| Isolation of Thylakoid Membranes from the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 and Analysis of Their Photosynthetic Pigment-protein Complexes by Clear Native-PAGE
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Author:
Date:
2019-01-05
[Abstract] Cyanobacteria represent a frequently used model organism for the study of oxygenic photosynthesis. They belong to prokaryotic microorganisms but their photosynthetic apparatus is quite similar to that found in algal and plant chloroplasts. The key players in light reactions of photosynthesis are Photosystem I and Photosystem II complexes (PSI and PSII, resp.), large membrane complexes of proteins, pigments and other cofactors embedded in specialized photosynthetic membranes named thylakoids. For the study of these complexes a mild method for the isolation of the thylakoids, their subsequent solubilization and analysis is essential. The presented protocol describes such a method which utilizes breaking the cyanobacterial cells using glass beads in an optimized buffer. This is followed by ...
[摘要] 蓝藻代表了一种常用的模型生物，用于研究含氧光合作用。它们属于原核微生物，但它们的光合机构与藻类和植物叶绿体中的光合机构非常相似。光合作用光响应的主要参与者是光系统I和光系统II复合物（PSI和PSII，分别是），蛋白质，色素和其他辅因子的大型膜复合物，嵌入在称为类囊体的特化光合膜中。对于这些复合物的研究，一种温和的分离类囊体的方法，随后的溶解和分析是必不可少的。所提出的方案描述了这样一种方法，该方法利用在优化的缓冲液中使用玻璃珠破坏蓝细菌细胞。然后使用十二烷基 - 麦芽糖苷进行溶解并使用优化的透明 - 天然凝胶电泳进行分析，其保留两种复合物的天然寡聚化状态并允许估计其含量。
【背景】类囊体是藻类和植物叶绿体和蓝细菌的特殊膜。类囊体脂质双层与原核细菌膜具有特征性特征，但它富含糖脂，即半乳糖脂，而酸性脂质的水平相对较低，并且不超过总脂质含量的20％。类囊体含有大量蛋白质及其复合物，其中超过40％参与光合作用的光依赖性反应。第二大功能组包括参与蛋白质靶向，加工和折叠，氧化应激反应和翻译的蛋白质。类囊体内最完整的膜蛋白形成大蛋白质复合物，其在光的收获及其光化学转化中起重要作用。执行此转换的关键复合体是PSI和PSII。它们都进行光驱动的初级电荷分离，导致类囊体相关的电子流减少NADP + ...
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| Retroviral Capsid Core Stability Assay
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Structural stability of the capsid core is a critical parameter for the productive infection of a cell by a retrovirus. Compromised stability can lead to premature core disassembly, exposure of replication intermediates to cytosolic nucleic acid sensors that can trigger innate antiviral responses, and failure to integrate the proviral genome into the host DNA. Thus, core stability is a critical feature of viral replicative fitness. While there are several well-described techniques to assess viral capsid core stability, most are generally time and labor intensive. Recently, our group compared the relative stability of murine leukemia virus capsid cores using an in vitro detergent-based approach combined with ultracentrifugation against the popular fate of capsid assay. We found ...
[摘要] 衣壳核心的结构稳定性是逆转录病毒对细胞的生产性感染的关键参数。受损的稳定性可导致核心过早解体，将复制中间体暴露于细胞溶质核酸传感器，其可触发先天的抗病毒反应，并且不能将原病毒基因组整合到宿主DNA中。因此，核心稳定性是病毒复制适应性的关键特征。虽然有几种充分描述的技术来评估病毒衣壳核心稳定性，但大多数通常是时间和劳动密集型的。最近，我们小组使用基于体外洗涤剂的方法结合超速离心法对衣壳测定的流行命运比较了鼠白血病病毒衣壳核心的相对稳定性。我们发现两种方法都得出了类似的结论，尽管第一种方法是比较显示核心稳定性差异的病毒突变体时评估相对衣壳核心稳定性的一种非常简单和快速的方法。
【背景】逆转录病毒已经进化出复制周期，在规避宿主抗病毒反应方面表现优异。逆转录病毒开发的一种策略是将其复制中间体与胞质核酸传感器如cGAS，TREX1，IFI203和DDX41屏蔽起来（Yan et al。，2010; Gao et al。，2013; Lahaye et al。，2013; Stavrou et al。，2015）。在复制过程中，逆转录病毒在细胞质中产生RNA-DNA杂合体和未甲基化的双链前病毒DNA，这是先天免疫传感器的常见靶标（Yan et al。，2010; Gao et al。，2013; Lahaye et ...
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| Structural Analysis of Target Protein by Substituted Cysteine Accessibility Method
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Substituted Cysteine Accessibility Method (SCAM) is a biochemical approach to investigate the water accessibility or the spatial distance of particular cysteine residues substituted in the target protein. Protein topology and structure can be annotated by labeling with methanethiosulfonate reagents that specifically react with the cysteine residues facing the hydrophilic environment, even within the transmembrane domain. Cysteine crosslinking experiments provide us with information about the distance between two cysteine residues. The combination of these methods enables us to obtain information about the structural changes of the target protein. Here, we describe the detailed protocol for structural analysis using SCAM.
[摘要] 取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生物化学方法，用于研究目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性或空间距离。蛋白质拓扑和结构可以通过用甲硫代磺酸盐试剂标记来注释，所述甲硫基磺酸盐试剂特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应，甚至在跨膜结构域内。半胱氨酸交联实验为我们提供了关于两个半胱氨酸残基之间距离的信息。这些方法的组合使我们能够获得有关靶蛋白结构变化的信息。在这里，我们描述了使用SCAM进行结构分析的详细协议。
【背景】结构分析提供了关于靶蛋白功能的关键信息。 X射线晶体学和核磁共振已被用作生物学领域中的高分辨率蛋白质结构分析方法。然而，这些方法需要以非常高的浓度从膜中提取的纯化蛋白质用于膜蛋白的结构分析。取代半胱氨酸可及性方法（SCAM）是一种生化方法，用于分析目标蛋白中取代的特定半胱氨酸残基的水可及性和空间距离。使用特异性地与面向亲水环境的半胱氨酸残基反应的甲硫代磺酸盐（MTS）试剂，我们可以注释目标蛋白的拓扑结构和结构。由于标记试剂 N - 生物素氨基乙基甲硫基磺酸盐（MTSEA-生物素）对质膜是不可渗透的（Seal et ...
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