统上，这些成分的分析用于口腔疾病的诊断（Dawes和Wong，2019；Martina等人，2020）。最近，积累的证据显示了监测系统健康状况的潜力（Sugimoto等人，2013年；Kaczor-Urbanowicz等人，2017年）。
在各种组学技术中，代谢组学已被用于发现代谢性疾病的生物标志物，包括癌症（Trezzi等人，2015年）。癌细胞中的代谢异常，如沃堡效应（Warburg，1956），可能反映了生物流体中的代谢物分布。因此，基于代谢组学的液体活检技术得到了广泛的发展（Armitage和Ciborowski，2017）。与基于血液和尿液的诊断相比，使用唾液是一种新兴的方法，而唾液代谢谱显示了检测各种癌症的潜力（Sugimoto等人，2010a）。 ...
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| Barley Transformation by Particle Bombardment Using Callus
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Author:
Date:
2020-06-05
[Abstract] The delivery of desired construct into plant cells relies mainly on Agrobacterium-mediated transformation. However, Agrobacterium transformation is still very challenging for barley as only one genotype is amendable to Agrobacterium infection. The demand for developing genotype independent transformation methods is thus high. Here we report a transformation protocol for barley cultivar “Rika” by particle bombardment.
[摘要] [摘要 ] 所需构建体向植物细胞的传递主要依靠农杆菌介导的转化。然而，大麦农杆菌转化仍然具有很大的挑战性，因为只有一种基因型可以改变农杆菌感染，因此对基因型独立转化方法的开发提出了很高的要求。在这里，我们报告了通过粒子轰击对大麦品种“ Rika”的转化方案。
[背景 ] 基于组织培养农杆菌转化通常用于导入的载体DNA导入植物细胞，但它往往是基因型的高效转化方案的dependent.The可用性因此是用于基因组编辑的经由成功至关重要农杆菌transformation.Barley是的一个不幸的是，在经济上很重要的谷物作物上，农杆菌转化原则上仅适用于“金承诺”品种，因此需要开发替代转化方法以通过作物基因组编辑促进遗传改良。 ，这可能是大麦的另一种转化方法。在这里，我们报道了使用愈伤组织根据小麦粒子轰击对大麦转化进行粒子轰击的方案（Tian 等人，2019）。
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| Isolation of Nuclei in Tagged Cell Types (INTACT), RNA Extraction and Ribosomal RNA Degradation to Prepare Material for RNA-Seq
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Gene expression is dynamically regulated on many levels, including chromatin accessibility and transcription. In order to study these nuclear regulatory events, we describe our method to purify nuclei with Isolation of Nuclei in TAgged Cell Types (INTACT). As nuclear RNA is low in polyadenylated transcripts and conventional pulldown methods would not capture non-polyadenylated pre-mRNA, we also present our method to remove ribosomal RNA from the total nuclear RNA in preparation for nuclear RNA-Seq.
[摘要] 基因表达在多个水平上动态调节，包括染色质可及性和转录。 为了研究这些核调节事件，我们描述了我们用净化细胞核（INTACT）纯化细胞核的方法。 由于核RNA在聚腺苷酸化转录物中低并且常规下拉方法不会捕获非聚腺苷酸化前mRNA，所以我们还提出了我们的方法以从核RNA总RNA中去除核糖体RNA以准备核RNA-Seq。
【背景】分离用于基因表达实验的特定细胞类型降低了噪音并提高了实验的精确度和发现的不同表达基因的数量。用于细胞类型特异性研究的各种方法被广泛使用，每种方法都有其优点和缺点（Bailey-Serres，2013年综述）。分离特定的调控区室，如细胞核（来自细胞器，核糖体，细胞质，等等）可以进一步精确解析调控基因表达的分子事件。在这里，我们描述了一种方法，可以从冷冻组织中分离特定细胞类型的细胞核，适用于研究核基因表达的实验（例如，核RNA的RNA-Seq，ATAC-Seq，ChIP -Seq，等。）。此外，我们描述了RNA的处理，导致材料适合作为RNA-Seq实验的输入。这里描述的方案与水稻根组织（日本野生稻栽培品种日本晴）（Reynoso等人，2018年）一起使用，但是它们基于以前开发的方案， （拟订和Henikoff，2010年和2011年）和番茄（罗恩等人，2014年）。
该协议的第一部分，INTACT方法（用于标记特定细胞类型的核的分离）允许体内亲和标记和随后从感兴趣的细胞类型中纯化细胞核。这是通过由包膜靶向结构域，GFP和生物素连接酶识别肽（BLRP）组成的三联核标签融合蛋白（NTF）的细胞类型特异性表达实现的。 ...
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