| A Protocol for Simple, Rapid, and Direct Detection of SARS-CoV-2 from clinical samples, using Reverse Transcribed Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP)
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Author:
Rawi Naddaf, Nadav Ben-Assa, Tal Gefen, Tal Capucha, Haitham Hajjo, Noa Mandelbaum, Lilach Elbaum, Shai Kaplan, Assaf Rotem, Michal Chowers, Moran Szwarcwort-Cohen, Mical Paul and Naama Geva-Zatorsky,
Date:
2020-10-20
[Abstract] SARS-CoV-2 has quickly spread all around the globe causing illness and wide damages. Most countries were unprepared for such a rapid spread and crisis. This led to various strategies for effective control of the new pandemic. A key aspect in all countries was to effectively test the population for the virus. Most countries chose a lockdown strategy in which many workplaces and activities are completely closed, leading to substantial economy costs. Here, we present a protocol we recently developed that allows rapid and simple detection of SARS-CoV-2 for the large population, eliminating costs and involvement of professional teams and laboratories. This protocol is based on Reverse Transcribed Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP). We tested this protocol directly on patient ...
[摘要] [摘要] SARS-CoV-2在全球迅速蔓延，导致疾病和广泛的损害。大多数国家对如此迅速的蔓延和危机毫无准备。这导致了有效控制这一新流行病的各种战略。所有国家的一个关键方面是对人口进行有效的病毒检测。大多数国家选择了一种封锁战略，即许多工作场所和活动完全关闭，从而导致巨大的经济成本。在这里，我们介绍了一个我们最近开发的协议，它允许对大量人群进行快速和简单的SARS-CoV-2检测，省去了成本和专业团队和实验室的参与。该方案基于反向转录环介导的等温扩增（RT-LAMP）。我们直接在患者样本上测试了该方案，包括鼻腔和喉咙的临床拭子以及唾液。值得注意的是，该方案简单、廉价，并且可以很容易地应用于其他病原体。
[背景] 由新型严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）引起的Covid-19大流行正在影响大量人群，世界卫生组织（WHO）已宣布为大流行。
大规模的人口监测和检疫被证明是应对这场危机的有效策略。检测的关键是逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）试验。虽然这项测试是有效的，但它需要在抽样和执行测试方面的专业经验。此外，试剂和实验室设备昂贵（Bruce等人，2020年）。总之，这给大规模测试带来了瓶颈。
幸运的是，到目前为止，其他的分子生物学方法可以克服这些局限性。其中一种方法是比色环介导的等温扩增（LAMP）（Notomi等人，2000年）。LAMP是在一个单一且恒定的温度（即等温）下进行的，并且允许一步反转录。它的结果可以用肉眼观察到颜色的变化。这种方法成本低廉，几乎不需要实验室设备（Wang等人，2016年；Yu等人，2020年；Zhang等人，2020年）。它可以广泛应用于工作场所和学校等护理点，这可以极大地增加测试对象的数量。我们将这种方法视为一种监测工具，可以显著增加每天的检查总数，并确定患者是否需要在医院进行进一步的检查。 ...
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| In situ Hybridization (ISH) in Preparasitic and Parasitic Stages of the Plant-parasitic Nematode Meloidogyne spp.
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The spatio-temporal expression pattern of a gene provides important indications to better understand its biological function. In situ hybridization (ISH) uses a labeled complementary single-stranded RNA or DNA probe to localize gene transcripts in a whole organism, a whole organ or a section of tissue. We adapted the ISH technique to the plant parasite Meloidogyne spp. (root-knot nematode) to visualize RNAs both in free-living preparasitic juveniles and in parasitic stages settled in the plant tissues. We describe each step of the probe synthesis, digoxigenin (DIG) labeling, nematode extraction from plant tissue, and ISH procedure.
[摘要] 基因的时空表达模式为更好地理解其生物学功能提供了重要的指示。 原位杂交（ISH）使用标记的互补单链RNA或DNA探针来定位整个生物体，整个器官或一部分组织中的基因转录物。 我们将ISH技术应用于植物寄生虫
【背景】到目前为止，植物寄生性线虫的稳定转化尚未成功。 ISH能够在整个装载的Meloidogyne spp中分析体内时空基因表达。线虫。这些根结线虫在土壤中以微小蚓状幼虫（J2）形式孵化并感染宿主植物根部。 J2s穿透根部并迁移到根部维管柱状细胞。幼虫定居在根部，发育成J3和J4寄生幼鱼，诱导分化专化饲养细胞。线虫最终发育成梨形雌性，将在根表面释放数百个卵。在这里，我们报告了一个详细的协议来检测准备性整体安装J2s和寄生阶段中的单个RNA分子。寄生虫阶段的ISH需要在感染根部提取线虫前一天采取额外的程序。我们描述了在线虫整个组织中使用地高辛（DIG）标记的cDNA探针检测转录物。
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| An in vitro Transcription/translation System for Detection of Protein Interaction
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Author:
Date:
2016-05-05
[Abstract] Studying protein-protein interaction is crucial to understand the fundamental processes of molecular biology. High-throughput screening, such as immunoprecipitation followed by proteomic analysis, allows for the identification of numerous candidate partners that might interact with a selected protein. However, experimental validation of protein-protein interaction requires conventional cloning and recombinant protein expression/purification, which are complicated and labor-intensive techniques. Here, we demonstrate an efficient experimental pipeline for verifying protein-protein interactions between a bait protein using the example of Odontoglossum ringspot virus (ORSV) capsid protein (CP) and the host CP-binding protein. These candidate CP-binding proteins were identified ...
[摘要] 研究蛋白质 - 蛋白质相互作用对于理解分子生物学的基本过程是至关重要的。高通量筛选，如免疫沉淀，然后蛋白质组分析，允许鉴定可能与选择的蛋白质相互作用的许多候选伙伴。然而，蛋白质 - 蛋白质相互作用的实验验证需要常规克隆和重组蛋白表达/纯化，这是复杂和劳动密集型技术。在这里，我们演示了一个有效的实验管道，用于验证使用Odontoglossum环斑病毒（ORSV）衣壳蛋白（CP）和宿主CP结合蛋白的例子的诱饵蛋白之间的蛋白质 - 蛋白质相互作用。这些候选CP结合蛋白通过高通量蛋白质组学和转录组学方法进行鉴定。使用TOPO克隆策略，将每个候选基因克隆到表达载体中，用于在体外转录/翻译系统的单个步骤中表达His标记的重组蛋白。这种表达的His标记的候选物可以在共免疫沉淀（co-IP）测定中用作CP诱饵蛋白的猎物，以验证它们的物理相互作用。不需要传统的蛋白质表达和纯化，该管道简化了验证过程，并为高通量蛋白质 - 蛋白质相互作用研究提供了解决方案。
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