| Using Seed Chipping to Genotype Maize Kernels
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Author:
Date:
2020-03-20
[Abstract] Zea mays (maize) is an important model organism for studying monocot growth and development. Genotyping maize in the greenhouse or field can be time consuming and costly. Here, we describe a method to remove or chip a small amount of the endosperm from a maize kernel to genotype the kernel prior to planting. The seed chip is removed with a razor blade for DNA extraction and subsequent genotyping. When done correctly, seeds germinate normally and the kernel genotype can be determined before planting thus saving time, money, and field space.
[摘要] [摘要] 玉米玉米（玉米） 是一种重要的模式生物的研究单子叶植物的生长和发育。基因分型玉米中的温室或字段可以是时间消耗和昂贵的。在这里，我们描述了一个方法来去除或芯片一个小数额的的胚乳从一个玉米的内核，以基因型 该内核之前以种植。所述种子芯片被除去与一个剃刀刀片用于DNA 提取和随后的基因分型。当完成正确，种子发芽正常，并在内核基因型可以被确定之前播种从而节省了时间，金钱，和现场的空间。
[背景 ] 玉米是一个农业重要的作物是被种植在整个的世界。它具有许多用途，包括人类消费，动物饲料，和乙醇生产（Ranum 等人，2014） 。玉米是也是一个有用的模型用于研究一个宽范围的生物学问题，包括植物驯化，单子叶植物的生长和发育，病虫害抗性，以及基因组进化（Strable 和斯坎伦，2009） 。尽管玉米有许多科学和工业用途，这是一个大工厂是需要显著空间中任意一个温室或田间到增长。在除了对所述成本的保持一个温室或田间，相当大的努力是需要以执行涉及交叉和收集植物材料用于基因分型和其他分析。由于到这些因素，将能以基因型玉米内核之前以种植是有价值的。这个协议描述的过程的种子碎裂，其中一个小片的胚乳被除去与一个剃刀刀片以被用于对DNA 提取和基因分型。这个协议是一个修饰的一个方法，其中内核是浸泡在水中之前到碎裂（高等人，2008） ...
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| Assessment of Uptake and Biodistribution of Radiolabeled Cholesterol in Mice Using Gavaged Recombinant Triglyceride-rich Lipoprotein Particles (rTRL)
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] The here described method can be used to estimate the uptake of orally provided cholesterol in mice. Briefly, mice are gavaged with radiolabeled cholesterol and 4 h later, organ distribution of the radiolabel is determined by liquid scintillation counting. The method has been applied successfully to determine dietary cholesterol handling of mice housed at different ambient temperatures
[摘要] 这里描述的方法可用于估计小鼠口服提供的胆固醇的摄取。 简而言之，用放射性标记的胆固醇强饲小鼠，4小时后，通过液体闪烁计数测定放射性标记的器官分布。 该方法已成功应用于确定在不同环境温度下饲养的小鼠的膳食胆固醇处理
【背景】胆固醇促进膜的流动性，并且是类固醇激素，胆汁酸和维生素D的前体。动物通过饮食或通过 de novo 合成提供胆固醇。胆固醇的过剩可能是有害的，因为它在血管壁中的积累可导致动脉粥样硬化。已经表明，通过冷处理棕色脂肪组织（BAT）可以降低高胆固醇血症（Berbee 等，，2015）。然而，尚不清楚最佳可行技术活动是否会改变急性外周膳食胆固醇处理。为了解决这个问题，我们口服给予小鼠富含重组富含甘油三酯的脂蛋白颗粒（rTRL），用[4- 14 C] - 胆固醇标记，并在管饲后4小时测量放射性标记的器官分布。之前已经测量了放射性标记的胆固醇体内的生物分布（Szigeti 等，，1972; Townsend et al。，2001）。然而，在这些研究中，放射性胆固醇由饮食提供或静脉注射。此外，其他研究评估了较长时间内（48和72小时）的胆固醇吸收率（Zilversmit和Hughes，1974; Turley et ...
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| Extraction and Analysis of Pan-metabolome Polar Metabolites by Ultra Performance Liquid Chromatography–Tandem Mass Spectrometry (UPLC-MS/MS)
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Modern triple quadrupole mass spectrometers provide the ability to detect and quantify a large number of metabolites using tandem mass spectrometry (MS/MS). Liquid chromatography (LC) is advantageous, as it does not require derivatization procedures and a large diversity in physiochemical characteristics of analytes can be accommodated through a variety of column chemistries. Recently, the comprehensive optimization of LC-MS metabolomics using design of experiments (COLMeD) approach has been described and used by our group to develop robust LC-MS workflows (Rhoades and Weljie, 2016). The optimized LC-MS/MS method described here has been utilized extensively for metabolomics analysis of polar metabolites. Typically, tissue or biofluid samples are extracted using a modified Bligh-Dyer ...
[摘要] 现代三重四极杆质谱仪提供检测和定量大量使用串联质谱（MS / MS）的代谢物的能力。液相色谱（LC）是有利的，因为它不需要大量的生理化学特性。近日，采用的实验（Colmed）的方式设计LC-MS代谢组的全面优化已经被描述和使用我们集团发展稳健的LC-MS工作流程（罗兹和Weljie，2016）。优化的LC-MS / MS方法已被广泛应用于极性代谢物的代谢组学分析。典型地，组织或生物流体样品使用经修饰的Bligh-Dyer的协议萃取（Bligh和Dyer的，1959; Tambellini 等人，2013年）。在此描述的方案使用靶向极性代谢物从通过超高效液相色谱 - 串联质谱法（UPLC-MS / MS）的组织和生物流体多反应监测（MRM）描述的工作流程。此工作流已被广泛用于chronometabolic分析（Krishnaiah 等人，第二千〇十七）中，用推广到其他类型的分析，以及应用程序（森古普塔等人 2017。 Sivanand等人，2017）。
【背景】质谱（MS）和核磁共振（NMR）（Liu和Locasale，2017）。虽然核磁共振和质谱是代谢组学的重要工具，但质谱可以更灵敏地分析样品（Liu and Locasale，2017）。在质谱法中，有多种方法可用，但是需要快速方法来描述全球代谢组学（Lv et ...
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