| In planta Transcriptome Analysis of Pseudomonas syringae
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Profiling bacterial transcriptome in planta is challenging due to the low abundance of bacterial RNA in infected plant tissues. Here, we describe a protocol to profile transcriptome of a foliar bacterial pathogen, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, in the leaves of Arabidopsis thaliana at an early stage of infection using RNA sequencing (RNA-Seq). Bacterial cells are first physically isolated from infected leaves, followed by RNA extraction, plant rRNA depletion, cDNA library synthesis, and RNA-Seq. This protocol is likely applicable not only to the A. thaliana–P. syringae pathosystem but also to different plant-bacterial combinations.
[摘要] 由于受感染植物组织中细菌RNA的丰度低，因此在植物中分析细菌转录组具有挑战性。 在这里，我们描述了一个描述叶子细菌病原体转录组的协议， Pseudomonas syringae pv。 番茄 DC3000，在感染早期的拟南芥叶中使用RNA测序（RNA-Seq）。 首先从感染的叶子中物理分离细菌细胞，然后进行RNA提取，植物rRNA消耗，cDNA文库合成和RNA-Seq。 该协议不仅适用于 A.拟南芥-P。 syringae 病理系统，但也适用于不同的植物 - 细菌组合。
【背景】植物已经进化出先天免疫系统以抵御病原体攻击。在过去的几十年中，已经深入研究了病原体识别和免疫信号传导途径的分子机制。然而，植物免疫如何影响病原体代谢以抑制病原体生长几乎不被理解，因为在植物中分析病原体反应很困难。在细菌病原体的情况下，植物叶内的转录组分析很难研究，因为细菌mRNA的量远低于植物的数量;由于植物中细菌的人口密度低，在感染的早期阶段尤其具有挑战性。为克服这一局限性，我们建立了一种从感染的植物叶片中分离细菌并用RNA-Seq分析细菌转录组的方法。该方法已成功用于分析模型细菌病原体 Pseudomonas syringae pv的转录组。 番茄 DC3000在模式植物 Arabidopsis thaliana 中的各种条件下（Nobori et al。，2018）. ...
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| Porous Scaffold Seeding and Chondrogenic Differentiation of BMSC-seeded Scaffolds
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Author:
Date:
2015-12-20
[Abstract] Bone marrow-derived mesenchymal stromal stem cells (BMSCs) are a promising cell source for treating articular cartilage defects (Bornes et al., 2014). BMSCs can be seeded within porous biomaterial scaffolds that support three-dimensional cell organization, chondrogenic differentiation and extracellular matrix deposition for the creation of engineered cartilage. This protocol describes our defined methods for isolation and expansion of human and ovine BMSCs, seeding of BMSCs within porous scaffolds and in vitro chondrogenic differentiation (Adesida et al., 2012; Bornes et al., 2015).
[摘要] 骨髓来源的间充质干细胞（BMSCs）是治疗关节软骨缺陷的有希望的细胞来源（Bornes等人，2014）。 BMSCs可以种植在支持三维细胞组织，软骨形成分化和细胞外基质沉积的多孔生物材料支架中，用于创建工程化软骨。 该方案描述了我们定义的用于分离和扩增人和绵羊BMSCs，在多孔支架内接种BMSCs和在体外软骨形成分化的方法（Adesida等人，2012; Bornes et al。，2015）。
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