| Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments or those between random fragments and (iv) quantifying the number of ligations events between pairs of genomic loci (de Wit and de Laat, 2012). In the original 3C protocol, ligation frequency was ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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| Quantification of Starch in Guard Cells of Arabidopsis thaliana
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] In this protocol, we describe how to quantify starch in guard cells of Arabidopsis thaliana using the fluorophore propidium iodide and confocal laser scanning microscopy. This simple method enables monitoring, with unprecedented resolution, the dynamics of starch in guard cells.
[摘要] 在该方案中，我们描述了如何使用荧光团碘化丙啶和共聚焦激光扫描显微镜来量化拟南芥保卫细胞中的淀粉。 这种简单的方法能够以前所未有的分辨率监测保卫细胞中淀粉的动态变化。
【背景】淀粉是葡萄糖的复合聚合物，代表植物储存碳水化合物的最丰富形式。淀粉根据其衍生的细胞类型和外部环境条件提供不同的功能。在控制水和二氧化碳与环境交换的气孔中边界的保卫细胞中，淀粉可在转变为光的几分钟内动员，有助于产生有机酸和糖，从而增加保卫细胞膨胀并促进气孔开放。在叶肉细胞中，淀粉通常在白天逐渐积累，并在夜间降解以支持代谢（Santelia和Lunn，2017）。
因为保卫细胞仅占总叶的一小部分，所以难以使用常规方法定量测量淀粉。到目前为止，保卫细胞中的淀粉积累主要通过碘染色显现。该技术可以确定淀粉的存在/不存在，但不能提供准确的定量信息。
在这里，我们描述了一种基于荧光的成像方法来量化拟南芥保护细胞中的淀粉。该技术基于细胞壁材料和其他葡聚糖底物（包括淀粉）与荧光假席夫试剂碘化丙啶（PS-PI）的共价标记。用高碘酸处理分离的表皮，以将葡萄糖单元的羟基氧化成醛和酮基团。然后醛基（-CHO）可以与碘化丙锭共价反应，产生具有高荧光葡聚糖的样品，非常适合于共聚焦激光扫描显微镜。保卫细胞叶绿体中单个淀粉颗粒的面积可以使用数字成像来确定。我们应用这种方法来评估完整的拟南芥叶片的保护细胞中的淀粉含量在昼夜循环中的动态变化，并确定fusicoccin（质子泵的化学活化剂）对淀粉量的影响。分离表皮的保卫细胞剥离漂浮在气孔开放缓冲液中的碎片（Horrer ...
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| Measuring Procaspase-8 and -10 Processing upon Apoptosis Induction
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Author:
Date:
2017-01-05
[Abstract] Apoptosis or programmed cell death is important for multicellular organisms to keep cell homeostasis and for the clearance of mutated or infected cells. Apoptosis can be induced by intrinsic or extrinsic stimuli. The first event in extrinsic apoptosis is the formation of the Death-Inducing Signalling Complex (DISC), where the initiator caspases-8 and -10 are fully activated by several proteolytic cleavage steps and induce the caspase cascade leading to apoptotic cell death. Analysing the processing of procaspases-8 and -10 by Western blot is a commonly used method to study the induction of apoptosis by death receptor stimulation. To analyse procaspase-8 and -10 cleavage, cells are stimulated with a death ligand for different time intervals, lysed and subjected to Western blot analysis ...
[摘要] 细胞凋亡或程序性细胞死亡对于多细胞生物保持细胞稳态和清除突变或感染细胞是重要的。 细胞凋亡可以由内在或外在的刺激诱导。 外源性凋亡中的第一个事件是死亡诱导信号复合物（DISC）的形成，其中引发剂半胱天冬酶-8和-10通过若干蛋白水解切割步骤完全活化并诱导胱天蛋白酶级联导致凋亡细胞死亡。 通过蛋白质印迹分析procaspases-8和-10的处理是通过死亡受体刺激研究凋亡诱导的常用方法。 为了分析procaspase-8和-10切割，用死亡配体刺激细胞不同的时间间隔，裂解，并使用抗半胱天冬酶-8和抗半胱天冬酶-10抗体进行蛋白质印迹分析。 这可以监测胱天蛋白酶切割产物，从而诱导细胞凋亡。
背景 胱天蛋白酶是作为无活性酶原产生并被蛋白水解切割活化的蛋白酶（Degterev等人，2003）。胱天蛋白酶级联的激活是凋亡细胞死亡期间最重要的事件，其诱导凋亡细胞的典型生化和形态学变化。与非活性执行者procaspases相反，启动子胱天蛋白酶8/9/10具有限制性蛋白水解活性，并在高分子量复合物中完全活化（Lavrik等人，2005）。促凋亡受体TNF-R1（肿瘤坏死因子受体1），CD95 / ...
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