| Markerless Gene Editing in the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] The advent of single cell genomics and the continued use of metagenomic profiling in diverse environments has exponentially increased the known diversity of life. The recovered and assembled genomes predict physiology, consortium interactions and gene function, but experimental validation of metabolisms and molecular pathways requires more directed approaches. Gene function–and the correlation between phenotype and genotype is most obviously studied with genetics, and it is therefore critical to develop techniques permitting rapid and facile strain construction. Many new and candidate archaeal lineages have recently been discovered, but experimental, genetic access to archaeal genomes is currently limited to a few model organisms. The results obtained from manipulating the genomes of ...
[摘要] 单细胞基因组学的出现以及在不同环境中宏基因组分析的持续使用已经成倍地增加了已知的生命多样性。恢复和组装的基因组预测生理，财团相互作用和基因功能，但代谢和分子途径的实验验证需要更直接的方法。基因功能 - 表型和基因型之间的相关性用遗传学得到最明显的研究，因此开发允许快速和容易地构建应变的技术是至关重要的。最近已经发现了许多新的和候选的古细菌谱系，但是对古细菌基因组的实验性，遗传途径目前仅限于一些模式生物。操纵这些基因可获得的生物的基因组所获得的结果已经对我们对古菌生理和信息处理系统的理解产生了深远的影响，这些持续的研究也有助于解决生命树的系统发育重建。超嗜热，浮游，海洋异养古细菌Thermococcus kodakarensis已经成为理想的遗传系统，其具有一系列可用于增加或减少编码活性的技术或修饰基因在体内的表达 。我们在这里概述一些技术，可以快速，无标记地删除单个，或者重复删除几个连续的从 T的序列。 kodakarensis 基因组。我们的程序包括构建转化所必需的质粒DNA的细节，所述质粒DNA通过同源重组指导整合到基因组中，鉴定已经整合了质粒序列的菌株（称为中间菌株）和确认质粒切除，导致最终菌株中的目标基因。可以使用几乎相同的程序来修饰而不是删除基因组基因座。
【背景】古细菌常常在看起来荒凉和迅速变化的环境中繁衍生息。古菌基因组的分析揭示了大量的代谢策略，预测了复杂和高度相互依赖的基因表达的调控网络，并揭示了许多基因，其蛋白质和日益稳定的RNA产物缺乏确定的功能。通过遗传操作挑战现有的和定义新的途径的能力已经辅助了古细菌生理学和信息处理系统的去卷积，并且最近开放了古细菌物种到合成和系统级的方法来定义细胞内和细胞间网络。 ...
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| Agrobacterium tumefaciens-mediated Transformation of Walnut (Juglans regia)
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Author:
Date:
2014-10-05
[Abstract] Like many woody plant species, walnut (Juglans regia) can be difficult to genetically transform and regenerate. However, somatic embryos have been used successfully for over two decades as a target tissue for transformation and regeneration of transgenic walnut plants. Walnut somatic embryos, initiated originally from developing zygotic embryos or anther tissue, will proliferate numerous secondary embryos from single cells in the epidermal layer. These single cells in intact somatic embryos can be efficiently transformed by Agrobacterium tumefaciens (A. tumefaciens). This gene transfer system is most efficient when Agrobacterium binary vector plasmids contain a scorable maker gene (e.g. uidA) and a selectable marker gene (e.g. nptII). This ...
[摘要] 像许多木本植物物种一样，核桃（ Juglans regia ）可能难以进行遗传转化和再生。然而，体细胞胚已经成功使用超过二十年作为转基因核桃植物的转化和再生的靶组织。核桃体细胞胚，最初从发育的合子胚或花药组织开始，将从表皮层中的单个细胞增殖许多次级胚。在完整的体细胞胚中的这些单细胞可以通过根癌土壤杆菌（根瘤土壤杆菌）有效地转化（ tumefaciens ）。当农杆菌二元载体质粒含有可打分的基因（例如uidA）和选择性标记基因（例如nptII）时，该基因转移系统是最有效的。该系统应适用于从单个农杆菌感受细胞经历重复胚胎发生的任何作物。在这里我们详细描述转化体细胞胚胎的方法，使这种技术可以应用于核桃和其他木本植物物种。
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