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Dimethyl sulfoxide

二甲亚砜(DMSO)

Company: Sigma-Aldrich
Catalog#: D8418
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Company-protocol()
Other protocol()

Coupling Exonuclease Digestion with Selective Chemical Labeling for Base-resolution Mapping of 5-Hydroxymethylcytosine in Genomic DNA
Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract]  This protocol is designed to obtain base-resolution information on the level of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) in CpGs without the need for bisulfite modification. It relies on (i) the capture of hydroxymethylated sequences by a procedure known as ‘selective chemical labeling’ (see Szulwach et al., 2012) and (ii) the digestion of the captured DNA by exonucleases. After Illumina sequencing of the digested DNA fragments, an ad hoc bioinformatic pipeline extracts the information for further downstream analysis. [摘要]  该协议旨在获得CpGs中5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)水平的碱基分辨率信息,而无需亚硫酸氢盐修饰。 它依赖于(i)通过称为“选择性化学标记”(参见Szulwach等人,2012)的方法捕获羟甲基化序列和(ii)通过外切核酸酶消化捕获的DNA。 在消化的DNA片段的Illumina测序之后,特设的生物信息学管道提取信息用于进一步的下游分析。

【背景】基因组DNA中胞嘧啶的甲基化可以被蛋白质读取,并且主要被翻译成基因沉默。基因组中的大多数CpG二核苷酸是甲基化的,包括位于基因调控区如增强子的那些。然而,当需要时,这些CpG可以通过Ten Eleven Translocation(TET)酶将甲基氧化并且通过碱基切除修复系统用未甲基化的胞嘧啶置换来去甲基化。 5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)是5-甲基胞嘧啶的第一个氧化衍生物,并且在基因组中绘制该修饰的碱基提供了关于正在进行活性去甲基化的区域的信息。尽管选择性化学标记(SCL)可以非常特异地检测5hmC,但该技术的分辨率受DNA片段大小的限制,特别是当捕获的DNA中存在多个CpG时。为了提高分辨率,我们引入了使用外切核酸酶的消化步骤,所述核酸外切酶将DNA分子修剪成靠近羟甲基化的胞嘧啶(Sérandour et。,2016)。然后对测序读数进行适当的生物信息学处理,然后将羟甲基化评分赋予捕获的CpG。

In vivo Analysis of Cyclic di-GMP Cyclase and Phosphodiesterase Activity in Escherichia coli Using a Vc2 Riboswitch-based Assay
Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract]  Cyclic di-guanosine monophosphate (c-di-GMP) is a ubiquitous second messenger that regulates distinct aspects of bacterial physiology. It is synthesized by diguanylate cyclases (DGCs) and hydrolyzed by phosphodiesterases (PDEs). To date, the activities of DGC and PDE are commonly assessed by phenotypic assays, mass spectrometry analysis of intracellular c-di-GMP concentration, or riboswitch-based fluorescent biosensors. However, some of these methods require cutting-edge equipment, which might not be available in every laboratory. Here, we report a new simple, convenient and cost-effective system to assess the function of DGCs and PDEs in E. coli. This system utilizes the high specificity of a riboswitch to c-di-GMP and its ability to regulate the expression of a downstream ... [摘要]  环状二磷酸鸟苷(c-di-GMP)是一种无处不在的第二信使,它调节细菌生理学的不同方面。 它由diguanylate环化酶(DGC)合成并被磷酸二酯酶(PDE)水解。 迄今为止,通常通过表型分析,细胞内c-di-GMP浓度的质谱分析或基于核糖开关的荧光生物传感器来评估DGC和PDE的活性。 但是,其中一些方法需要尖端设备,而这些设备可能不适用于每个实验室。 在这里,我们报告了一个新的简单,方便和具有成本效益的系统,用于评估E中DGC和PDE的功能。大肠杆菌。 该系统利用核糖开关对c-di-GMP的高特异性及其响应于c-di-GMP浓度而调节下游β-半乳糖苷酶报道基因的表达的能力。 在该协议中,我们描述了该系统的构建及其用于评估DGC和PDE酶的活性。

【背景】Cyclic-di-GMP是细菌中重要且无处不在的第二信使,其调节各种过程,例如运动到衰退转变,生物膜形成,毒力和细胞周期进展(Römling等人, ,2013)。 GG(D / ...

Registration and Alignment Between in vivo Functional and Cytoarchitectonic Maps of Mouse Visual Cortex
Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract]  This protocol describes a method for registration of in vivo cortical retinotopic map with cytochrome c oxidase (CO) labeled architectonic maps of the same mouse brain through the alignment of vascular fiducials. By recording surface blood vessel pattern and sequential alignment at each step, this method overcomes the challenge imposed by tissue distortion during perfusion, mounting, sectioning and histology procedures. This method can also be generalized to register and align other types of in vivo functional maps like ocular dominance map and spatial/temporal frequency tuning map with various anatomical maps of mouse cortex. [摘要]  该协议描述了通过血管基准点的对齐使用细胞色素c氧化酶(CO)标记的相同小鼠脑的构建图来注册体内皮质视网膜地图的方法。 通过记录每个步骤的表面血管图案和顺序对准,该方法克服了在灌注,贴壁,切片和组织学程序期间由组织变形所施加的挑战。 这种方法也可以推广到注册和对齐其他类型的体内功能地图,如眼优势地图和空间/时间频率调整地图与小鼠皮层的各种解剖图。

【背景】通过体内视网膜映射(Marshel等人,2011; Garrett等人,),可以将小鼠视觉皮层分隔成功能上不同的视觉区域。 (Olavarria and Montero,1989; Wang and Burkhalter,2007),或者通过建筑结构辅助的神经元追踪技术,这些不同的视觉区域具有不同的响应特性和皮质皮质连接(Andermann等人,2011; Marshel等人,2011; Roth等人, >,2012; Wang等人,2011和2012)。这些结果表明,鼠标视觉区域形成处理不同类型的视觉信息的分离的视觉流(Murakami等人,2017; Smith等人,2017)。在视觉区域地图的背景下研究鼠标视觉系统对于理解视觉皮层的组织是至关重要的。然而,虽然功能图和结构图大致相似,但是这两幅图显示的并不完美(Zhuang et ...

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