| Protocol for Enrichment of the Membrane Proteome of Mature Tomato Pollen
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] We established and elaborated on a method to enrich the membrane proteome of mature pollen from economically relevant crop using the example of Solanum lycopersicum (tomato). To isolate the pollen protein fraction enriched in membrane proteins, a high salt concentration (750 mM of sodium chloride) was used. The membrane protein-enriched fraction was then subjected to shotgun proteomics for identification of proteins, followed by in silico analysis to annotate and classify the detected proteins.
[摘要] 我们建立并阐述了利用番茄茄子（番茄）的例子丰富经济相关作物的成熟花粉膜蛋白质组的方法。为了分离富含膜蛋白质的花粉蛋白质级分，使用高盐浓度（750mM氯化钠）。然后将富含膜蛋白的级分进行霰弹枪蛋白质组学鉴定蛋白质，然后进行计算机分析，以对所检测的蛋白质进行注释和分类。
背景 由于蛋白质和溶质在不同细胞区室之间的适当分布或将新合成的蛋白质插入膜中很大程度上取决于膜蛋白质，所以膜蛋白质组是维持细胞和细胞器内稳态的核心（Paul等人 2013，2014和2016a）。考虑到膜蛋白的重要性，这些对于花粉功能和发育也是至关重要的（Paul等人，2016b）。许多全球花粉蛋白质组学研究已经在过去进行（Chaturvedi等人，2013和2016）;然而，很少讨论关于蛋白质的胞内分布和膜蛋白质组学在花粉中的组成的信息（Pertl et al。，2009）。一个原因可能是膜蛋白的低丰度和溶解度。在这里，我们描述了一种方法，用于分离和分析富含成熟花粉的膜蛋白的蛋白质级分，这是为番茄建立的（图1）。
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| Nuclei Isolation from Nematode Ascaris
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] Preparing nuclei is necessary in a variety of experimental paradigms to study nuclear processes. In this protocol, we describe a method for rapid preparation of large number of relatively pure nuclei from Ascaris embryos or tissues that are ready to be used for further experiments such as chromatin isolation and ChIP-seq, nuclear RNA analyses, or preparation of nuclear extracts (Kang et al., 2016; Wang et al., 2016).
[摘要] 在各种实验范例中准备核是必要的，以研究核过程。在本协议中，我们描述了一种从准备用于进一步实验（如染色质分离和ChIP-seq，核RNA）的蛔虫胚胎或组织快速制备大量相对纯的核的方法分析或准备核提取物（Kang等人，2016; Wang等人，2016）。
背景 核分离通常是研究核事件的分子和生物化学方面的第一步。已经开发了几种方法来分离来自不同组织和细胞类型的细胞核。然而，除了C以外的线虫的细胞核分离方案很少。已经描述了线索，（Ooi等人，2010; Zanin等人，2011; Haenni等人，2012， ）。已经使用寄生线虫蛔虫的胚胎来制备用于体外无细胞系统的各种提取物（Cohen等人，2004） ; Lall等人，2004）。然而，这些提取物通常是全细胞提取物。在这里，我们描述了从线虫蛔虫制备细胞核的方法。
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| Electroporation of Embryonic Chick Eyes
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Author:
Date:
2015-06-20
[Abstract] The chick embryo has prevailed as one of the major models to study developmental biology, cell biology and regeneration. From all the anatomical features of the chick embryo, the eye is one of the most studied. In the chick embryo, the eye develops between 26 and 33 h after incubation (Stages 8-9, Hamburger and Hamilton, 1951). It originates from the posterior region of the forebrain, called the diencephalon. However, the vertebrate eye includes tissues from different origins including surface ectoderm (lens and cornea), anterior neural plate (retina, iris, ciliary body and retinal pigmented epithelium) and neural crest/head mesoderm (stroma of the iris and of the ciliary body as well as choroid, sclera and part of the cornea). After gastrulation, a single eye field originates from the ...
[摘要] 鸡胚已成为研究发育生物学，细胞生物学和再生的主要模型之一。从鸡胚的所有解剖特征，眼睛是研究最多的之一。在鸡胚中，眼睛在孵育后26和33小时之间发育（阶段8-9，Hamburger和Hamilton，1951）。它起源于前脑的后部区域，称为间脑。然而，脊椎动物眼睛包括来自不同起源的组织，包括表面外胚层（晶状体和角膜），前神经板（视网膜，虹膜，睫状体和视网膜色素上皮）和神经嵴/头中胚层（虹膜和睫状体的基质以及脉络膜，巩膜和角膜的一部分）。在预处理后，单个眼视野源自前神经板，并且其特征在于协调眼部发育程序的眼场转录因子（EFTF）的表达。在后来的发展中，眼球分成两部分和视囊泡形式。在与透镜阵列几次感应相互作用之后，形成视杯。在阶段14-15，视杯的外层变成视网膜色素上皮（RPE），而内层形成最终分化成视网膜的神经上皮。鸡胚的一个主要优点是进行实验以过表达或下调基因表达在一个地方和时间特异性方式来探索基因功能和调节的可能性。这个协议的目的是描述电穿孔技术在阶段8-12（前神经折叠和光囊泡阶段）和阶段19-26（眼杯，RPE和神经上皮）。我们提供设备，材料和电极设置的完整描述，以及高度可重现的协议的详细描述，包括一些有代表性的结果。该协议已经从我们以前的出版物Luz-Madrigal等人（2014）和Zhu等人（2014）中改编而来。
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