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Author:
Date:
2018-03-05
[Abstract] Here we describe a method to test bacterial adhesion to paraffin embedded tissue sections. This method allows examining binding of different bacterial strains, transfected with a fluorescent protein reporter plasmid to various tissues, to better understand different mechanisms such as colonization. This assay provides a more physiological context to bacterial binding, than would have been achieved using adhesion assays to cell lines. The sections can be imaged using fluorescent microscopy and adhesion of various bacterial strains can be quantified and tested, simultaneously.
[摘要] 在这里我们介绍一种方法来测试石蜡包埋组织切片的细菌粘附。 该方法允许检查用荧光蛋白报道质粒转染的不同细菌菌株与各种组织的结合，以更好地理解不同的机制，例如定殖。 该测定为细菌结合提供了更多的生理学背景，比使用细胞系的粘附测定法已经实现的更多。 可以使用荧光显微镜对切片进行成像，并且可以同时量化和测试各种细菌菌株的粘附。
【背景】许多类型的细菌（共生的和致病的）表达各种粘附分子，允许它们结合到宿主的不同表面（Gur等人，2015; Abed等人 ，2016年;艾萨克森等人，2017年）。这种粘附是至关重要的，因为它是殖民化的第一步，并在不同的环境中在竞争和生存中发挥作用（Schilling et al。，2001）。这些粘附素中的许多是凝集素，在各种细胞上的糖蛋白上的结合糖部分，如上皮细胞和其他细胞（Abed等人，2016; Isaacson等人 ，2016）。多年来，许多研究宿主 - 病原体相互作用的小组使用细胞系和组织培养来试图了解细菌对细胞的粘附。组织切片为定植研究提供了更多的生理学背景，因为它们提供了使用体外组织培养几乎不可能获得的组织和结构。此外，在永生化或癌细胞中，细菌可以结合的表面分子的表达模式可能会改变。为了更好地理解细菌粘附的生理学背景，在正常和病理条件下，我们选择使用细菌附着到组织切片。
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Author:
Date:
2016-08-05
[Abstract] Anabaena sp. strain PCC 7120 has long served as a model organism for investigating N2-fixation, photosynthesis, and various plant-type metabolic pathways and biofuel production, as well as cellular differentiation (Xu et al., 2008, Halfmann et al., 2014, Golden and Yoon, 2003). Since more than 30,000 sequenced bacterial genomes are currently available (Land et al., 2015), specific gene inactivation and analyses of the corresponding mutant’s phenotype have become powerful tools in elucidating the function of a target gene. Here we describe a protocol to inactivate a target gene in Anabaena sp. PCC 7120 using a single-crossover approach. This approach requires only one-step cloning of an internal fragment of a target gene into an ...
[摘要] 菌株PCC 7120长期充当用于研究N 2 - 固定，光合作用和各种植物类型代谢途径和生物燃料生产以及细胞分化的模式生物体（Xu等人，/em>。，2008，Halfmann等人，2014，Golden and Yoon，2003）。由于目前可获得超过30,000个测序的细菌基因组（Land等人，2015），特异性基因失活和相应突变体表型的分析已成为阐明靶基因功能的有力工具。在这里，我们描述了灭活anabaena sp中的靶基因的方案。 PCC 7120使用单交叉方法。该方法仅需要将靶基因的内部片段一步克隆到整合载体中以产生货物质粒。在货物质粒和鱼腥藻染色体之间的单次交换（同源重组）时，内源靶基因通过产生3'-和5'-缺失的片段而被破坏。该基因失活方案基于整合载体pZR606（Chen等人，2015），其可以广泛应用于其他蓝细菌物种以及其他原核生物中的基因失活。
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