| Lentiviral Knockdown of Transcription Factor STAT1 in Peromyscus leucopus to Assess Its Role in the Restriction of Tick-borne Flaviviruses
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Cellular infection with tick-borne flaviviruses (TBFVs) results in activation of the interferon (IFN) signaling pathway and subsequent upregulation of numerous genes termed IFN stimulated genes (ISGs) (Schoggins et al., 2011). Many ISGs function to prevent virus pathogenesis by acting in a broad or specific manner through protein-protein interactions (Duggal and Emerman, 2012). The potency of the IFN signaling response determines the outcome of TBFV infection (Best, 2017; Carletti et al., 2017). Interestingly, data from our lab show that TBFV replication is significantly restricted in cells of the reservoir species Peromyscus leucopus thereby suggesting a potent antiviral response (Izuogu et al., 2017). We assessed the relative contribution of IFN ...
[摘要] 蜱传黄热病病毒（TBFV）的细胞感染导致干扰素（IFN）信号传导途径的激活和随后称为IFN刺激基因（ISG）（Schoggins等人，2011）的众多基因的上调。许多ISG通过蛋白质 - 蛋白质相互作用以广泛或特定的方式起作用来防止病毒发病（Duggal和Emerman，2012）。 IFN信号反应的效力决定了TBFV感染的结果（Best，2016; Carletti等人，2017）。有趣的是，我们实验室的数据显示TBFV复制在储库物种Peromyscus leucopus的细胞中显着受到限制，从而表明有效的抗病毒应答（Izuogu等人，2017）。我们评估干扰素信号对抗性的相对贡献。通过敲低IFN反应途径中的主要转录因子来抑制白血病。信号转导和转录激活因子1（STAT1）是专门针对在P。 leucopus细胞通过shRNA技术。我们进一步测试了基因敲低对细胞对IFN反应和限制病毒复制的能力的影响;结果表明当STAT1表达被改变时，leucopus细胞对IFN刺激的反应降低，并且对TBFV复制显着更敏感。
【背景】IFN信号是抵抗侵入宿主细胞的黄病毒的第一道防线（Robertson等人，2009; Lazear和Diamond，2015）。通过模式识别受体（PRR）检测与病毒颗粒相关的分子标记，然后通过转录因子引发下游信号从细胞释放1型IFN（Kawai ...
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| Single Genome Sequencing of Expressed and Proviral HIV-1 Envelope Glycoprotein 120 (gp120) and nef Genes
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] The current study provides detailed protocols utilized to amplify the complete HIV-1 gp120 and nef genes from single copies of expressed or integrated HIV present in fresh-frozen autopsy tissues of patients who died while on combined antiretroviral therapy (cART) with no detectable plasma viral load (pVL) at death (Lamers et al., 2016a and 2016b; Rose et al., 2016). This method optimizes protocols from previous publications (Palmer et al., 2005; Norström et al., 2012; Lamers et al., 2015; 2016a and 2016b; Rife et al., 2016) to produce single distinct PCR products that can be directly sequenced and includes several cost-saving and time-efficient modifications.
[摘要] 目前的研究提供了详细的方案，用于扩增完整的HIV-1 gp120和nef基因，从单个拷贝的表达或综合的HIV存在于新鲜冷冻尸检组织中，在联合抗逆转录病毒治疗（cART）而死亡的患者中，没有可检测的血浆病毒 死亡时负荷（pVL）（Lamers等，2016a和2016b; Rose等，2016）。 该方法优化了以前的出版物（Palmer等，2005;Norström等，2012; Lamers等，2015; 2016a和2016b; Rife等，2016）的方案，以产生可以直接的单独不同的PCR产物 测序并包括若干成本节约和时间有效的修改。
【背景】三十多年前，艾滋病毒感染及其临床表现，即获得性免疫缺陷综合征（AIDS），已成为全球流行病。此后，对艾滋病病毒发病机制的认识已经出现，药物治疗的发展显着延长了患者的生命。目前的cART方案包括以几种方式抑制病毒复制的各种药物，其允许几乎完全抑制血液中发现的病毒颗粒和恢复健康的CD4 + T细胞群体（CD4 +）（Autran等人，1997 ）。然而，cART治疗患者血浆中持续存在非常低水平的艾滋病毒，即使是经过数十年治疗的患者，也表明存在一种以病毒为基础的细胞库。病毒储库包含不释放感染性病毒（即被潜在感染）的感染细胞，但可以在活化后进行，这可能在各种条件下发生（Chun等，1995和1997）。 ...
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| Preparation of Multiplexed Small RNA Libraries from Plants
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Author:
Date:
2014-11-05
[Abstract] High-throughput sequencing is a powerful tool for exploring small RNA populations in plants. The ever-increasing output from an Illumina Sequencing System allows for multiplexing multiple samples while still obtaining sufficient data for small RNA discovery and characterization. Here we describe a protocol for generating multiplexed small RNA libraries for sequencing up to 12 samples in one lane of an Illumina HiSeq System single-end, 50 base pair run. RNA ligases are used to add the 3’ and 5’ adaptors to purified small RNAs; ligation products that lack a small RNA molecule (adaptor-adaptor products) are intentionally depleted. After cDNA synthesis, a linear PCR step amplifies the DNA fragments. The 3’ PCR primers used here include unique 6-nucleotide sequences to allow for multiplexing ...
[摘要] 高通量测序是探索植物中小RNA群体的强大工具。 来自Illumina测序系统的不断增加的输出允许多重多个样品，同时仍然获得足够的数据用于小RNA发现和表征。 在这里我们描述了一个协议，用于生成多重小RNA文库，用于在Illumina HiSeq系统单端，50碱基对运行的一个泳道中测序多达12个样品。 RNA连接酶用于将3'和5'接头添加至纯化的小RNA; 缺少小RNA分子（衔接子 - 衔接子产物）的连接产物被故意耗尽。 cDNA合成后，线性PCR步骤扩增DNA片段。 本文使用的3'PCR引物包括独特的6-核苷酸序列，以允许多达多达12个样品。
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