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Glycerol

甘油

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: G5516
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In vitro Enzymatic Assays of Histone Decrotonylation on Recombinant Histones
Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract]  Class I histone deacetylases (HDACs) are efficient histone decrotonylases, broadening the enzymatic spectrum of these important (epi-)genome regulators and drug targets. Here, we describe an in vitro approach to assaying class I HDACs with different acyl-histone substrates, including crotonylated histones and expand this to examine the effect of inhibitors and estimate kinetic constants. [摘要]  I类组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是有效的组蛋白去蛋白酶,拓宽了这些重要(epi-)基因组调节因子和药物靶标的酶谱。 在这里,我们描述了一种体外方法来测定具有不同酰基 - 组蛋白底物的I类HDAC,包括巴豆酰化组蛋白,并将其扩展以检查抑制剂的作用并估计动力学常数。

【背景】组蛋白的翻译后修饰是基因组调控的重要方面,包括基因表达(例如参见Pengelly et al。,2013;在Castillo 等人中综述,2017)。组蛋白修饰改变染色质结构和/或调节蛋白质的结合,例如核小体重塑因子(在Bannister和Kouzarides,2011中综述)。大多数组蛋白修饰是可逆的并且可以酶促去除。例如,通过组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)除去组蛋白乙酰化,其中存在几类。近年来,新的组蛋白赖氨酸酰化,包括琥珀酰化,丙酰化,丁酰化,羟基丁基化和巴豆酰化已成为规范组蛋白乙酰化的新替代物,并且已经证实了许多这些新发现的组蛋白修饰的功能相关性(Sabari 等人,2017)。特别是,组蛋白巴豆酰化与活性基因表达有关,并被认为受细胞代谢状态的影响(Sabari et al。,2015; Fellows et al。 ,2018年)。最近已显示I类组蛋白脱乙酰酶也有效地去除组蛋白质(Wei et al。,2017; Fellows et al。,2018)。
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Bacterial Microcolonies in Gel Beads for High-throughput Screening
Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract]  High-throughput screening of a DNA library expressed in a bacterial population for identifying potentially rare members displaying a property of interest is a crucial step for success in many experiments such as directed evolution of proteins and synthetic circuits and deep mutational scanning to identify gain- or loss-of-function mutants.

Here, I describe a protocol for high-throughput screening of bacterial (E. coli) microcolonies in gel beads. Single cells are encapsulated into monodisperse water-in-oil emulsion droplets produced with a microfluidic device. The aqueous solution also contains agarose that gelates upon cooling on ice, so that solid gel beads form inside the droplets. During incubation of the emulsion, the cells grow into monoclonal microcolonies ...
[摘要]  在细菌群体中表达的DNA文库的高通量筛选用于鉴定显示感兴趣性质的潜在稀有成员是在许多实验中成功的关键步骤,例如蛋白质和合成回路的定向进化以及用于鉴定增益的深度突变扫描 - 或功能丧失的突变体。

在这里,我描述了一种用于高通量筛选凝胶珠中细菌(大肠杆菌)微菌落的方案。将单细胞包封成用微流体装置产生的单分散油包水乳液液滴。水溶液还含有琼脂糖,其在冰上冷却时凝胶化,从而在液滴内部形成固体凝胶珠。在乳液温育期间,细胞在珠内生长成单克隆微菌落。在从乳液中分离凝胶珠并通过荧光激活细胞分选(FACS)分选后,从凝胶珠中回收细菌,然后准备进行进一步的分选,诱变或分析。为了通过FACS分类,该方案需要荧光读数,例如荧光报告蛋白的表达。测量微小菌落的平均荧光信号降低了高表型细胞间变异性的影响,并且与单细胞分选相比提高了灵敏度。我们应用这种方法在ON和OFF状态下对pBAD启动子文库进行分类(Duarte et al。,2017)。

【背景】荧光激活细胞分选(FACS)具有> 10 7 事件/ h的无与伦比的筛选通量(Davies,2012)。然而,通过FACS根据其荧光分选单个细胞以筛选合成回路的文库(Schaerli和Isalan,2013)经常受到高表型细胞间变异性的阻碍。或者,可以对水凝胶珠中所含的小细胞集落(微集落)进行分类(Weaver ...

ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract]  Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (hereafter Synechocystis). This protocol can be extended to analyze any DNA-binding protein in cyanobacteria for which suitable antibodies ... [摘要]  氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中,一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解,但其控制下的基因集(即它的调节子)仍然没有很好的定义。 在该协议中,我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程,随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析(ChIP-seq)。 PCC 6803(以下简称<集气囊)。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。

【背景】为了维持体内平衡,细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子(TF)控制的,这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而,反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围,我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近,染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是,ChIP-seq使用下一代测序(NGS)的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比,ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制,并且可以研究整个基因组的TF结合位点。

在蓝细菌中,氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA,属于CRP(cAMP受体蛋白)家族的TF(Herrero等人,2001)。在集胞蓝细菌中,NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...

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