| Adapting the Smart-seq2 Protocol for Robust Single Worm RNA-seq
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Author:
Date:
2018-02-20
[Abstract] Most nematodes are small worms that lack enough RNA for regular RNA-seq protocols without pooling hundred to thousand of individuals. We have adapted the Smart-seq2 protocol in order to sequence the transcriptome of an individual worm. While developed for individual Steinernema carpocapsae and Caenorhabditis elegans larvae as well as embryos, the protocol should be adaptable for other nematode species and small invertebrates. In addition, we describe how to analyze the RNA-seq results using the Galaxy online environment. We expect that this method will be useful for the studying gene expression variances of individual nematodes in wild type and mutant backgrounds.
[摘要] 大多数线虫是小蠕虫，缺乏足够的RNA用于常规的RNA-seq协议，而没有汇集成千上万的个体。 我们已经调整了Smart-seq2协议来排序单个蠕虫的转录组。 虽然针对Steinernema carpocapsae和Caenorhabditis elegans幼虫以及胚胎开发，但该方案应该适用于其他线虫物种和小无脊椎动物。 另外，我们介绍如何使用Galaxy在线环境分析RNA-seq结果。 我们预计这种方法将有助于研究野生型和突变体背景个体线虫的基因表达差异。
【背景】低输入RNA-seq方案和扩增试剂盒，例如Smart-seq（Takara Bio，USA，Inc）和SuperAmp（Miltenyl Biotec，Inc），已经越来越多地开发和商业化，作为对低输入RNA-基于小组织，单一微生物和单细胞的seq研究。这些研究经常探索并解决特定群体（例如细胞群体，复杂组织或微生物群体）的个体中的异源基因表达。针对微生物（如线虫）的低输入RNA-seq方案的改进和适应将通过允许在单一线虫水平上分析基因表达异质性而极大地有益于线虫领域。在这里，我们已经调整了单细胞RNA-seq方案Smart-seq2（Picelli等人，2013和2014; Trombetta等人，2014），对于单线虫RNA测序。我们成功地在昆虫寄生线虫Steinernema ...
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| Expression and Analysis of Flow-regulated Ion Channels in Xenopus Oocytes
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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] Mechanically-gated ion channels play key roles in mechanotransduction, a process that translates physical forces into biological signals. Epithelial and endothelial cells are exposed to laminar shear stress (LSS), a tangential force exerted by flowing fluids against the wall of vessels and epithelia. The protocol outlined herein has been used to examine the response of ion channels expressed in Xenopus oocytes to LSS (Hoger et al., 2002; Carattino et al., 2004; Shi et al., 2006). The Xenopus oocyte is a reliable system that allows for the expression and chemical modification of ion channels and regulatory proteins (George et al., 1989; Palmer et al., 1990; Sheng et al., 2001; Carattino et al., 2003). ...
[摘要] 机械门控离子通道在机械传导中起关键作用，这是将物理力量转化为生物信号的过程。 上皮细胞和内皮细胞暴露于层流剪切应力（LSS），这是通过流体流向血管壁和上皮细胞壁所施加的切向力。 本文概述的方案已用于检查在非洲爪蟾卵母细胞中表达的离子通道对LSS的反应（Hoger等，2002; Carattino等，2004; Shi等，2006）。 非洲爪蟾卵母细胞是允许离子通道和调节蛋白的表达和化学修饰的可靠系统（George等，1989; Palmer等，1990; Sheng等，2001; Carattino等，2003）。 因此，该技术适用于研究允许流激活通道响应LSS的分子机制。
【背景】排列血管的泌尿道和内皮细胞的上皮细胞经受移动流体引起的机械力。这些力是层流剪切应力（LSS），与管状结构壁相切的摩擦力，以及垂直于流动方向的周向拉伸。令人信服的证据表明，LSS是响应肾和血管管状结构的流动变化而观察到的生理反应的主要决定因素（Satlin等，2001; Liu等，2003; Weinbaum等，2010） 。在这些设置中，离子通道具有将流体剪切应力传递到生物信号中的重要作用（Ranade等，2015）。例如，在肾的远端肾单位中，Na +再吸收和K ...
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| Physical Removal of the Midbody Remnant from Polarised Epithelial Cells Using Take-Up by Suction Pressure (TUSP)
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Author:
Date:
2017-04-20
[Abstract] In polarised epithelial cells the midbody forms at the apical cell surface during cytokinesis. Once severed, the midbody is inherited by one of the daughter cells remaining tethered to the apical plasma membrane where it participates in non-cytokinetic processes, such as primary ciliogenesis. Here, we describe a novel method to physically remove the midbody remnant from cells and assess the possible effects caused by its loss (Bernabé-Rubio et al., 2016).
[摘要] 在极化上皮细胞中，胞质在细胞分裂过程中在顶端细胞表面形成。 一旦切断，中间体被遗留于其中参与非细胞运动过程（例如初级细胞发生）的顶端质膜的其中一个子细胞遗传。 在这里，我们描述了一种从细胞中物理去除中间体残留物并评估其损失所引起的可能影响的新方法（Bernabé-Rubio et al。，2016）。
【背景】中间体或Flemming体是在有丝分裂的最后阶段在子细胞之间形成的细胞间桥的中心部分。通过运输（ESCRT）机器所需的内体分选复合体，桥梁两侧的脱落导致两个子细胞的物理分离（Green等，2012）。除了其在有丝分裂调节中的已知功能外，最近的研究已经开始阐明中间体后有丝分裂后的作用。由于其在肾细胞中腔内形成的启动中的作用，中间体被假定为极性提示（Li等，2014）。最近，已经证明，中间体残留物通过极化的Madin-Darby犬肾（MDCK）细胞（Bernabé-Rubio等，2016）直接参与初级细胞发生。还发现在秀丽隐杆线虫（Singh and Pohl，2014）的发展过程中以及在确定细胞命运和分化过程中，形成背轴的作用（Kuo et al。，2011）。以前的研究使用激光消融来损害中间体残留的功能。然而，当在培养的细胞系中进行时，由于质膜和近端胞质元件的损伤，激光烧蚀可导致细胞死亡。因此，我们设计了一个温和的程序，我们称之为“抽吸压力”（TUSP）。 ...
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