| Defined Mutant Library Sequencing (DML-Seq) for Identification of Conditional Essential Genes
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] Transposon insertion sequencing (TIS) is an emerging technique which utilizes a massive transposon mutant library to screen specific phenotype and determine the conditional essential genetic requirements for bacterial fitness under distinct conditions combined with high-throughput parallel sequencing technology. Compared with a massive mutant library in traditional TIS, the defined mutant library sequencing (DML-Seq) has advantages as: 1) efficient mutagenesis; 2) low bottleneck effects; 3) avoid hotpots caused by screening; 4) can be directly used in the following experiments. Here, we described an optimized procedure of DML-Seq for fitness screen to supply classical TIS using the marine pathogenic bacterium Edwardsiella piscicida as an example.
[摘要] [摘要]转座子插入测序（TIS）是一项新兴技术，它利用大量的转座子突变体文库筛选特定表型，并结合高通量并行测序技术，在不同条件下确定细菌适应性的条件性基本遗传要求。与传统TIS中的大规模突变文库相比，已定义的突变文库测序（DML-Seq）具有以下优势：1）高效诱变；2）瓶颈效应低；3）避免因筛选引起的火锅；4）可直接用于以下实验。在这里，我们描述DML-SEQ的优化过程进行健身屏幕使用海洋致病菌提供古典TIS爱德华piscicida作为一个例子。
[背景]转座子插入诱变与下一代测序（NGS）结合已被证明是在多种条件下研究基因功能的有效方法（Chao等，2016； Price等，2018）。通常，TIS分析由转座子插入位点的大规模平行测序和大量插入事件的统计分析组成。
基于TIS的筛选可以在多种条件下基于高度饱和的转座子突变体文库的细菌适应性，提供单个基因座和域的适应性贡献的高分辨率图（Chao等，2016）。每个位点的插入频率或相应突变体的相对丰度通常与施加选择性压力（例如宿主和抗生素施加的压力）后与基因座对适应性的贡献成反比（Chao等人，2016）。这种方法的原理是多种相关方法的基础，包括TIS，转座子测序（TnSeq ），插入测序（INSeq ），转座子定向插入位点测序（TraDIS ...
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| Efficient Transient Gene Knock-down in Tobacco Plants Using Carbon Nanocarriers
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Author:
Date:
2021-01-05
[Abstract] Gene knock-down in plants is a useful approach to study genotype-phenotype relationships, render disease resistance to crops, and enable efficient biosynthesis of molecules in plants. Small interfering RNA (siRNA)-mediated gene silencing is one of the most common ways to achieve gene knock-down in plants. Traditionally, siRNA is delivered into intact plant cells by coding the siRNA sequences into DNA vectors, which are then delivered through viral and/or bacterial methods. In this protocol, we provide an alternative direct delivery method of siRNA molecules into intact plant cells for efficient transient gene knock-down in model tobacco plant, Nicotiana benthamiana, leaves. Our approach uses one dimensional carbon-based nanomaterials, single-walled carbon nanotubes (SWNTs), to ...
[摘要] [摘要]植物基因敲低是研究基因型与表型关系，提高作物对病害的抵抗力以及实现植物分子高效生物合成的有用方法。小干扰RNA（siRNA）介导的基因沉默是在植物中实现基因敲低的最常见方法之一。传统上，通过将siRNA序列编码到DNA载体中，将siRNA传递到完整的植物细胞中，然后通过病毒和/或细菌方法传递。在这个协议中，我们提供的siRNA分子的替代直接递送方法为完整的植物细胞的高效瞬时根Ë击倒在模型的烟草植物，烟草本塞姆氏烟草，叶子。我们的方法使用一维碳基纳米材料，单壁碳纳米管（SWNTs）来传递siRNA，而不依赖于病毒/细菌的传递。我们方法的独特优势在于：i ）不需要对siRNA序列进行DNA编码； ii）与非生物方法相比，这种非生物方法可在更广泛的植物物种中起作用，并且iii）使用非生物递送时，调节并发症更少方法，其中基因沉默是瞬时的，而无需对植物基因组进行永久性修饰。
图形摘要：
图形抽象标题
[背景技术[ 0002 ]在1990年代初，植物研究人员研究矮牵牛花的着色发现了通过RNA干扰（RNAi）引起的基因沉默（Van der ...
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| Antifungal and Zearalenone Inhibitory Activity of Ocimum sanctum L. Essential Oil on Fusarium graminearum Determined by UHPLC and RT-qPCR
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Author:
Date:
2016-08-05
[Abstract] Fusarium graminearum has been given special attention in the context of agricultural commodities due to its ability to grow in diverse climatic conditions, and to produce different mycotoxins including zearalenone (ZEA) and type-B trichothecenes, which cause ill health effects on humans, animals and plants. The application of synthetic antifungal agents for the control of F. graminearum result in negative health impacts in livestock and humans and the upsurge of resistant organisms as well. Therefore, there is a need to propose proper food grain management practices, including the application of herbal antifungal and mycotoxin controlling agents, to reduce the growth of toxigenic F. graminearum as well as the production of ZEA in agricultural commodities. Ocimum ...
[摘要] 由于其在多种气候条件下生长的能力，并且产生不同的真菌毒素，包括玉米赤霉烯酮（ZEA）和B型单端孢霉烯，因此在农业商品的背景下已经特别关注禾谷镰刀菌对人类，动物和植物的健康影响。合成抗真菌剂用于控制F的应用。禾谷镰菌对家畜和人类的健康造成负面影响，以及抗性生物体的高涨。因此，需要提出适当的食物谷物管理实践，包括应用草本抗真菌剂和真菌毒素控制剂以减少产毒的F的生长。禾谷镰菌以及在农产品中生产ZEA。 罗勒属圣地也被称为圣罗勒或图尔西被广泛用作阿育吠陀的药用植物。目前的协议表明量化em的抗真菌活性。圣地牙本香精油（OSEO），如由降低的F所反映的。禾谷镰刀菌生长和ZEA生产。 OSEO的抗真菌活性通过微孔稀释法进行，并通过扫描电子显微镜方法定量进一步验证。通过定量逆转录PCR（RT-qPCR）和超高效液相色谱（UHPLC）方法从F的肉汤培养物分析OSEO对ZEA产生的影响。禾本科。 OSEO的抗真菌毒性功效直接在F上评估。禾谷镰菌接种的玉米谷物。该方案有效地评估OSEO作为抗真菌侵袭和ZE生产的草药拮抗剂的活性。禾本科。该方案可用于测试多种草药化合物对抗F的抗真菌活性。禾谷镰刀菌或对其他霉菌毒素真菌进行修饰，这是对食品安全和加工工业的重要干预，其中真菌侵染是主要关注的问题。
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